Это команда gmt-music-smgp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmt music smg - Определите значительно мутировавшие гены.
Версия
Этот документ описывает gmt music smg версии 0.04 (2016-01-01 в 23:10:18)
СИНТАКСИС
gmt music smg --gene-mr-file =? --output-file =? [--max-fdr =?] [--skip-low-mr-genes]
[--bmr-modifier-file =?] [--processors =?]
... музыка smg \
--gene-mr-file каталог_вывода / gene_mrs \
--output-файл каталог_вывода / smgs
(«Ген-MR-файл» можно сгенерировать с помощью инструмента «music bmr calc-bmr».)
ТРЕБУЕТСЯ АРГУМЕНТЫ
ген-MR-файл Текст
Файл с частотой мутаций по генам (создан с использованием "music bmr calc-bmr")
выходной файл Текст
Выходной файл, в котором будут перечислены значительно мутировавшие гены и их p-значения.
ДОПОЛНИТЕЛЬНО АРГУМЕНТЫ
макс-FDR Номер регистрации
Максимально допустимая частота ложных открытий для гена, считающегося SMG
Значение по умолчанию '0.2', если не указано
skip-low-mr-гены Логический
Пропускать тестирование генов с MR ниже фонового MR
Значение по умолчанию "истина", если не указано
noskip-low-mr-гены Логический
Сделайте гены skip-low-mr "ложными"
bmr-файл-модификатор Текст
Разделенные табуляцией множители для каждого гена, которые изменяют BMR перед тестированием [gene_name
bmr_modifier]
процессоры Целое
Количество используемых процессоров (требуются пакеты R 'foreach' и 'doMC')
Значение по умолчанию '1', если не указано
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт запускает статистические инструменты на основе R для выявления значительно мутировавших генов (SMG),
когда дана частота мутаций каждого гена, классифицированная по типу мутации, и общая
частота фоновых мутаций (BMR) для каждой из этих категорий (gene_mr_file, созданная с использованием
"музыка бмр расч-бмр").
Рассчитываются P-значения и частота ложных открытий (FDR) для каждого гена в gene_mr_file.
с использованием трех тестов: комбинированного критерия P-значения Фишера (FCPT), теста отношения правдоподобия (LRT) и
тест свертки (CT). Для гена, если его FDR по крайней мере для 2 из этих тестов <=
max_fdr, он будет выведен как SMG. Другой выходной файл с префиксом "_detailed" будет
имеют p-значения и FDR для всех генов.
АРГУМЕНТЫ
--bmr-файл-модификатор
Пользователь может указать модификатор BMR для каждого гена в файле ROI, который представляет собой
множитель для категоризированных частот фоновых мутаций, прежде чем тестировать их против
частота мутаций гена по категориям. Такой файл можно использовать для исправления региональных
или систематическая ошибка в частоте мутаций в геноме, которая может быть коррелирована с CpG
процессы дезаминирования или репарации ДНК, такие как репарация, связанная с транскрипцией, или несоответствие
ремонт. Скорость мутаций также была связана со временем репликации ДНК, где
более высокая частота мутаций наблюдается в регионах с поздней репликацией. Обратите внимание, что тот же пер-
генный мультипликатор используется для каждой категории мутаций BMR. Любые гены из файла ROI
которых нет в файле модификатора BMR, будут проверены на неизмененные общие значения BMR.
на категорию мутации. Модификаторы BMR <= 0 недопустимы, потому что это просто
глупый.
- skip-low-mr-гены
Гены со стабильно более низкими значениями MR, чем BMR в разных категориях мутаций, могут иметь
вверх в результатах как SMG (CT или LRT). Если такие гены не представляют интереса, они
может быть присвоено значение p, равное 1. Это также должно ускорить процесс. Гены с высшим
Нормы Indel или Truncation, чем фон, не будут пропущены, даже если ген
общий MR ниже BMR. Если применяются bmr-модификаторы, на этом шаге используется
вместо этого модифицировали BMR.
АВТОРЫ
Цюньюань Чжан, доктор философии
Сириак Кандот, доктор философии
Натан Д. Дис, доктор философии.
Воспользуйтесь gmt-music-smgp онлайн с помощью сервисов onworks.net
