meryl - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

мерил - подсчет и коммунальные услуги в ядре и вне ядра

СИНТАКСИС

Оценка Память большого города,
Мерил -P -m Kmersize [-c #] [-p] -s сек.фаста

Мерил -P -m Kmersize [-c #] [-p] -n наемник

Строительство a ТАБЛИЦЫ
Мерил -B -m Kmersize [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L незначительное появление] [-U макс. встречаемость]
[-потоки n | {-сегменты сегментами | -объем памяти мегабайта} [-configbatch [-sge название работы]]]
-s сек.фаста -o префикс таблицы

Мерил -подсчет партии номер [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o префикс таблицы

Мерил -объединить пакет номер [-слиться "qsuboptionstring"] -o префикс таблицы

Выполнение операции on a ТАБЛИЦЫ
Мерил -M операция [-v] -s префикс таблицы [-s префикс таблицы2 ...] -o выходной

Демпинг a ТАБЛИЦЫ
Мерил -Дх -s префикс таблицы

Мерил -Дт -n минимальное количество -s префикс таблицы

ОПИСАНИЕ

Мерил вычисляет кмерское содержание геномных последовательностей. Кмерское содержание представлено в виде
список kmers и количество раз, которое каждый встречается во входных последовательностях. Кмер может быть
ограничивается только прямым кмером, только обратным кмером или каноническим кмером
(лексикографически меньше прямого и обратного кмеров в каждом месте). Мерил может
сообщать гистограмму подсчетов, список кмеров и их подсчеты или выполнять
математические и установочные операции над обработанными файлами данных.

Выход Мерил это два двоичных файла, называемых базой данных meryl, которые можно быстро
сбрасывается, чтобы получить гистограмму подсчетов или фактических подсчетов. Поставляется библиотека C ++
для прямого доступа к файлам.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-P Оцените требования к памяти. Учитывая файл последовательности (-s) или верхний предел
количество мер в файле (-n), вычислите размер таблицы (-t в сборке), чтобы минимизировать
использование памяти. Этот режим распознает следующие параметры:

-m # размер мера (обязательно)

-c # гомополимерное сжатие (необязательно)

-p включить позиции

-s сек.фаста
Файл последовательности для сканирования для определения количества mers

-n # вычислить параметры, предполагая, что файл с таким количеством элементов

Только один из -s, -n необходимо указать. Если даны оба, -s имеет приоритет.

-B Вычислить таблицы количества мер для файла последовательности (-s) и множество параметров. К
по умолчанию обрабатываются обе нити.

-f строить только для прямой пряди

-r строить только для обратной пряди

-C использовать канонические мерки (предполагает обе нити)

-L # НЕ сохраняйте числа, которые встречаются менее # раз

-U # НЕ сохраняйте числа, которые встречаются более # раз.

-m # размер мера (обязательно)

-c # гомополимерное сжатие (необязательно)

-p включить позиции

-s сек.фаста
последовательность построения таблицы для

-o префикс таблицы
префикс выходной таблицы

-v развлечь пользователя

Ассоциация Мерил процесс может выполняться в одном большом пакете памяти, во многих маленьких пакетах памяти,
или под управлением SGE, все с использованием или без использования нескольких ядер ЦП. По умолчанию,
вычисление выполняется как один большой последовательный процесс. Многопоточная работа
возможна за дополнительную плату, как сегментированная работа, за дополнительную
Расходы на ввод / вывод.

С резьбой операция
Разделите счет на n частей почти одинакового размера. Это использует дополнительный
ч МБ (от -P) на поток.

-потоки n
использование n потоки для построения

Сегментированный, последовательный операция
Разделите счет на части, которые уместятся не более чем в m МБ.
памяти или на n частей равного размера. Каждая часть вычисляется последовательно,
и результаты объединяются в конце. Только один из -объем памяти и -сегменты is
необходимо.

-объем памяти m
использовать самое большее m МБ памяти на сегмент

-сегменты n
использование n сегментами

Сегментированный, дозируемой операция
То же, что и последовательный, за исключением того, что позволяет выполнять каждый сегмент вручную.
в параллели. Только один из -объем памяти и -сегменты необходим. Также см.
ПРИМЕР раздел на этой странице.

-объем памяти m
использовать самое большее m МБ памяти на сегмент

-сегменты n
использование n сегментами

-configbatch
создавать партии

-подсчет партии n
номер партии запуска n

-объединить пакет
объединить партии

Пакетный режим может работать в сетке.

-sge название работы
уникальное имя задания для этого выполнения. Мерил представит вакансии с именем
mpназвание работы, нкназвание работы, нмназвание работы, для фаз подготовки, подсчета и слияния.

-sgebuild "параметры"

-слиться "параметры"
любые дополнительные возможности qsub(1) (например, "-p -153 -пе нить 2 -A
merylaccount ») NB - -N будут проигнорированы NB - обязательно укажите
кредита

-M Имея список таблиц, выполните математическую, логическую или пороговую операцию. Пока не
указано, все операции производятся с любым количеством баз данных. Математические операции:

мин count - минимальное количество для всех баз данных. Если мер НЕ существует в
во всех базах данных мер имеет нулевой счет и НЕ отображается на выходе.

Minexist
count - это минимальное количество для всех баз данных, содержащих mer

Макс count - максимальное количество для всех баз данных

Добавить count - это сумма счетчиков для всех баз данных

ниже count - первое минус второе (только двоичное)

ABS count - абсолютное значение первого минус второе (только двоичное)

Логические операции:

и выводит mer, если он существует во всех базах данных

NAND выводит mer, если он существует хотя бы в одной, но не во всех базах данных

or выводит mer, если он существует хотя бы в одной базе данных

исключающее выводит mer, если он существует в нечетном количестве баз данных

Пороговые операции:

меньше, чем x
выводит mer, если и только если он имеет count <x

меньше, чем равный x
выводит mer, если и только если он имеет count <= x

лучше чем x
выводит mer, если и только если он имеет count> x

больше, чем равно x
выводит mer, если и только если он имеет count> = x

равный x
выводит mer, если он имеет count == x

Пороговые операции работают только с одной базой данных.

-s префикс таблицы
использование префикс таблицы как база данных

-o префикс таблицы
создать этот вывод

-v развлечь пользователя

-D Таблица дампа (не все из них работают)

-Дд Выгрузите гистограмму расстояния между одинаковыми мерами.

-Дт Dump mers> = порог. Использовать -n чтобы указать порог.

-Округ Колумбия Подсчитайте количество мер, различных мер и уникальных мер.

-Дх Выгрузить (в стандартный вывод) гистограмму количества мер.

-s Прочтите отсюда таблицу подсчета (не используйте .mcdat или .mcidx).

ПРИМЕР

Партия создание of a ТАБЛИЦЫ
Инициализируйте вычисление с помощью -configbatch, которому нужны все варианты сборки. Выполнить все
-подсчет партии рабочие места, тогда -объединить пакет , чтобы закончить.

Мерил -configbatch -B [опции] -o файл
Мерил -подсчет партии 0 -o файл
Мерил -подсчет партии 1 -o файл
...
Мерил -подсчет партии N -o файл
Мерил -объединить пакет N -o файл

Используйте meryl онлайн с помощью сервисов onworks.net