Это команда gt-orffinder, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-orffinder - определяет ORF (открытые рамки считывания) в последовательностях.
СИНТАКСИС
gt Orffinder [вариант ...] [индексное имя] [GFF3_file ...]
ОПИСАНИЕ
-типы
Укажите области, в которых следует искать открытые рамки считывания, например
LTR_ретротранспозон
-аллорфс [да | нет]
искать все ORF, а не только самые длинные (по умолчанию: нет)
-мин [ценностное ]
минимальная длина ORF (по умолчанию: 30)
-Максимум [ценностное ]
максимальная длина ORF (по умолчанию: 10000)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-seqfile [имя файла]
установить файл последовательности, из которого следует брать последовательности (по умолчанию: не определено)
-encseq [имя файла]
установить имя индекса закодированной последовательности, из которого следует брать последовательности (по умолчанию:
неопределенный)
-seqfiles
установить файлы последовательности, из которых следует извлечь функции, использующие -- прекратить список
файлов последовательности
-matchdesc [да | нет]
поиск в описаниях последовательностей во входных файлах для желаемых идентификаторов последовательностей (в
GFF3), сообщая о первом совпадении (по умолчанию: нет)
-matchdescstart [да | нет]
точно соответствовать описаниям последовательностей из входных файлов для желаемой последовательности
ID (в GFF3) от начала до первого пробела (по умолчанию: нет)
-usedesc [да | нет]
использовать описания последовательностей для сопоставления идентификаторов последовательностей (в GFF3) с фактической последовательностью
записи. Если описание содержит диапазон последовательности (например, III: 1000001..2000000),
первая часть используется как идентификатор последовательности (III) и положение первого диапазона как смещение
(1000001) (по умолчанию: нет)
-отображение регионов [string]
установить файл, содержащий последовательность-область, для сопоставления файла последовательности (по умолчанию: не определено)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-orffinder онлайн с помощью сервисов onworks.net
