Это команда gmx-вставка-молекулы, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-вставка-молекулы - вставляет молекулы в существующие вакансии
СИНТАКСИС
gmx вставки-молекулы [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-этот [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-Box ]
[-нмоль ] [-пытаться ] [-семена ]
[-радиус ] [-масштаб ] [-др ]
[гниль ]
ОПИСАНИЕ
GMX вставные молекулы вставки -нмоль копии системы, указанные в -этот входной файл.
Вставки происходят либо в свободное пространство в конформации растворенного вещества, заданной с помощью
-f, или в пустое поле, заданное -Box. Указание обоих -f и -Box ведет себя как -f, Но
помещает новую коробку вокруг растворенного вещества перед введением. Любые присутствующие скорости
отбрасываются.
По умолчанию позиции вставки случайны (с начальным семенем, указанным -семена).
программа повторяется до тех пор, пока -нмоль молекулы были вставлены в коробку. Молекулы не
вставлен там, где расстояние между любым существующим атомом и любым атомом вставленного
молекула меньше суммы, рассчитанной на основе ван-дер-ваальсовых радиусов обоих атомов. База данных
(vdwradii.dat) ван-дер-ваальсовых радиусов считывается программой, а полученные радиусы
масштабируется -масштаб. Если радиусы не найдены в базе данных, этим атомам присваивается
(предварительно масштабированное) расстояние -радиус.
В общей сложности -нмоль * -пытаться попытки вставки делаются до отказа. Увеличивать -пытаться если вы
нужно заполнить несколько небольших отверстий. Вариант гниль указывает, являются ли вставляемые молекулы
ориентированы случайным образом перед попытками вставки.
В качестве альтернативы, молекулы могут быть вставлены только в положения, определенные в позициях .dat
(-ip). Этот файл должен иметь 3 столбца (x, y, z), которые дают смещения по сравнению с
положение входной молекулы (-этот). Следовательно, если этот файл должен содержать абсолютный
положения, молекула должна быть отцентрирована на (0,0,0) перед использованием GMX вставные молекулы
(например, из GMX редактироватьконф -центр). Комментарии в этом файле, начинающиеся с #, игнорируются.
Опция -др определяет максимально допустимые смещения при вставных испытаниях. -пытаться и
гниль работать как в режиме по умолчанию (см. выше).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (протеин.gro) (Опционально)
Существующая конфигурация для вставки в: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
-этот [<.gro / .g96 / ...>] (insert.gro)
Конфигурация для вставки: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
-ip [<.dat>] (position.dat) (Опционально)
Предварительно определенные пробные позиции вставки
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (вне.гро)
Конфигурация выхода после вставки: Гру g96 PDB брк энт особенно
Другие варианты:
-Box (0 0 0)
Размер коробки (в нм)
-нмоль (0)
Количество дополнительных молекул для вставки
-пытаться (10)
Попробуйте вставить -нмоль раз -пытаться раз
-семена (1997)
Начальное число генератора случайных чисел
-радиус (0.105)
Расстояние Ван-дер-Ваальса по умолчанию
-масштаб (0.57)
Масштабный коэффициент для умножения радиусов Ван-дер-Ваальса из базы данных в
поделиться / gromacs / top / vdwradii.dat. Значение по умолчанию 0.57 дает плотность, близкую к
1000 г / л белков в воде.
-др (0 0 0)
Допустимое смещение по x / y / z из положений в -ip файл
гниль
Произвольно вращайте вставленные молекулы: xyz, z, none
Используйте gmx-insert-Molecules онлайн с помощью сервисов onworks.net
