Это команда kissreads, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kissreads - страница руководства для kissreads 1.2.6
ОПИСАНИЕ
НАЗВАНИЕ kissReads, версия модуля kissreads 1.2.6 - Copyright INRIA - Лицензия CeCILL
ОБЗОР kissreads / kissreads [
[
[-I] [-i индекс_страйда] [-m файл_выравнивания] [-s] [-f] [-h]
ОПИСАНИЕ Проверяет каждую последовательность, содержащуюся в toCheck.fasta, если она прочитана.
когерентно (каждая позиция покрывается как минимум чтением (-ями) "min_coverage") с чтениями из
readsA.fasta или readsB.fasta Последовательность s от toCheck обрабатывается следующим образом:
if (согласован по крайней мере с одним набором чтения): вывести последовательность следующим образом
> оригинальный комментарий фаста | C1: мин. s
С A: мин
покрытие в readsA.fasta <среднее покрытие в readsA.fasta - R-квадрат исправлено
среднее в readsA.fa <значение позиции, имеющей максимальное покрытие в
readsA.fasta Покрытие - это количество чтений, которые точно отображают позицию
Любая другая ситуация (не согласуется ни с одной): пара несогласованных при чтении, не
вытесненный
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-k size_seed: будут использовать семена длины size_seed. По умолчанию: 25.
-O minimal_read_overlap: чтение может быть отображено, если его перекрытие минимально
«минимальное_читаемое_ перекрытие». По умолчанию: k
-c min_coverage: последовательность покрывается как минимум последовательными чтениями min_coverage. По умолчанию: 2
-d max_substitutions: Максимальное количество разрешенных замен между чтением и
фрагмент. Обратите внимание, что замена на центральной позиции запрещена, пока
анализ вывода kissnp. По умолчанию: 1.
-o file_name: записывать согласованные по чтению выходные данные. По умолчанию: стандартный вывод
-u имя_файла: записывать непрочитанные последовательные выходные данные. По умолчанию: стандартный вывод
-n входной файл (toCheck.fasta) является выходом kissnp (несовместим с -I опция)
в этом случае: 1 / учитываются только верхние символы (отображение не выполняется на
расширения) и 2 / центральная позиция (где встречается SNP) строго отображается,
замена на эту должность не допускается.
-I входной файл (toCheck.fasta) является выходом Intl (несовместим с -n опция)
-i index_stride (целое значение). Это эвристика для ограничения объема памяти.
Вместо того, чтобы индексировать каждый kmer из последовательностей, содержащихся в toCheck.fasta,
kissreads индексирует кмеры, встречающиеся в каждой позиции index_stride. По умолчанию = 1 (нет
эвристические)
-t максимальное количество потоков (также ограничено количеством входных файлов)
-m align_file, записать файл чтения, сопоставленный с последовательностями в файле align_file
-s бесшумный режим
-f выводит согласованные события в стандартный формат файла fasta
-h печатает это сообщение и выходит
Используйте kissreads онлайн с помощью сервисов onworks.net
