gmx-tcaf - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gmx-tcaf - Расчет вязкости жидкостей

СИНТАКСИС

gmx tcaf [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-от [<.xvg>]] [-оа [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-из [<.xvg>]]
[-ок [<.xvg>]] [-ов [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-дт ] [-[Теперь] [-xvg ] [- [нет] моль] [- [нет] k34]
[вес ] [-acflen ] [- [нет] нормализовать] [-P ]
[-fitfn ] [-beginfit ] [-эндфит ]

ОПИСАНИЕ

GMX ткаф вычисляет автокорреляцию поперечного тока. Они используются для оценки
сдвиговая вязкость, eta. Подробнее см .: Palmer, Phys. Ред. E 49 (1994), стр. 359-366.

Поперечные токи вычисляются с использованием k-векторов (1,0,0) и (2,0,0) каждый также в
домен y- а также z-направление, (1,1,0) и (1, -1,0) каждая также в двух других плоскостях (эти
вектора не являются независимыми) и (1,1,1) и 3 других диагонали прямоугольника (также не
независимый). Для каждого k-вектора используются синус и косинус в сочетании с
скорость в 2-х перпендикулярных направлениях. Это дает в общей сложности 16 * 2 * 2 = 64 поперечных
токи. Для каждого k-вектора вычисляется одна автокорреляция, что дает 16
TCAF. Каждый из этих TCAF соответствует f (t) = exp (-v) (ch (Wv) + 1 / W sinh (Wv)), v = -t / (2
tau), W = sqrt (1 - 4 tau eta / rho k ^ 2), что дает 16 значений tau и eta. Подходит
веса убывают экспоненциально с постоянной времени w (заданной с вес) как exp (-t / w), а
TCAF и подгонка рассчитываются до времени 5 * w. Значения eta должны соответствовать 1 - a.
eta (k) k ^ 2, из которого можно оценить сдвиговую вязкость при k = 0.

Когда ящик кубический, можно использовать опцию -ок, который усредняет TCAF по всем
k-векторы одинаковой длины. Это приводит к более точным TCAF. Оба кубических
TCAF и подгонки записываются в -ок Кубические оценки eta также записываются в -ов.

С опцией -мольпоперечный ток определяется молекулами, а не атомами. В
в этом случае индексная группа должна состоять из номеров молекул, а не из номеров атомов.

Зависящие от k вязкости в -ов файл должен соответствовать eta (k) = eta_0 (1 - ak ^ 2)
для получения вязкости на бесконечной длине волны.

Примечание: убедитесь, что вы пишете координаты и скорости достаточно часто. Начальный,
неэкспоненциальная, часть автокорреляционной функции очень важна для получения
хорошо подходит.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Параметры для указания входных файлов:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (традж.трр)
Полная точность траектории: TRR CPT тнг

-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр) (Опционально)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт

-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл

Параметры для указания выходных файлов:

-от [<.xvg>] (transcur.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-оа [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr / xmgr файл

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr / xmgr файл

-из [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr / xmgr файл

-ок [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл

-ов [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr / xmgr файл

Другие варианты:

-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории

-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории

-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)

-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов

-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none

- [нет] моль (Нет)
Рассчитать TCAF молекул

- [нет] k34 (Нет)
Также используйте k = (3,0,0) и k = (4,0,0)

вес (5)
Экспоненциальное время спада подходящих весов TCAF

-acflen (-1)
Длина ACF, по умолчанию - половина количества кадров

- [нет] нормализовать (да)
Нормализовать ACF

-P (0)
Порядок полинома Лежандра для ACF (0 означает отсутствие): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Нет)
Функция подгонки: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-beginfit (0)
Время, с которого начинается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции

-эндфит (-1)
Время, когда заканчивается экспоненциальная аппроксимация корреляционной функции, -1 - до тех пор, пока
конец

Используйте gmx-tcaf онлайн с помощью сервисов onworks.net