Это команда gmod_make_gff_from_dbxref.plp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - инструмент для создания файла gff3 с учетом списка dbxrefs и
файлы fasta.
СИНОПСИС
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir \
<dbxref_list
КОМАНДНАЯ СТРОКА ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
--fasta_dir Каталог, содержащий файлы fasta (обязательно)
--tmp_dir Временный каталог (по умолчанию: / Tmp)
- введите термин SO для использования для созданных функций (по умолчанию: регион)
--source Столбец 2 файла GFF (по умолчанию:.)
ОПИСАНИЕ
Этот инструмент принимает список идентификаторов БД, разделенных табуляцией, и доступа в командной строке.
(например, gmod_extract_dbxref_from_gff.pl создаст) вместе с каталогом, содержащим
fasta и создает файл GFF. Скрипт пробует несколько вариантов определения
присоединение в строке описания fasta. Это то, что сейчас
пытается:
> mi | 5419616 | mn | TC130707 |
получить TC130707
> gi | 34072055 | gb | CG180994.1 | CG180994
получить CG180994.1
> mi | 12821100 | mn |2_11498(1330441) |
чтобы получить 2_11498.
> 123456
чтобы получить 123456 (т.е. всю строку, что является последним средством).
Если у вас есть строка описания, которая отличается от этой, и вам нужна помощь в изменении
этот сценарий для работы с вашими данными, отправьте электронное письмо в список рассылки схемы:
[электронная почта защищена]. Если вы сами измените скрипт для работы с вашим
данных, также отправьте по электронной почте список рассылки схемы, чтобы сообщить о своих изменениях, чтобы их можно было
включены.
Используйте gmod_make_gff_from_dbxref.plp в Интернете с помощью сервисов onworks.net