Это команда gmx-spol, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-spol - анализ ориентации и поляризации диполей растворителя вокруг растворенных веществ
СИНТАКСИС
gmx спол [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-дт ] [-[Теперь]
[-xvg ] [- [нет] ком] [-режир ] [-rмин ]
[-rмакс ] [-окунать ] [-BW ]
ОПИСАНИЕ
GMX ООО анализирует диполи вокруг растворенного вещества; это особенно полезно для поляризуемой воды.
Группа эталонных атомов или эталонный центр масс (опция -Com) и группа
атомов растворителя не требуется. Программа разбивает группу атомов растворителя на молекулы.
Для каждой молекулы растворителя расстояние до ближайшего атома в контрольной группе или до
COM определяется. На графике нанесено совокупное распределение этих расстояний. Для каждого
дистанция между -rмин и -rмакс внутреннее произведение вектора расстояния и диполя
молекулы растворителя. Для молекул растворителя с чистым зарядом (ионов)
чистый заряд иона вычитается равномерно из всех атомов при выборе каждого иона.
Напечатано среднее значение этих дипольных компонентов. То же самое и с поляризацией,
где средний диполь вычитается из мгновенного диполя. Величина
средний диполь устанавливается с опцией -окунать, направление определяется вектором из
первый атом в выбранной группе растворителей до середины между вторым и
третий атом.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr>] (топол.тпр)
Входной файл Portable xdr run
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
- [нет] ком (Нет)
Используйте центр масс в качестве исходного положения.
-режир (1)
Контрольный атом молекулы растворителя
-rмин (0)
Максимальное расстояние (нм)
-rмакс (0.32)
Максимальное расстояние (нм)
-окунать (0)
Средний диполь (D)
-BW (0.01)
Ширина бункера
Воспользуйтесь gmx-spol онлайн с помощью сервисов onworks.net
