Minimap - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

миникарта - быстрое отображение между длинными последовательностями ДНК

СИНТАКСИС

миникарта [-лСОВ] [-k Kmer] [-w размер выигрыша] [-I размер партии] [-d дампФайл] [-f OccThres] [-r
пропускная способность] [-m minShared] [-c minCount] [-L минматч] [-g максимальный зазор] [-T пыль] [-t
нпотоки] [-x заданной] target.fa запрос.fa > вывод.paf

ОПИСАНИЕ

Миникарта - это инструмент для эффективного поиска нескольких приблизительных позиций на карте между двумя
наборы длинных последовательностей, например, между считыванием и эталонным геномом, между геномами и
между долгими шумными чтениями. Миникарта имеет этапы индексации и отображения. В индексации
фаза, он собирает все минимизаторы большого пакета целевых последовательностей в хеш-таблице; в
на этапе отображения он определяет хорошие кластеры коллинеарных совпадений минимизатора. Миникарта делает
не генерировать подробные сопоставления между целевой и запрашиваемой последовательностями. Это только
выводит приблизительные координаты начала и конца этих кластеров.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Индексирование кредита
-k INT Минимизатор длины к-мера [15]

-w INT Размер окна минимизатора [2/3 длины k-mer]. Минимайзер - самый маленький к-мер
в окне w последовательных k-мер.

-I NUM Загрузить не более NUM целевые базы в ОЗУ для индексации [4G]. Если их больше, чем
NUM базы в target.fa, миникарта должна прочитать запрос.fa несколько раз, чтобы отобразить это
против каждой партии целевых последовательностей. NUM может заканчиваться на k / K / m / M / g / G.

-d ФАЙЛОВ Выгрузить индекс минимизатора в ФАЙЛОВ [без свалки]

-l Показывают, что target.fa фактически является индексом минимизатора, созданным опцией -d, Не
файл FASTA или FASTQ.

Карт кредита
-f FLOAT Игнорировать верх FLOAT доля наиболее часто встречающихся минимизаторов [0.001]

-r INT Приблизительная пропускная способность для начальной кластеризации попаданий в минимизатор [500]. А минимизатор
удар является минимизатором, присутствующим как в целевой, так и в запросной последовательностях. А минимизатор
удар кластер группа потенциально коллинеарных попаданий минимизатора между целью
и последовательность запросов.

-m FLOAT Объединить начальные кластеры попаданий в минимизатор, если FLOAT или более высокая доля минимизаторов
разделяются между кластерами [0.5]

-c INT Сохраните кластер попаданий минимизатора, если он содержит INT или больше обращений к минимизатору [4]

-L INT Отбросить кластер совпадений минимизатора, если после колинеаризации количество совпадений
базы ниже INT [40]. Эта опция в основном уменьшает размер вывода. Она имеет
мало влияет на скорость и пиковую память.

-g INT Разделить кластер попаданий минимизатора на разрыв INT-bp или дольше, не содержащее
любые попадания в минимизатор [10000]

-T INT Области маскировки в последовательностях запросов с порогом оценки SDUST INT; 0 для отключения
[0]. SDUST - это алгоритм для идентификации подпоследовательностей низкой сложности. Нет
включен по умолчанию. Если SDUST предпочтительнее, значение от 20 до 25 является
рекомендуемые. Более высокий порог скрывает меньше последовательностей.

-S Выполните сопоставление "все против всех". В этом режиме, если имя последовательности запроса
лексикографически больше, чем имя целевой последовательности, совпадения между ними
будет подавлено; если имя последовательности запроса совпадает с именем цели,
попадания в диагональный минимизатор также будут подавлены.

-O Бросьте удар минимизатора, если он находится далеко от других ударов (ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ). Этот
опция полезна для картирования длинных хромосом двух разных видов.

-x STR Изменение нескольких настроек на основе STR [не задано]. Рекомендуется применять
этот параметр перед другими параметрами, так что следующие параметры могут переопределить
множественные настройки, измененные этой опцией.

ава10к для сопоставления чтения PacBio или Oxford Nanopore all-vs-all (-Sw5 -L100 -m0).

Вход / выход кредита
-t INT Количество потоков [3]. Миникарта использует не более трех потоков при сборе
минимизаторы на целевых последовательностях и использует до INT+1 поток при отображении (
дополнительный поток предназначен для ввода-вывода, который часто простаивает и требует небольшого времени процессора).

-V Вывести номер версии на стандартный вывод

ВЫВОД ФОРМАТ

Миникарта выводит отображение позиций в формате парного сопоставления (PAF). PAF - это TAB-
текстовый формат с разделителями, каждая строка которого состоит не менее чем из 12 полей, как описано в
следующая таблица:

┌────┬────────┬───────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
│Седло │ Тип │ Описание │
├────┼────────┼───────────────────────────────────── ───────────────────────────
│ 1 │ строка │ Имя последовательности запросов │
│ 2 │ int │ Длина последовательности запроса │
│ 3 │ int │ Координата начала запроса (на основе 0) │
│ 4 │ int │ Координата конца запроса (на основе 0) │
│ 5 │ char │ `+ ', если запрос и таргетинг находятся в одной цепочке; `- 'если напротив │
│ 6 │ строка │ Имя целевой последовательности │
│ 7 │ int │ Длина целевой последовательности │
│ 8 │ int │ Целевая координата начала на исходной пряди │
│ 9 │ int │ Координата конечного конца исходной пряди │
│ 10 │ int │ Количество совпадающих баз в отображении │
│ 11 │ int │ База чисел, включая пробелы, в отображении │
│ 12 │ int │ Качество отображения (0–255 с 255 для отсутствующих) │
└────┴────────┴───────────────────────────────────── ───────────────────────────┘

Когда выравнивание доступно, в столбце 11 указано общее количество совпадений последовательностей,
несовпадения и зазоры в раскладке; столбец 10, разделенный на столбец 11, дает выравнивание
личность. Поскольку миникарта не обеспечивает детального выравнивания, эти два столбца
приблизительный. PAF может дополнительно иметь дополнительные поля в типизированной паре "ключ-значение", подобной SAM.
формат. Миникарта записывает количество совпадений минимизатора в кластере в тег cm.

Используйте миникарту в Интернете с помощью сервисов onworks.net