Это команда gmx-dyndom, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-dyndom - интерполировать и экстраполировать повороты структуры
СИНТАКСИС
GMX Диндом [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]]
[-первый угол ] [-последний угол ] [-nframe ]
[-максугол ] [-транс ] [-глава ]
[-хвостик ]
ОПИСАНИЕ
GMX уродство читает .pdb вывод файла из DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). Это
считывает координаты, координаты оси вращения и индексный файл, содержащий
домены. Кроме того, он принимает первый и последний атом файла стрелки как команду
строковые аргументы (голова и хвост) и, наконец, он принимает вектор перевода (указанный в
Информационный файл DynDom) и угол поворота (также в качестве аргументов командной строки). Если угол
определяется DynDom, можно восстановить вторую структуру, используемую для
создание вывода DynDom. Из-за ограниченной числовой точности это должно быть
проверено путем вычисления RMSD для всех атомов (с использованием GMX подтверждает), а не путем сравнения файлов
(используя diff).
Цель этой программы - интерполировать и экстраполировать поворот, найденный
DynDom. В результате нефизические структуры с длинными или короткими связями или перекрывающимися атомами
могут быть произведены. Визуальный осмотр и минимизация энергии могут потребоваться для проверки
структура.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.pdb>] (диндом.pdb)
Файл банка данных белков
-n [<.ndx>] (домены.ndx)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (повернуто.xtc)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг
Другие варианты:
-первый угол (0)
Угол поворота относительно вектора вращения
-последний угол (0)
Угол поворота относительно вектора вращения
-nframe (11)
Количество ступенек на тропе
-максугол (0)
DymDom d определяет угол поворота относительно вектора вращения
-транс (0)
Смещение (Ангстрем) по вектору вращения (см. Информационный файл DynDom)
-глава (0 0 0)
Первый атом вектора стрелки
-хвостик (0 0 0)
Последний атом вектора стрелки
Используйте gmx-dyndom онлайн с помощью сервисов onworks.net
