maqview - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

Maqview - индексатор и просмотрщик выравнивания Maq

СИНТАКСИС

индекс -i|-v|-b [-c in.cns] дюйм. карта [CHR[:Начало[-конец]] [...]]

Маквью [-c in.cns] дюйм. карта

ОПИСАНИЕ

Маквью представляет собой набор программ, обеспечивающих быстрый произвольный доступ к файлу выравнивания
генерируется `MAQ map 'и отображает выравнивание с красивым графическим интерфейсом (графический пользовательский
Интерфейс). Он очень эффективен с точки зрения скорости, использования памяти и диска. Маквью основан на
OpenGL, как известно, работает как в Mac OS X, так и в Linux. Портирование на Windows в принципе
легко.

индекс
индекс -i|-v|-b [-c in.cns] дюйм. карта [CHR[:Начало[-конец]] [...]]

-i Индексируйте файл выравнивания

-v Распечатайте выравнивание в указанном регионе в формате `maq mapview '

-b Дамп выравнивания в указанной области в двоичном формате .map

-c ФАЙЛОВ Индексируйте консенсусный файл Maq для одновременного просмотра в maqview

FitPartner™ индекс индексирует файл выравнивания maq дюйм. карта или быстро извлекает все считанные данные в
один или несколько регионов. Один из -i, -v и -b должны быть использованы. Для -v or -b, хотя бы один
должны быть указаны такие регионы, как `chrX ',` chrX: 1000' или `chrX: 1,000-2,000 '. Несколько регионов
разрешается.

Маквью
Маквью [-c in.cns] дюйм. карта

-c ФАЙЛОВ Файл консенсуса Maq

FitPartner™ Маквью отображает прочитанное выравнивание в графическом окне. Когда in.cns is
указано, что верхняя последовательность является ссылкой, за которой следует согласованная последовательность Maq;
в противном случае будет рассчитываться консенсус по правилу большинства.

Maqview имеет два представления: представление последовательности и представление окна. В представлении последовательности прочтите последовательности
будет напечатан на экране. Более темные базы указывают на более низкие базовые качества, а красные -
показать различия по сравнению с эталоном, если in.cns указан или
консенсус по правилу большинства, если нет. В рамке показаны разные типы нуклеотидов.
представлены в виде цветных полей с зеленым для A, голубым для C, оранжевым для G, красным для T и темным
серый для N. Насыщенность цветов указывает на базовые качества и толщину линий.
of reads показывает качество сопоставления прочитанных выравниваний. Увеличение / уменьшение поддерживается только
в окне просмотра. В обоих представлениях в строке состояния в нижней части окна будут отображаться некоторые
информация о касаниях клавиш, а также чтение названий и основных качеств, на которые указывает мышь.

Навигация по выравниванию осуществляется с помощью разнообразных привязок клавиш.

· Привязки клавиш:

? Показать справку
Выход
Просмотр последовательности
Вид коробки
p Переход к предыдущей справочной последовательности
n Перейти к следующей контрольной последовательности
r Обновить

Переместитесь в позицию, указанную
ч / Двигайтесь влево на одну базу
л / Двигайтесь вправо на одну базу
k / На одну строку вверх
j / На одну строку вниз
> Перейти к следующему чтению
<Перейти к предыдущему чтению
грамм / Перейти к началу текущей ссылки
ГРАММ / Перейти в конец текущего справочника
u / Перейти на одну страницу влево
/ Перейти на одну страницу вправо
Двигаться на 100 баз
Двигаться на 1000 баз

+ Добавить новый вид
- Удалить текущий вид

Включение / выключение автоматической прокрутки вправо
^ b Включение / выключение автопрокрутки влево
+ Увеличить
- Уменьшить
0 Масштаб до масштаба по умолчанию
q Переключить отображение / скрытие качества отображения
e Переключить отображение качества отображения SE / PE
o Откройте новый файл выравнивания

· Введите целое число и нажмите перейти в нужную позицию.

· Введите целое число и нажмите любую клавишу, кроме чтобы ускорить прокрутку
указанный коэффициент.

· Щелкните левой кнопкой мыши и перетащите желтый крест в квадрате, чтобы перемещаться по последовательности. Верно
щелкните ссылку, чтобы выделить столбец.

Используйте maqview онлайн с помощью сервисов onworks.net