Это команда ipcress, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
ipcress - Система моделирования экспериментов In-silico PCR
СИНТАКСИС
айкресс [ кредита ] <букварь файл> <последовательность пути>
ОПИСАНИЕ
айкресс это Iн-силико ПЦР Eэксперимент Sимитация Sсистема.
Это инструмент для моделирования экспериментов ПЦР. Вы предоставляете файл, содержащий праймеры
и набор последовательностей, и он предсказывает продукты ПЦР.
Ipcress похож на программу e-PCR от NCBI, но работает намного быстрее и не
страдают от проблем с определением совпадений, когда рядом с праймером есть символы неоднозначности
концах.
Если вы предоставите вместе много пар праймеров, ipcress будет моделировать эксперименты ПЦР в
параллельно, что позволяет моделировать большое количество экспериментов в масштабе всего генома. Он использует много
библиотеки из реабилитировать инструмент сравнения последовательностей.
ВХОД ФОРМАТ
Входные данные для ipcress - это простой файл с разделителями-пробелами, описывающий один эксперимент на каждый
линия. Каждая строка содержит следующие 5 полей:
id Идентификатор этого эксперимента
праймер_А Последовательность для первого праймера
праймер_B Последовательность для второго праймера
min_product_len Минимальная длина продукта для отчета
max_product_len Максимальная длина продукта для отчета
Вот пример строки в этом формате:
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
ВЫВОД ФОРМАТ
Формат вывода описывает один продукт ПЦР на строку,
и имеет префикс "ipcress:", за которым следуют следующие 11 полей:
последовательность_id Идентификатор последовательности
эксперимент_ид Идентификатор эксперимента ПЦР
длина_продукта Длина продукта ПЦР
грунтовка_5 5 'праймер (А или В)
поз_5 Положение 5 'грунтовки
несоответствие_5 Количество несовпадений на 5 'грунтовке
грунтовка_3 |
поз_3 | Те же поля для 3 'грунтовки
несоответствие_3 |
описание Описание продукта ПЦР
Поле описания представляет собой одну из следующих 4 строк:
вперед Нормальный продукт, грунтовка A, затем B
компенсатор оборотов Нормальный продукт, грунтовка B, за которой следует A
один_А Плохой продукт, созданный только primer_A
одиночный_B Плохой продукт, созданный только primer_B
Также отображается понятный для человека вывод, не предназначенный для синтаксического анализа (см .:
- довольно ниже).
ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Большинство аргументов имеют краткую и длинную формы. Длинные формы
с большей вероятностью будут стабильными с течением времени и, следовательно, должны использоваться в скриптах, которые
позвоните в ipcress.
-h | --shorthelp
Покажи справку. Это отобразит краткую сводку доступных параметров, значений по умолчанию.
и текущие значения.
--Помогите
Здесь показаны все параметры справки, включая значения по умолчанию, текущее установленное значение,
и переменная среды, которая может использоваться для установки каждого параметра. Там будет
быть указателем того, какие опции являются обязательными. Обязательные опции не имеют
по умолчанию и должно иметь значение, указанное для запуска ipcress. Если обязательные параметры
используются по порядку, их флаги можно пропустить из командной строки (см. примеры
ниже). В отличие от этой страницы руководства, информация из этой опции всегда будет отображаться.
на сегодняшний день с последней версией программы.
-v | --версия
Отобразите номер версии. Также отображает другую информацию, такую как дата сборки
и использовалась версия glib.
ФАЙЛОВ ВХОД ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-i | --Вход
Данные эксперимента ПЦР в формате файла ipcress, описанном выше.
-s | --последовательность
Укажите последовательности. Здесь можно указать несколько файлов, что сокращает время FSM.
накладные расходы на создание и заставляет ipcress работать быстрее, чем запускать процесс
в отдельности.
IPCRESS ПАРАМЕТРЫ
-m | --несоответствие
Укажите количество несовпадений, разрешенных на праймер. Разрешение несоответствий уменьшает
скорость программы, так как должна быть построена большая окрестность праймера, и
меньшее количество экспериментов может быть помещено в память перед каждым сканированием последовательности
базы данных.
-M | --объем памяти
Укажите объем памяти, который должна использовать программа. Чем больше памяти сделано
доступный ipcress, тем быстрее он будет работать, так как можно проводить больше экспериментов ПЦР
при каждом сканировании баз данных последовательностей. Это не включает память, используемую во время
сканирование (для хранения частичных результатов и последовательностей), поэтому фактическое количество
объем используемой памяти будет немного больше.
-p | --хорошенький
Отображение результатов в удобочитаемом формате, не предназначенном для анализа.
-P | --продукты
Отобразите продукты ПЦР как последовательность формата FASTA.
-S | --семя
Укажите длину начального числа для wordneighbourhood для конечного автомата. Если установлено в ноль,
используется полная грунтовка. Более короткие слова уменьшают размер района, но
увеличить время, затрачиваемое ipcress на фильтрацию ложноположительных совпадений.
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА
Еще не задокументировано.
ПРИМЕРЫ
айкресс test.ippress последовательность.фаста
Это самый простой способ использования ipcress.
айкресс dbsts_human.ipcress --последовательность ncbi30 / *. fasta --несоответствие 1
Сравните входной файл с набором файлов fasta, допуская одно несоответствие в каждом
грунтовка.
Версия
Эта документация прилагается к версии 2.2.0 пакета exonerate.
Используйте ipcress онлайн с помощью сервисов onworks.net
