mipe2dbSTS - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mipe2dbSTS.pl - генерирует входной файл для отправки в dbSTS
включено в вывод: раздел STS представления dbSTS
на основе MIPE версии v1.1
аргументы: * mipe_file
* файл конфигурации
* (необязательно) список идентификаторов ПЦР

Файл конфигурации состоит из строк, содержащих ключ и значение, разделенных знаком равенства ('=').
Ключ состоит из строчного имени файла отправки NCBI (см. Веб-сайт dbSTS), за которым следует
подчеркивание и строчное имя поля в этом файле.
В файле конфигурации должны быть определены следующие поля:
pub_title =
pub_authors =
source_name =
source_organism =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
имя_протокола =
протокол_протокол =
имя_буфера =
buffer_buffer =
sts_pcr_profile =
Для protocol_protocol, buffer_buffer и sts_pcr_profile необходимо больше строк (см. Пример).

Пример файла конфигурации выглядит так:
pub_title = Генетическое картирование SNP курицы
pub_authors = Aerts, JA; Венендал, Т .; Crooijmans, RPMA; Гроенен, МАМ
source_name = Геномная ДНК курицы
source_organism = Gallus gallus
cont_name = Ян Аертс
cont_fax = + 31 317 483929
cont_tel = + 31 317 483397
cont_email =[электронная почта защищена]
cont_lab = Группа животноводства и геномики
cont_inst = Университет Вагенингена
cont_addr = PO Box 338, 6700 AH Вагенинген, Нидерланды
protocol_name = Protocol_Aerts
protocol_protocol = Шаблон: 30-60 нг
protocol_protocol = Праймер: каждые 4 мкМ
protocol_protocol = dNTPs: каждые 200 мкМ
protocol_protocol = Taq: 0.3 единицы
protocol_protocol = Объем: 12 мкл
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2: 1.5 мМ
buffer_buffer = (NH4) 2SO4: 20 мМ
buffer_buffer = Трис-HCl: 75 мМ
buffer_buffer = Твин 20: 0.01% (мас. / об.)
buffer_buffer = pH: 8.8

Используйте mipe2dbSTS онлайн с помощью сервисов onworks.net