Это команда macs2_bdgopt, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
macs2_bdgopt - Анализ на основе модели для ChIP-секвенирования
ОПИСАНИЕ
использование: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {умножить, добавить, p2q}]
[-p [ЭКСТРАПАРАМ [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЙ ПАРАМЕТР ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
ОФИЛЕ
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
-i ИФИЛЕ, --ifile ИФИЛЕ
Оценка MACS в bedGraph. Примечание: это должен быть файл bedGraph, охватывающий ВСЕ
геном. ТРЕБУЕТСЯ
-m {умножить, сложить, p2q}, --метод {умножить, сложить, p2q}
Метод изменения столбца партитуры файла bedGraph. Доступные варианты:
умножить, сложить или p2q. 1) умножить, ЭКСТРАПАРАМ требуется и будет
умножается на колонку очков. Если вы собираетесь разделить столбец оценок на X, используйте
значение 1 / X как EXTRAPARAM. 2) добавьте, EXTRAPARAM требуется и будет добавлен в
столбец с очками. Если вы намереваетесь вычесть столбец оценок на X, используйте значение -X
как EXTRAPARAM. 3) p2q, это преобразует оценки p-значения в оценки q-значения, используя
Процесс Бенджамини-Хохберга. ЭКСТРАПАРАМ не требуется. Этот метод предполагает
оценки -log10 p-значение из MACS2. Любые другие типы очков вызовут
непредвиденные ошибки.
-p [ЭКСТРАПАРАМ [ЭКСТРАПАРАМ ...]], --дополнительный параметр [ЭКСТРАПАРАМ [ЭКСТРАПАРАМ ...]]
Дополнительный параметр для МЕТОДА. Проверьте детали -m опцию.
--outdir ВНЕШНИЙ
Если указано, все выходные файлы будут записаны в этот каталог. По умолчанию:
текущий рабочий каталог
-o ОФИЛЕ, --файл ОФИЛЕ
Выходное имя файла BEDGraph.
Используйте macs2_bdgopt в Интернете с помощью сервисов onworks.net
