Это команда glam2-purge, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
glam2-purge - удаляет избыточные последовательности из файла FASTA
СИНТАКСИС
glam2-чистка файл Гол [кредита]
ОПИСАНИЕ
glam2-чистка это модифицированная версия Эндрю Нойвальда чистка программа, которая удаляет лишнее
последовательности из файла FASTA. Это рекомендуется для предотвращения очень похожих
последовательности, искажающие поиск мотивов. Purge работает как с ДНК, так и с белком
последовательностей и создает выходной файл так, чтобы никакие две последовательности не имели (без пропусков) локальный
оценка выравнивания превышает пороговое значение, указанное пользователем. Выходной файл называется
. . Оценка выравнивания основана на матрице BLOSUM62 для белков и на
+ 5 / -1 схема подсчета очков для ДНК. Очистку также можно использовать для маскировки тандемных повторов. Он использует
Программа XNU для этого.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-n
Последовательности представляют собой ДНК (по умолчанию: белок).
-b
Используйте метод взрывной эвристики (по умолчанию для белка).
-e
Используйте исчерпывающий метод (по умолчанию для ДНК).
-q
Сохраните первую последовательность в наборе.
-x
Используйте xnu, чтобы замаскировать тандемные повторы белков.
Используйте glam2-purge онлайн с помощью сервисов onworks.net
