Это команда gmx-filter, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-filter - траектории частотного фильтра, полезные для создания плавных фильмов
СИНТАКСИС
фильтр gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ол [<.xtc / .trr / ...>]] [-ой [<.xtc / .trr / ...>]]
[-b ] [-e ] [-дт ] [-[Теперь] [-нф ]
[- [нет] все] [- [нет] без прыжка] [- [нет] подходит]
ОПИСАНИЕ
GMX фильтр выполняет частотную фильтрацию на траектории. Форма фильтра - cos (pi t / A)
+ 1 от -A до + A, где A задается опцией -нф умноженный на временной шаг на входе
траектория. Этот фильтр снижает колебания с периодом A на 85%, с периодом 2 * A на 50%.
и с периодом 3 * A на 17% для фильтрации нижних частот. Фильтр как низких, так и высоких частот
траекторию можно написать.
Опция -ол записывает траекторию с фильтром нижних частот. Кадр записывается каждые -нф вход
кадры. Такое соотношение длины фильтра и выходного интервала обеспечивает хорошее подавление
наложение высокочастотного движения, которое полезно для создания плавных фильмов. Также средние
свойств, линейных по координатам, сохраняются, так как все входные кадры
имеют одинаковый вес на выходе. Когда нужны все кадры, используйте -все опцию.
Опция -ой записывает траекторию с фильтром верхних частот. Координаты фильтра верхних частот:
добавлены к координатам из файла структуры. При использовании высокочастотной фильтрации используйте -соответствовать
или убедитесь, что вы используете траекторию, которая соответствует координатам в конструкции
.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-ол [<.xtc / .trr / ...>] (lowpass.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг
-ой [<.xtc / .trr / ...>] (highpass.xtc) (Опционально)
Траектория: экстаз TRR Гру g96 PDB тнг
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-нф (10)
Устанавливает длину фильтра, а также выходной интервал для фильтрации нижних частот.
- [нет] все (Нет)
Записать все кадры с фильтром нижних частот
- [нет] без прыжка (да)
Убрать скачки атомов по коробке
- [нет] подходит (Нет)
Подгоните все рамы к справочной структуре
Используйте gmx-filter онлайн через сервисы onworks.net
