Это команда hmm2fetch, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
hmm2fetch - получить HMM из базы данных HMM
СИНТАКСИС
хм2fetch [опции] база данных имя
ОПИСАНИЕ
хм2fetch это небольшая утилита, которая извлекает HMM под названием имя из базы данных моделей HMMER
под названием база данных. в новом формате и распечатывает эту модель на стандартный вывод. Например,
хм2fetch Пфам РРМ извлекает модель RRM (мотив распознавания РНК) из Pfam, если
переменная среды HMMERDB установлена в расположение базы данных Pfam. Извлеченный
Файл HMM записывается в формате HMMER 2 ASCII.
База данных должна иметь связанный индексный файл GSI. Чтобы проиндексировать базу данных HMM, используйте
программа хм2индекс.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-h Распечатать краткую справку; включает номер версии и обзор всех опций, включая
экспертные варианты.
-n Интерпретировать имя как номер HMM вместо имени. Нумерация начинается с 0. Для
Например, чтобы получить первый HMM из базы данных HMM с именем фу, ты бы сделал
хм2fetch -n 0 фу.
Используйте hmm2fetch онлайн с помощью сервисов onworks.net
