Это команда macs2_bdgdiff, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
macs2_bdgdiff - Анализ на основе модели для ChIP-секвенирования
ОПИСАНИЕ
использование: macs2 bdgdiff [-h] --t1 Т1БДГ --t2 Т2БДГ --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C ОТРЕЗ] [-l МИНДЛЕН] [-g МАКСИМАЛЬНЫЙ ПРОЗОР] [--d1 ГЛУБИНА1]
[--d2 ГЛУБИНА2] [--outdir ВНЕШНЯЯ КАТАЛОГА] (--o-префикс ОПРЕФИКС | -o ОФИЛЕ ОФИЛЕ ОФИЛЕ)
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
--t1 Т1БДГ
MACS pileup bed График для условия 1. Несовместимо с callpeak. --СПМР вывод.
ТРЕБУЕТСЯ
--t2 Т2БДГ
MACS pileup bed График для условия 2. Несовместимо с callpeak. --СПМР вывод.
ТРЕБУЕТСЯ
--c1 C1BDG
MACS control lambda bed Graph for condition 1. Несовместимо с callpeak. --СПМР
выход. ТРЕБУЕТСЯ
--c2 C2BDG
MACS control lambda bed Graph for condition 2. Несовместимо с callpeak. --СПМР
выход. ТРЕБУЕТСЯ
-C ОТРЕЗАТЬ, --отрезать ОТРЕЗАТЬ
отсечка logLR. ПО УМОЛЧАНИЮ: 3 (отношение правдоподобия = 1000)
-l МИНЛЕН, --мин-лен МИНЛЕН
Минимальная длина дифференциальной области. Попробуйте большее значение, чтобы удалить небольшие участки.
ПО УМОЛЧАНИЮ: 200
-g МАКСГАП, --max-разрыв МАКСГАП
Максимальный зазор для объединения близлежащих дифференциальных регионов. Рассмотрите более широкий разрыв для широкого
Метки. Максимальный зазор должен быть меньше минимальной длины (-g). ПО УМОЛЧАНИЮ: 100
--d1 ГЛУБИНА1, --глубина1 ГЛУБИНА1
Глубина секвенирования (количество неизбыточных чтений в миллионах) для условия 1. Она будет
используется вместе с --d2. См. Описание для --d2 ниже о том, как их назначить.
По умолчанию: 1
--d2 ГЛУБИНА2, --глубина2 ГЛУБИНА2
Глубина секвенирования (количество неизбыточных чтений в миллионах) для условия 2. Она будет
используется вместе с --d1. DEPTH1 и DEPTH2 будут использоваться для расчета масштабирования.
коэффициент для каждого образца, чтобы уменьшить масштаб большего образца до уровня меньшего.
Например, сравнивая 10 миллионов условий 1 и 20 миллионов условий 2, используйте
--d1 10 --d2 20, то значение pileup в bedGraph для условия 2 будет разделено на
2. По умолчанию: 1
--outdir ВНЕШНИЙ
Если указано, все выходные файлы будут записаны в этот каталог. По умолчанию:
текущий рабочий каталог
--o-префикс ОПРЕФИКС
Префикс выходного файла. Фактические файлы будут называться PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed и PREFIX_common.bed. Взаимоисключающий с -o/ - офиле.
-o ОФИЛЕ ОФИЛЕ ОФИЛЕ, --файл ОФИЛЕ ОФИЛЕ ОФИЛЕ
Имена файлов вывода. Необходимо указать три аргумента по порядку: 1. файл для уникальных регионов в
условие 1; 2. файл для уникальных регионов в условии 2; 3. файл для общих регионов
в обоих условиях. Примечание: взаимоисключающие с --o-префикс.
Используйте macs2_bdgdiff онлайн с помощью сервисов onworks.net
