Это команда macs2, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
macs2 - macs2 - Анализ на основе модели для ChIP-секвенирования
ОПИСАНИЕ
использование: macs2 [-h] [--version]
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, Refinpeak}
...
макс2 -- Анализ на основе моделей для ChIP-секвенирования
позиционный аргументы:
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, predictd, pileup, randsample, Refinpeak}
пик звонка
Основная функция MACS2: Вызов пиков по результатам выравнивания.
бдгпикколл
Вызов пиков из вывода bedGraph. Примечание: все области одной хромосомы в
Файл bedGraph должен быть непрерывным, поэтому только файлы bedGraph из MACS2
виновный.
bdgbroadcall
Вызов широких пиков из вывода bedGraph. Примечание: все области одной хромосомы в
файл bedGraph должен быть непрерывным, поэтому только файлы bedGraph из MACS2
виновный.
bdgcmp Снижение шума путем сравнения двух сигнальных дорожек в bedGraph. Примечание. Все регионы на
одна и та же хромосома в файле bedGraph должна быть непрерывной, поэтому только файлы bedGraph
от MACS2.
bdgopt Операции со столбцом очков в файле bedGraph. Примечание: все регионы одинаковы
хромосома в файле bedGraph должна быть непрерывной, поэтому только файлы bedGraph из
MACS2 допустимы.
смбрепс
Объедините BEDGraphs оценок из повторов. Примечание: все регионы одинаковы
хромосома в файле bedGraph должна быть непрерывной, поэтому только файлы bedGraph из
MACS2 допустимы.
бдгдифф
Дифференциальное обнаружение пиков на основе четырех парных файлов графических изображений. Примечание: все регионы
на той же хромосоме в файле bedGraph должен быть непрерывным, поэтому только bedGraph
файлы из MACS2 допустимы.
фильтрация
Удалите повторяющиеся чтения в одной и той же позиции, затем преобразуйте приемлемый формат в BED
формат.
предсказанный
Предсказать размер d или фрагмента по результатам выравнивания. * НЕ будет фильтровать дубликаты *
pileup Выровненные чтения Pileup с заданным размером расширения (размер фрагмента или d в MACS
язык). Обратите внимание, что для фильтрации или секвенирования повторяющихся чтений не будет никаких шагов.
масштабирование глубины, поэтому вам может потребоваться определенная предварительная / постобработка.
случайная выборка
Произвольно выбирайте количество / процент от общего числа чтений.
уточнять
(Экспериментальный) Выполняйте согласование необработанных считываний, уточняйте вершины вершин и выставляйте оценки
измерение баланса меток отходов / криков. В духе SPP.
необязательный аргументы:
-h, --Помогите
показать это справочное сообщение и выйти
--версия
показать номер версии программы и выйти
Для параметров командной строки каждой команды введите: macs2 КОМАНДА -h
Используйте macs2 онлайн с помощью сервисов onworks.net
