king-probe - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

king-probe - оценка и визуализация межатомной упаковки белка

ОПИСАНИЕ

Синтаксис: probe input.pdb >> out.kin

или: probe [флаги] "шаблон src" ["целевой шаблон"] pdbfiles ... >> out.kin

Флаги:
-Себя самопересечение: src -> src (по умолчанию)

-Оба пересекаются в обе стороны: src <=> targ

-Однажды единственное пересечение: src -> targ

-Из внешняя ван-дер-ваальсовая поверхность src (поверхность контакта с растворителем)

-АВТОбондрот имя файла
читать и обрабатывать файл autobondrot

ярлыки:

< > так же, как: -4Н -mc -Het сам "altA ogt33"

-ПО УМОЛЧАНИЮ
так же, как: < >, но разрешает некоторые другие флаги

-SCПоверхность такой же как: капля -рад1.4 -вне "не вода"

-Незащищенный
такой же как: капля -рад1.4 -вне (примечание: выкройка расходных материалов)

-Поверхность
такой же как: капля -рад0.0 -добавить1.4 -вне "не вода"

-ДОСТУП
такой же как: капля -рад0.0 -добавить1.4 -вне (примечание: выкройка расходных материалов)

-СКАН0 такой же как: -4Н -mc сам "alta blt40 ogt33"

-СКАН1 такой же как: -4Н -однажды "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (не вода ogt33)"

-ДУМПАтоминфо
посчитать атомы в выделении: src

(обратите внимание, что BOTH и ONCE требуют двух шаблонов, в то время как

OUT, SELF и DUMPATOMINFO требуют только одного шаблона)

-Скрытый
неявные водороды

-Явный
явные водороды (по умолчанию)

-Плотность#
установить плотность точек (по умолчанию 16 точек / кв. A)

-Радиус#. #
установить радиус датчика (по умолчанию 0.25 А)

-ADDvdw#. #
добавлено смещение к радиусам Ван-дер-Ваальса (по умолчанию 0.0)

-SCALEvdw#. # масштабный коэффициент для радиусов Ван-дер-Ваальса (по умолчанию 1.0)

-COSCale#. #
шкала C = O углеродные радиусы Ван-дер-Ваальса (по умолчанию 0.94)

-Шип рисовать шип вместо точек (по умолчанию)

-Шип#. #
установить шкалу пиков (по умолчанию = 0.5)

-НОСпайк
рисовать только точки

-HBRОбычный#. # максимальное перекрытие для обычных Hbonds (по умолчанию = 0.6)

-HBC заряжен#. # максимальное перекрытие для заряженных Hbonds (по умолчанию = 0.8)

-Держать оставить невыделенные атомы (по умолчанию)

-Уронить отбросить невыбранные атомы

-ЛИМит ограничить точки неровностей до максимального расстояния при поцелуях (по умолчанию)

-Нет ограничений
не ограничивайте неровности

-LEN добавить ключевое слово линзы в файл kin

-НОЛЕНы
не добавлять ключевое слово линзы в файл kin (по умолчанию)

-МС включают взаимодействия mainchain-> mainchain

-ВЕТРЫ включать точки в группы HET, не относящиеся к воде (по умолчанию)

-НЕЦ
исключить точки из неводных HET-групп

-ВОДЫ
добавить точки к воде (по умолчанию)

-NOWATers
исключить точки на воду

-WAT2ват
показать точки между водами

-ДУМФ2О
включить воду H? векторный список на выходе

-4Н увеличить удаление точки цепочки связей до 4 для H (по умолчанию)

-3 ограничить удаление точки цепочки связей до 3

-2 ограничить удаление точки цепочки связей до 2

-1 ограничить удаление точки цепочки связей до 1

-ИГНОРЕ "шаблон" явное удаление: игнорировать атомы, выбранные шаблоном

-ДОЧО
признать CH..O Hbonds

-ЧО#. #
масштабный коэффициент для оценки CH..O Hbond (по умолчанию = 0.5)

-Полярный
использовать короткие радиусы полярных атомов водорода (по умолчанию)

-NOPolarH
не сокращают радиусы полярных водородов

-NOFACEhbond не отождествлять HBonds с ароматными лицами

-Name "name" укажите название группы (по умолчанию "точки")

-ДОТМАСТЕР
имя группы, используемое как дополнительный мастер = {имя} в списках

-НОГруппа
не генерировать оператор @group в выводе в формате .kin

-KINimage
добавить оператор @kinemage 1 в начало вывода формата .kin

-Счетчик
произвести подсчет точек, а не список точек

-Неинформированный
выводить необработанную информацию о точках

имя: пат: тип: srcAtom: targAtom: mingap: gap: spX:
шпион: spZ: spikeLen: score: stype: ttype: x: y: z: sBval: tBval:

-ОФОРМАТ
информация о выходной точке, отформатированная для отображения в O

-XVФОРМАТ
информация о выходной точке, отформатированная для отображения в XtalView

-ОДНА ЛИНИЯ
выведите одну строку: контакты: по: серьезности: тип:

-GAPцвет
цветные точки по величине зазора (по умолчанию)

-АТОМцвет
цветные точки по типу атома

-БАЗОВЫЙ цвет
цветные точки по основному типу нуклеиновой кислоты

-ЦВЕТ База
цветные точки по пробелу и основному типу нуклеиновой кислоты

-OUTCOLor "name" укажите цвет точки для -ИЗ (по умолчанию "серый")

-GAPВес#
установить вес для подсчета пробелов (по умолчанию 0.25)

-BUMPВес# установить относительный масштаб для оценки неровностей (по умолчанию 10.0)

-HBВес#
установить относительную шкалу для оценки Hbonds (по умолчанию 4.0)

-DIVНизкий#. #
Разделение категорий рельефа (по умолчанию -0.4)

-DIVВысокий#. #
Разделение категорий контактов (по умолчанию 0.25)

-MINOCКвартира#. #
Заполнение ниже этого равно нулю (по умолчанию 0.02)

-Элемент
добавить мастер-кнопки для разных элементов в выводе kin

-НЕТ
не выводить контакты для HBonds

-NOCLASHOUT
не выводить контакты на коллизии

-НОВДВУТ
не выводить контакты для ван-дер-ваальсовых взаимодействий

- ТОЛЬКО ПЛОХО
onlybadout выводит плохие коллизии (сильное перекрытие контактов)

-РЕЗЮМЕ
вывести сводный список контактов и коллизий

-ОДНА ЛИНИЯ
вывод сводного списка на oneline

-НОТИКИ
не отображать бегущую строку названия остатка во время обработки

-STDBOND
использовать только стандартные образцы склеивания в стандартных остатках

-НЕТ
не связывают водороды на основе таблицы родительских тяжелых атомов

-СЕГИД используйте поле PDB SegID для различения остатков

-ОЛДУ генерировать старый стиль -u вывод: kissEdge2BullsEye и т. д.

-Подробный
подробный режим (по умолчанию)

-Ссылка
отображать ссылочную строку

-Изменения
отобразить список изменений программы

-Тихо Тихий режим

-Помощь показать расширенное справочное уведомление (включая другие флаги)

-ВЕРСИЯ
однострочная версия для стандартного вывода

Элементы шаблона: (в командной строке следует заключать в кавычки)

ФАЙЛ # в файле #

МОДЕЛЬ № в модели №

ЦЕПЬНаа
внутри цепочки

SEГаааа
идентификатор сегмента aaaa (где _ означает пробел)

ALTa альтернативная конформация a

АТОМаааа
имя атома aaaa (где _ означает пробел) (используются все 4 символа, поэтому H будет
АТОМ_H__)

RESaaa остаток aaa

# остаток #

# остаток #, вставить

# - # диапазон остатков # (коды вставки игнорируются)

тип остатка по однобуквенным кодам (например, y)

Тип остатка aaa с помощью трехбуквенного кода (например, tyr)

ВСЕ, БЕЛК, MC, SC, ОСНОВА, АЛЬФА, БЕТА, АЗОТ, УГЛЕРОД,
КИСЛОРОД, СЕРУ, ФОСФОР, ВОДОРОД, МЕТАЛЛ, ПОЛЯРНЫЙ,
НЕПОЛЯРНЫЙ, ЗАРЯЖЕННЫЙ, ДОНОР, АКЦЕПТОР, АРОМАТИЧЕСКИЙ, МЕТИЛ, HET, ВОДА, ДНК, РНК

все или подмножество атомов

OLT # Занятость меньше # (целые проценты)

OGT # Занятость больше # (целое число в процентах)

BLT # B-значение меньше # (целое число)

BGT # B-значение больше # (целое число)

INSa Вставьте код a (где _ означает пробел)

ВНУТРИ #. # OF #. #, #. #, #. #
атомы на расстоянии от точки

Шаблоны можно объединять в списки, разделенные запятыми, например "trp, phe, tyr", что означает
TRP или PHE или TYR.

Все шаблоны, разделенные пробелами, должны быть верными, например "chainb 1-5", что означает
остатки с 1 по 5 в цепи B.

Вы также можете группировать шаблоны с помощью скобок, разделять несколько шаблонов с помощью |
означает "или" и выберите дополнение с НЕ, как в "не файл1", что означает не в
файл 1.

Файл autobondrot похож на другие входные файлы PDB, но содержит информацию
идентификация атомов, подверженных вращению и другим преобразованиям.

Пример фрагмента файла autobondrot, показывающий вращение связи Calpha-Cbeta и периодическое
функция штрафа за кручение для этого вращения

АТОМ 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot: chi1: 78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos: -3: 60: 3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Команды Autobondrot используют двоеточия для разделения значений Преобразования:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # пустышка

Функции смещения:
COS: scale: phaseOffset: frequency POLY: scale: offset: polynomialDegree CONST: значение

Разветвление:
СОХРАНИТЬ и ВОССТАНОВИТЬ или "(" и ")"

(например, чтобы повернуть каждый Chi и метилы для изолейцина,

последовательность: rotChi1 / SAVE / rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2)

Установить ориентацию: GO: angle1: angle2: ... Включить файлы: @filename Комментарии:
# текст комментария

зонд: версия 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

Используйте king-probe онлайн с помощью сервисов onworks.net