АнглийскийФранцузскийИспанский

Запустить серверы | Ubuntu > | Fedora > |


Значок OnWorks

indexdb_rna - Онлайн в облаке

Запустите indexdb_rna в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда indexdb_rna, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


indexdb_rna - инструмент для фильтрации, сопоставления и выбора OTU чтений NGS (indexdb)

СИНТАКСИС


indexdb_rna --ref db.fasta, db.idx [ОПЦИИ]

ОПИСАНИЕ


SortMeRNA - это инструмент анализа биологической последовательности для фильтрации, картирования и выбора OTU.
NGS читает. Основной алгоритм основан на приблизительных начальных числах и позволяет быстро и быстро
чувствительный анализ нуклеотидных последовательностей. Основное применение SortMeRNA - фильтрация
рРНК из метатранскриптомических данных. Дополнительные приложения включают выбор OTU и
присвоение таксономии доступно в QIIME v1.9 + (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).

SortMeRNA принимает в качестве входных данных файл чтений (формат fasta или fastq) и одну или несколько рРНК.
файл (ы) базы данных и сортирует рРНК и отклоненные чтения в два файла, указанные в
Пользователь. Необязательно, он может обеспечить высококачественное локальное выравнивание считываний рРНК против
База данных рРНК. SortMeRNA работает с данными Illumina, 454, Ion Torrent и PacBio и может
производить юстировки SAM и BLAST.

ОПЦИИ


ОБЯЗАТЕЛЬНОЕ ОПЦИИ
--ref STRING, STRING
Справочный файл FASTA, индексный файл
Пример:
--ref /путь/к/file1.fasta,/путь/к/index1
При передаче нескольких файлов ссылочной последовательности разделите их символом ':'
Пример:
--ref /путь/f1.fasta,/путь/index1:/путь/f2.fasta,путь/index2

ДОПОЛНИТЕЛЬНО ОПЦИИ
--быстро BOOL
предлагаемый вариант для выравнивания ~ 99% родственных видов (по умолчанию: выключено)

--чувствительный BOOL
предлагаемый вариант для выравнивания ~ 75-98% родственных видов (по умолчанию: включено)

--tmpdir STRING
каталог, куда записывать временные файлы

-m INT объем памяти (в мегабайтах) для построения индекса (по умолчанию: 3072)

-L INT длина семян (по умолчанию: 18)

--max_pos INT
максимальное количество позиций для хранения для каждого уникального L-мера (по умолчанию: 10000, настройка
--max_pos 0 сохранит все позиции)

-v BOOL
подробный

-h BOOL
помощь

Используйте indexdb_rna в Интернете с помощью сервисов onworks.net


Ad


Ad