hmm2search - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

hmm2search - поиск по базе последовательностей с профилем HMM

СИНТАКСИС

хмм2поиск [опции] хммфайл файл последовательности

ОПИСАНИЕ

хмм2поиск читает HMM из хммфайл и поиски файл последовательности для существенно похожих
последовательность совпадений.

файл последовательности будет искать сначала в текущем рабочем каталоге, затем в каталоге
названный переменной окружения БЛАСТДБ. Это позволяет пользователям использовать существующие базы данных BLAST,
если для сайта настроен BLAST.

хмм2поиск запуск может занять минуты или даже часы, в зависимости от размера последовательности
база данных. Рекомендуется перенаправить вывод в файл.

Выходные данные состоят из четырех разделов: ранжированный список лучших последовательностей оценок,
ранжированный список доменов с лучшими оценками, выравнивание для всех доменов с лучшими оценками и
гистограмма оценок. Оценка последовательности может быть выше, чем оценка домена для
та же последовательность, если в последовательности более одного домена; оценка последовательности занимает
учтены все домены. Все последовательности оцениваются выше -E и -T показаны отсечки
в первом списке, затем каждую домен, найденный в этом списке, отображается во втором списке
хиты домена. При желании к
список доменов с использованием --ДОМЕ и --domT настройки.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Распечатать краткую справку; включает номер версии и обзор всех опций, включая
экспертные варианты.

-A Ограничивает выход выравнивания до лучшие оценочные домены. -A0 отключает
выравнивание вывода и может использоваться для уменьшения размера выходных файлов.

-E Установите отсечку E-значения для ранжированного списка совпадений для каждой последовательности на , в котором - это
положительное действительное число. По умолчанию - 10.0. Хиты с E-values ​​лучше, чем (меньше
чем) будет показан этот порог.

-T Установите отсечку битовой оценки для ранжированного списка совпадений для каждой последовательности на , в котором is
реальное число. По умолчанию - отрицательная бесконечность; по умолчанию порог
контролируется E-значением, а не битовой оценкой. Хиты с битовой оценкой лучше, чем
(больше) этого порога будет отображаться.

-Z Рассчитайте баллы E-value, как если бы мы видели базу данных последовательностей
последовательности. По умолчанию это количество последовательностей, видимых в вашем файле базы данных.
.

ЭКСПЕРТ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--compat
Используйте выходной формат HMMER 2.1.1, общедоступный выпуск 1998-2001 гг .; при условии, что
2.1.1 парсеры не нужно переписывать.

--Процессор
Устанавливает максимальное количество процессоров, на которых будет работать программа. По умолчанию используется
все процессоры в машине. Переопределяет переменную среды HMMER_NCPU. Только
влияет на многопоточные версии HMMER (по умолчанию в большинстве систем).

--cut_ga
Используйте пороговые значения оценки Pfam GA (порог сбора). Эквивалентно --globT
--domT , но отсечки GA2 и GA1 считываются из файла HMM. hmm2build
помещает эти отсечки туда, если файл выравнивания был аннотирован в удобном для Pfam
формат выравнивания (расширенный SELEX или стокгольмский формат) и дополнительный GA
строка аннотации присутствовала. Если эти ограничения не установлены в файле HMM, --cut_ga
не работает.

--cut_tc
Используйте пороговые значения оценок Pfam TC (надежное ограничение). Эквивалентно --globT --domT
, но отсечки TC2 и TC1 считываются из файла HMM. hmm2build помещает эти
отсечки там, если файл выравнивания был аннотирован в формате, удобном для Pfam
формат (расширенный формат SELEX или Стокгольм) и дополнительная строка аннотации TC была
настоящее время. Если эти ограничения не установлены в файле HMM, --cut_tc не работает.

--cut_nc
Используйте пороги оценки Pfam NC (шумоподавление). Эквивалентно --globT --domT ,
но отсечки NC1 и NC2 считываются из файла HMM. hmm2build помещает эти
отсечки там, если файл выравнивания был аннотирован в формате, удобном для Pfam
формат (расширенный формат SELEX или Стокгольм) и дополнительная строка аннотации NC была
настоящее время. Если эти ограничения не установлены в файле HMM, --cut_nc не работает.

--ДОМЕ
Установите отсечку E-значения для ранжированного списка совпадений для каждого домена на , в котором - это
положительное действительное число. По умолчанию - бесконечность; по умолчанию все домены в
последовательности, прошедшие первый порог, будут включены во второй список, поэтому
что количество доменов, указанных в списке для каждой последовательности, соответствует
число, которое отображается в списке для каждого домена.

--domT
Установите отсечку битовой оценки для ранжированного списка совпадений для каждого домена равным , в котором - это
настоящий номер. По умолчанию - отрицательная бесконечность; по умолчанию все домены в
последовательности, прошедшие первый порог, будут включены во второй список, поэтому
что количество доменов, указанных в списке для каждой последовательности, соответствует
число, которое отображается в списке для каждого домена. Важнo записки: только один домен в
последовательность полностью контролируется этим параметром или --домТ. Второй и
последующие домены в последовательности де-факто имеют порог битовой оценки 0, потому что
деталей того, как работает HMMER. HMMER требует как минимум одного прохода через
основная модель на последовательность; сделать более одного прохода (более одного домена)
многодоменное выравнивание должно иметь лучший результат, чем однодоменное выравнивание,
и, следовательно, дополнительные домены должны давать положительную оценку. См. Руководство пользователя
для более детальной информации.

--вперед
Используйте алгоритм Forward вместо алгоритма Витерби для определения пер-
оценка последовательности. Баллы по доменам по-прежнему определяются алгоритмом Витерби.
Некоторые утверждали, что Forward - более чувствительный алгоритм для обнаружения удаленных
гомологи последовательностей; Однако мои эксперименты с HMMER не подтвердили этого.

--информировать
Утверждают, что вход файл последовательности находится в формате ; не запускать формат Babelfish
автоопределение. Это несколько увеличивает надежность программы, потому что
Вавилонская рыба может ошибаться; особенно рекомендуется для необслуживаемых, высокоэффективных
пропускная способность HMMER. Допустимые строки формата включают FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, СТОКГОЛЬМ, SELEX, MSF, CLUSTAL и PHYLIP. См. Руководство пользователя для
полный список.

--null2
Отключите апостериорную вторую нулевую модель. По умолчанию каждое выравнивание переоценивается
этап постобработки, который учитывает возможную смещенную композицию в любом
HMM или целевая последовательность. Это почти необходимо при поиске в базе данных,
особенно с местными моделями выравнивания. Существует очень небольшая вероятность того, что это
постобработка может удалить реальные совпадения, и в этих случаях --null2 может улучшиться
чувствительность за счет снижения специфичности за счет смещения состава
попадает насквозь.

--pvm Запуск на параллельной виртуальной машине (PVM). PVM уже должен быть запущен. В
клиентская программа хмм2search-pvm должен быть установлен на всех узлах PVM. Дополнительный PVM
поддержка должна быть скомпилирована в HMMER.

--xnu Включите фильтрацию XNU последовательностей целевого белка. Не влияет на нуклеиновую кислоту
последовательности. В пробных экспериментах --xnu кажется, работает хуже, чем
модель post hoc null2 по умолчанию.

Используйте hmm2search онлайн с помощью сервисов onworks.net