Это команда gmx-vanhove, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gmx-vanhove - Вычислить функции смещения и корреляции Ван Хова
СИНТАКСИС
gmx ванхов [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ом [<.xpm>]] [Или [<.xvg>]] [-от [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-дт ] [-[Теперь] [-xvg ]
[-кв. ] [-FM ] [-rмакс ] [-рбин ]
[-ммакс ] [-уровни ] [-номер ] [-пт ]
[-rt ] [-фут ]
ОПИСАНИЕ
GMX Vanhove вычисляет корреляционную функцию Ван Хова. Ван Хов G (r, t) - это
вероятность того, что частица, которая находится в r_0 в нулевой момент времени, может быть найдена в позиции r_0 + r в
время t. GMX Vanhove определяет G не для вектора r, а для длины r. Таким образом
дает вероятность того, что частица переместится на расстояние r за время t. Прыгает через
периодические границы удалены. Внесены поправки на масштабирование из-за изотропности или
муфта анизотропного давления.
С опцией -ом всю матрицу можно записать как функцию от t и r или как функцию
sqrt (t) и r (опция -кв.).
С опцией Или функция Ван Хова строится для одного или нескольких значений t. Вариант -номер
устанавливает количество раз, опция -пт числовой интервал между временами. Ширина бина
установлен с опцией -рбин. Количество бункеров определяется автоматически.
С опцией -от интеграл до определенного расстояния (опция -rt) отображается как
функция времени.
Для всех считываемых кадров координаты выбранных частиц сохраняются в
объем памяти. Поэтому программа может использовать много памяти. Для вариантов -ом и -от
программа может работать медленно. Это потому, что вычисление масштабируется как количество кадров, умноженное на
-FM or -фут. Обратите внимание, что с -дт опция использование памяти и время расчета могут быть
уменьшается.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
Параметры для указания входных файлов:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Траектория: экстаз TRR CPT Гру g96 PDB тнг
-s [<.tpr / .gro / ...>] (топол.тпр)
Структура + масса (дБ): TPR Гру g96 PDB брк энт
-n [<.ndx>] (индекс.ndx) (Опционально)
Индексный файл
Параметры для указания выходных файлов:
-ом [<.xpm>] (ванхове.xpm) (Опционально)
Файл матрицы, совместимый с X PixMap
Или [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
-от [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (Опционально)
xvgr / xmgr файл
Другие варианты:
-b (0)
Первый кадр (пс) для чтения с траектории
-e (0)
Последний кадр (пс) для чтения с траектории
-дт (0)
Используйте рамку, только если t MOD dt = первый раз (пс)
-[Теперь (Нет)
Просмотр вывода .xvg, .xpm, .eps и .pdb файлов
-xvg
Форматирование графика xvg: xmgrace, xmgr, none
-кв. (0)
Используйте sqrt (t) на оси матрицы, которая задает интервал # в sqrt (ps)
-FM (0)
Количество кадров в матрице, 0 - график все
-rмакс (2)
Максимум r в матрице (нм)
-рбин (0.01)
Binwidth в матрице и для Или (Нм)
-ммакс (0)
Максимальная плотность в матрице, рассчитывается 0 (1 / нм)
-уровни (81)
Количество уровней в матрице
-номер (1)
Количество кривых для Или выходной
-пт (0)
Расстояние между кадрами для Или выходной
-rt (0)
Предел интеграции для -от выход (нм)
-фут (0)
Количество кадров в -от выход, 0 - график все
Используйте gmx-vanhove онлайн с помощью сервисов onworks.net
