Это команда genome-music-galaxyp, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
геномная музыкальная галактика - последовательно запускайте полный набор инструментов MuSiC.
Версия
В этом документе описывается геном музыкальной галактики версии 0.04 (2016-01-01 в 23:10:18)
СИНТАКСИС
геном музыкальной галактики [--output-dir =?] --bam-list =? --output-bundle =? --roi-file =?
--reference-sequence =? --maf-file =? --pathway-file =? [--numeric-Clin-data-file =?]
[--categorical-Clin-data-file =?] [--mutation-matrix-file =?] [--permutations =?]
[--normal-min-depth =?] [--tumor-min-depth =?] [--min-mapq =?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore =?] [--bmr =?] [--max-близость =?] [--bmr-modifier-file =?]
[--numerical-data-test-method =?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr =?]
[--genetic-data-type =?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups =?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path =?] [--glm-model-file =?] [--processors =?] [--aa-range =?]
[--nuc-range =?] [--reference-build =?] [--show-known-hits] [--glm-Clin-data-file =?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir =?] [--cosmic-dir =?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file =?]
Этот инструмент принимает в качестве параметров всю информацию, необходимую для запуска отдельных инструментов. An
пример использования:
... играет музыка \
--bam-list input / bams_to_analyze.txt \
--numeric-ввод файла-клинических данных / numeric_clinical_data.csv \
--maf-файл input / myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
- путь-файл input / pathway_db \
--reference-sequence input / refseq / all_sequences.fa \
--roi-файл input / all_coding_regions.bed \
- ген типа генетических данных
ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ
бац-лист Текст
Список файлов BAM, разделенных табуляцией [имя_выборки normal_bam tumour_bam]
выходная связка Текст
Место, где Galaxy хотела бы сохранить пакет музыкальных выходов
roi-файл Текст
Список областей интереса, разделенных табуляцией [chr start stop gene_name]
эталонная последовательность Текст
Путь к эталонной последовательности в формате FASTA
maf-файл Текст
Список мутаций с использованием спецификаций TCGA MAF v2.3
путь-файл Текст
Файл с информацией о пути, разделенный табуляцией
ДОПОЛНИТЕЛЬНО АРГУМЕНТЫ
выходной каталог
Каталог, в который будут записаны выходные файлы и подкаталоги
Значение по умолчанию '', если не указано
файл с числовыми клиническими данными Текст
Таблица образцов (y) в сравнении с категорией числовых клинических данных (x)
категориальный-клинический-файл-данных Текст
Таблица образцов (y) в сравнении с категориальной категорией клинических данных (x)
файл-матрица мутаций Текст
При желании можно сохранить матрицу «образец против гена», использованную во время расчетов.
перестановки Номер регистрации
Количество перестановок, используемых для определения P-значений
нормальная минимальная глубина Целое
Минимальная глубина считывания, при которой нормальная база BAM считается покрытой
минимальная глубина опухоли Целое
Минимальная глубина считывания, при которой основание опухолевого БАМ считается покрытым
мин-mapq Целое
Минимальное качество отображения считываний, которое следует учитывать при подсчете глубины считывания
пропущенный показ Логический
Сообщайте о каждой пропущенной мутации, а не только о количестве
Значение по умолчанию 'false' (--noshow-skipped), если не указано
без шоу Логический
Сделать пропуск показа ложным
гены игнорировать Текст
Список генов, разделенных запятыми, которые следует игнорировать из-за частоты фоновых мутаций
БМР Номер регистрации
Частота фоновых мутаций в целевых регионах
максимальная близость Текст
Максимальное расстояние AA между 2 мутациями
bmr-файл-модификатор Текст
Разделенный табуляцией список значений для каждого гена, которые изменяют BMR перед тестированием [имя_гена
bmr_modifier]
числовые данные-тест-метод Текст
Либо cor для корреляции Пирсона, либо Wilcox для теста суммы рангов Вилкоксона для
числовые клинические данные.
Значение по умолчанию 'cor', если не указано
skip-low-mr-гены Логический
Пропускать тестирование генов с MR ниже фонового MR
Значение по умолчанию "истина", если не указано
noskip-low-mr-гены Логический
Сделайте гены skip-low-mr "ложными"
макс-FDR Номер регистрации
Максимально допустимая частота ложных открытий для гена, считающегося SMG
Значение по умолчанию '0.2', если не указано
генетический тип данных Текст
Данные в файле матрицы должны быть данными типа "ген" или "вариант".
wu-заголовки-аннотации Логический
Используйте это по умолчанию для заголовков формата аннотаций wustl
заголовки аннотации nowu Логический
Сделайте wu-annotation-headers 'false'
бмр-группы Целое
Количество кластеров образцов с сопоставимыми BMR
Значение по умолчанию '1', если не указано
отдельные усечения Логический
Группировать усеченные мутации как отдельную категорию
Значение по умолчанию 'false' (--noseparate-truncations), если не указано
нос Логический
Сделайте отдельные усечения "ложными"
одновременное слияние muts Логический
Множественные мутации гена в одном образце рассматриваются как 1
Значение по умолчанию 'false' (--nomerge-concurrent-muts), если не указано
количество одновременных мутов Логический
Сделайте merge-concurrent-muts "ложным"
пропустить без кодирования Логический
Пропустить некодирующие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-некодирование Логический
Сделайте пропуск без кодирования 'false'
молчать Логический
Пропустить тихие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-тихий Логический
Сделайте пропуск молчания "ложным"
минимальная мутация генов на путь Целое
Пути с меньшим количеством мутировавших генов будут игнорироваться.
Значение по умолчанию '1', если не указано
glm-модель-файл Текст
Файл с описанием типа модели, переменной ответа, ковариантов и т. Д. Для GLM
анализ. (Смотри описание).
процессоры Целое
Количество процессоров для использования в SMG (требуются пакеты R 'foreach' и 'doMC')
Значение по умолчанию '1', если не указано
аа-диапазон Целое
Установите, насколько близко будет совпадение при поиске аминокислоты рядом с совпадениями
Значение по умолчанию '2', если не указано
ядерный диапазон Целое
Установите, насколько близко будет совпадение при поиске положения нуклеотида рядом с совпадениями
Значение по умолчанию '5', если не указано
справочная сборка Текст
Укажите либо "Build36", либо "Build37".
Значение по умолчанию Build37, если не указано
шоу-известные хиты Логический
Если открытие является новым, покажите известные АА в этом гене.
Значение по умолчанию "истина", если не указано
ношоу-известные-хиты Логический
Сделайте известные хиты шоу "фальшивыми"
glm-файл-клинических данных Текст
Клинические признаки, мутационные профили, другие смешанные клинические данные (см. ОПИСАНИЕ).
использовать-маф-в-glm Логический
Установите этот флаг, чтобы использовать матрицу вариантов, созданную из файла MAF, в качестве вводимых вариантов для
GLM-анализ.
Значение по умолчанию 'false' (--nouse-maf-in-glm), если не указано
нос-маф-в-glm Логический
Сделайте use-maf-in-glm false
омимаа-дир Path
папка базы данных мутаций аминокислот omim
космический режиссер Path
папка базы данных мутаций космических аминокислот
подробный Логический
включите, чтобы отобразить больший рабочий результат
Значение по умолчанию "истина", если не указано
новобранец Логический
Сделать подробный "ложным"
файл-матрицы-клинической корреляции Текст
При желании сохраните матрицу «образец против гена», используемую внутри во время расчетов.
ОПИСАНИЕ
Эту команду можно использовать для запуска всех инструментов анализа MuSiC для набора данных. Пожалуйста
см. отдельные инструменты для дальнейшего описания параметров.
АВТОРЫ
Томас Б. Муни, MS
CREDITS
Пожалуйста, смотрите кредиты для геном-музыка(1).
Используйте genome-music-galaxyp онлайн с помощью сервисов onworks.net
