Это команда gmx-make_ndx, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-make_ndx - Создает индексные файлы
СИНТАКСИС
gmx make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-атомы ] [-[не выиграл]
ОПИСАНИЕ
Индексные группы необходимы почти для каждой программы GROMACS. Все эти программы могут
генерировать группы индексов по умолчанию. Вам нужно ТОЛЬКО использовать GMX make_ndx когда вам нужно СПЕЦИАЛЬНОЕ
индексные группы. Для всей системы существует группа индексов по умолчанию, 9 групп индексов по умолчанию
для белков, а группа индексов по умолчанию создается для каждого другого имени остатка.
Если индексный файл не указан, также GMX make_ndx сгенерирует группы по умолчанию. С участием
редактор указателя, который вы можете выбрать по именам и номерам атомов, остатков и цепочек. Когда бежать
входной файл предоставляется, вы также можете выбрать тип атома. Вы можете использовать НЕ, И и ИЛИ, вы
могут разбивать группы на цепочки, остатки или атомы. Вы можете удалять и переименовывать группы.
Нумерация атомов в редакторе и индексном файле начинается с 1.
Ассоциация -близнец switch дублирует все группы индексов со смещением -атомы, что полезно
для вычислительной электрофизиологии двухслойных мембранных установок.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (конф.гро) (Опционально)
Файл структуры: Гру g96 PDB брк энт особенно TPR
-n [<.ndx> [...]] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.ndx>] (индекс.ndx)
Индексный файл
Другие варианты:
-атомы (0)
установить количество атомов (по умолчанию: читать из координатного или индексного файла)
-[не выиграл (Нет)
Дублируйте все группы индексов со смещением -natoms
Используйте gmx-make_ndx онлайн с помощью сервисов onworks.net
