Это команда gmx-saxs, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-saxs - вычисление спектров малоуглового рассеяния рентгеновских лучей
СИНТАКСИС
GMX саксофоны [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-кв. [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-xvg ] [-ng ] [-startq ]
[-endq ] [-Энергетика ]
ОПИСАНИЕ
GMX саксофоны вычисляет структурные факторы SAXS для заданных групп индексов на основе Кромера
метод. Требуются файлы топологии и траектории.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (Опционально)
Файл общих данных
Параметры для указания выходных файлов:
-кв. [<.xvg>] (кв.хвг)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-ng (1)
Количество групп для вычисления SAXS
-startq (0)
Начальный q (1 / нм)
-endq (60)
Окончание q (1 / нм)
-Энергетика (12)
Энергия падающего рентгеновского излучения (кэВ)
Используйте gmx-saxs онлайн с помощью сервисов onworks.net
