Это команда kissplice, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kissplice - обнаружение полиморфизмов в данных RNA-seq.
СИНТАКСИС
поцелуй -h
kissplice [ВАРИАНТ] [-r ЧИТАТЬ]
ОПИСАНИЕ
Обнаруживает альтернативные события сплайсинга и другие виды полиморфизмов из READFILES (в
Формат FASTA или FASTQ).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-час, --Помогите
Показать это справочное сообщение и выйти.
-r ЧИТАТЬ
Введите файлы чтения fasta / q (несколько, например "-r file1 -r файл2 ... ").
-k КВАЛ
Размер k-mer (по умолчанию = 25).
-l LLMAX
Максимальная длина более короткого пути (по умолчанию: 2k-1).
-m ЛЛ_МИН
Минимальная длина более короткого пути (по умолчанию 2k-8).
-M UL_MAX
Максимальная длина самого длинного пути (по умолчанию 1000), пропущенные экзоны длиннее UL_MAX
не сообщается.
-g ГРАФ_ПРЕФИКС
Путь и префикс к предварительно созданному графу де Брейна (с суффиксом .edges / .nodes), если они используются совместно
используется с -r, график, используемый для поиска пузырьков и считываний, используемых для количественной оценки.
-o OUT_DIR
Путь для хранения результатов (по умолчанию = ./results).
-d PATH_TO_TMP
Определенный каталог (абсолютный путь), в котором создаются временные файлы (по умолчанию
временный каталог в противном случае).
-t НБПРОКС
Количество ядер (должно быть <= количество физических ядер).
-s Не выводить SNP (экономит время).
-v Подробный режим.
-u Сохраните файл узлов / краев для незаконченных скрытых копий.
-c MIN_COV
Выбросьте k-мер, которые присутствуют в
набор данных. (по умолчанию 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
Отбросить края с относительным покрытием ниже MIN_RELATIVE_COV, выраженное как
процент в [0,1). (по умолчанию 0.02).
-z GENOME_SIZE
Предполагаемое количество узлов в Графе Де-Брюэна. (по умолчанию = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
Классифицируйте как неточные повторы те пузыри, расстояние редактирования контуров которых меньше
чем MIN_EDIT_DIST (по умолчанию 3).
-y MAX_CYCLES
Максимальное количество пузырьковых перечислений в каждом СК. При превышении пузыря не выводится
для скрытой копии (по умолчанию 10000).
- тайм-аут TIMEOUT
Максимальное время (в секундах), затрачиваемое на подсчет пузырьков в каждой скрытой копии. Если
превышено, пузырек для скрытой копии не выводится (по умолчанию 900).
--версия
Вывести номер версии программы и выйти.
Используйте kissplice онлайн с помощью сервисов onworks.net
