Это команда genome-music-survivalp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
выживание музыки генома - создание графиков выживаемости и P-значений для клинических и мутационных
фенотипы.
Версия
В этом документе описывается геномная версия музыкального выживания 0.04 (2016-01-01 в 23:10:18)
СИНТАКСИС
геном музыкального выживания --bam-list =? --output-dir =? [--maf-file =?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type =?] [--numeric-Clin-data-file =?]
[--categorical-Clin-data-file =?] [--glm-Clin-data-file =?]
[--phenotypes-to-include =?] [--legend-deployment =?] [--skip-non-coding]
... музыкальное выживание \
--bam-list /путь/myBamList.tsv \
--maf-файл /path/myMAF.tsv \
--numeric-файл-клинических-данных /path/myNumericData.tsv \
--categorical-клинический-файл-данных /path/myClassData.tsv \
--output-dir / path / output_directory
... музыкальное выживание \
--bam-list /путь/myBamList.tsv \
--maf-файл /path/myMAF.tsv \
--glm-Clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir / path / output_directory
... музыкальное выживание \
--bam-list /путь/myBamList.tsv \
--maf-файл /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'ген' \
--glm-Clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Race, Gender, TP53' \
--output-dir / path / output_directory
ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ
бац-лист Текст
Список названий образцов, которые будут включены в анализ. (Смотри описание)
выходной каталог Текст
Каталог, в который будут записываться выходные файлы
ДОПОЛНИТЕЛЬНО АРГУМЕНТЫ
maf-файл Текст
Список мутаций в формате MAF
молчать Логический
Пропустить тихие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-тихий Логический
Сделайте пропуск молчания "ложным"
генетический тип данных Текст
Сопоставьте клинические данные с данными на уровне «гена» или «варианта».
Значение по умолчанию 'ген', если не указано
файл с числовыми клиническими данными Текст
Таблица образцов (y) в сравнении с категорией числовых клинических данных (x)
категориальный-клинический-файл-данных Текст
Таблица образцов (y) в сравнении с категориальной категорией клинических данных (x)
glm-файл-клинических данных Текст
Клинические признаки, мутационные профили, другие смешанные клинические данные (см. ОПИСАНИЕ).
фенотипы, которые нужно включить Текст
Включите в анализ только эти гены и / или фенотипы. (РАЗЪЕДИНЕННЫЕ ЗАПЯТОЙ)
размещение легенды Текст
Выберите один из вариантов «левый нижний», «верхний левый», «верхний правый» или «нижний правый».
Значение по умолчанию 'bottomleft', если не указано
пропустить без кодирования Логический
Пропустить некодирующие мутации из предоставленного файла MAF
Значение по умолчанию "истина", если не указано
носкип-некодирование Логический
Сделайте пропуск без кодирования 'false'
ОПИСАНИЕ
Эта команда выполняет анализ выживаемости и строит кривые выживаемости для мутационных данных, как
а также любые представляющие интерес клинические признаки, указанные с помощью входных данных --phenotypes-to-include
параметр. Выполненный анализ включает оценку Каплана-Мейера с последующей оценкой Кокса.
Модель пропорциональных опасностей. Выходы для каждого проанализированного гена / клинического признака включают выживаемость.
кривые, отношение рисков (с доверительными интервалами), а также P-значения и FDR, описывающие
значимость разницы между выжившими и не выжившими.
Во всех файлах клинических данных выполняется поиск необходимого (без учета регистра) "vital_status"
и столбцы days_to_last_followup, которые связаны с фенотипами через идентификаторы образцов для
анализ выживаемости. Первый столбец всех файлов клинических данных ДОЛЖЕН содержать образец
Идентификаторы такие же, как и в других инструментах MuSiC. По умолчанию анализ выполняется для каждого присутствующего гена.
в МАФ. По желанию, анализ может быть ограничен только конкретными генами, перечислив их.
(через запятую) после входного параметра --phenotypes-to-include. Анализ выживаемости может
также выполняться в других столбцах файла клинических данных путем добавления заголовков столбцов.
в список записей, указанный после входного параметра --phenotypes-to-include.
Вот несколько общих правил создания файлов ввода клинических данных:
· Заголовки обязательны.
· Первый столбец каждого файла клинических данных должен содержать идентификаторы образцов, которые соответствуют тем
как в --bam-list, так и в списке вариантов MAF (в MAF это
Столбец Tumor_Sample_Barcode, в частности).
· По крайней мере, в одном из входных файлов клинических данных столбцы с заголовками «vital_status»
и "days_to_last_followup" (без учета регистра) должны существовать. "vital_status" должен быть
обозначается точками 1 и 0, где 0 означает «жив», а 1 означает «умерший».
Обратите внимание, что все входные файлы должны быть разделены табуляцией.
АРГУМЕНТЫ
--бам-список
Предоставьте файл, содержащий названия образцов и местоположения нормальных / опухолевых BAM для каждого. Использовать
формат с разделителями-табуляторами [имя_выборки normal_bam_upum_bam] на строку. Только этот инструмент
требуется sample_name, поэтому все остальные столбцы можно пропустить. Sample_name должно быть
такие же, как названия образцов опухолей, используемые в файле MAF (16-й столбец, с заголовком
Опухоль_Sample_Barcode).
Используйте genome-music-survivalp онлайн с помощью сервисов onworks.net
