indigo-depict - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

indigo-depict - утилита для визуализации молекул и реакций

СИНТАКСИС

индиго-изображать infile. {mol, rxn, cml, smi} Outfile. {png, svg, pdf} [параметры]

индиго-изображать infile. {cml, rdf, rdf.gz, sdf, sdf.gz, smi} Outfile_% s. {png, svg, pdf} [параметры]

индиго-изображать infile.smi Outfile. {cml, mol, rdf, rxn, sdf} [параметры]

индиго-изображать - УЛЫБКИ Outfile. {cml, mol, pdf, png, rxn, svg} [параметры]

индиго-изображать -Помощь

ОПИСАНИЕ

индиго-изображать используется для изображения молекул.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

индиго-изображать может читать входные файлы или код SMILES со стандартного ввода. Это может быть
за которым следует один или несколько из следующих параметров.

-w
Ширина изображения в пикселях

-h
Высота изображения в пикселях

-связь
Средняя длина облигации в пикселях

-наценки
Поля по горизонтали и вертикали в пикселях. По умолчанию нет полей

-толщина
Установите коэффициент относительной толщины. По умолчанию 1.0

-ширина линии
Установите коэффициент ширины линии скрепления. По умолчанию 1.0

-этикетка
Установите режим отображения метки атома. По умолчанию конечный гетеро

-гидро
Показать неявные водороды. По умолчанию on

- [де] аромат
Принудительная [де] ароматизация

-стерео
Режим отображения стереогрупп. По умолчанию старый

-cdbwsa
Центральные двойные связи, которые имеют соседнюю стереосвязь (по умолчанию отключено)

-запрос Рассматривать входные данные как молекулу запроса или реакцию (по умолчанию отключено)

-марки
Рассматривать входные данные как молекулу или реакцию SMARTS-запроса (по умолчанию отключено)

-idfield
Поле SDF / RDF должно быть помещено вместо '% s' в именах сохраненных файлов (по умолчанию
молекула / номер реакции)

-катализаторы
Размещение катализаторов реакции относительно стрелки. По умолчанию над и под

-комментарий
Текстовый комментарий, который нужно разместить над молекулой или реакцией. Нет значения по умолчанию

-комментарий
Вертикальное расстояние (в пикселях) между комментарием и структурой

-комментарий
Использовать указанное поле SDF / RDF в качестве комментария

-комментарий
Используйте название молекулы / реакции в качестве комментария

-комментировать
Коэффициент размера шрифта текстового комментария относительно толщины связки. По умолчанию 6

-комментарии
Положение текстового комментария (по умолчанию внизу)

-комментарий <0..1>
Выравнивание текстового комментария, значение с плавающей запятой: 0 = слева, 0.5 = центр, 1 = право

-раскраска
Включить / отключить раскраску. По умолчанию on

толстый
Включить выделение толстыми линиями и жирными символами

-hlcolor
Включить выделение цветом. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-bgcolor
Установите цвет фона. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-базовый цвет
Установите цвет переднего плана по умолчанию. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-aamcolor
Установите цвет индексов AAM. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-dsgcolor
Установите цвет данных SGroups. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-комментарий
Установите цвет комментария. Значения компонентов должны быть в диапазоне [0 255 ..]

-атомные числа
Показать номера атомов (только для целей отладки)

-облигации
Показать номера облигаций (только для целей отладки)

на основе
Начните индексы атома и связи с единицы. По умолчанию с нуля

-Помощь Распечатать это справочное сообщение

ПРИМЕРЫ

индиго-изображать infile.mol Outfile.png -раскраска от -аром
индиго-изображать база данных.sdf молекула_% s.png -idfield cdbregno -толщина 1.1
индиго-изображать база данных.smi база данных.sdf
индиго-изображать - CC. [O -] [* -] ([O -]) = O запрос.png -запрос
индиго-изображать - OCO >> CC (C) N реакция.rxn

Используйте индиго-изображение онлайн с помощью сервисов onworks.net