Это руководство по командам, которое можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
праймеры - Простая версия primer3 для выбора праймеров для ПЦР
СИНТАКСИС
праймеры -последовательность Seqall [-целевой регион ассортимент] [-миниатюрный размер целое] [-максимальный размер целое]
[-maxdifftm плавать] [-объяснитьфлаг логический] [-номервозврат целое] -выходной файл Outfile
праймеры -Помощь
ОПИСАНИЕ
праймеры это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью командных групп «Nucleic: Primers».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность Seqall
Последовательность выбора праймеров. Последовательность должна быть представлена 5 '-> 3'
дополнительный .
-целевой регион ассортимент
Если указана одна или несколько целей, то пара допустимых праймеров должна фланкировать по крайней мере одну
из них. Целью может быть сайт простого повтора последовательности (например, повтор CA) или
полиморфизм одной пары оснований. Значение должно быть разделенным пробелами списком
, пары, где - это индекс первой базы Цели, а
является последним. Например, 50,51 требует, чтобы праймеры окружали 2 основания в положениях 50.
и 51.
-миниатюрный размер целое
Минимально допустимая длина грунтовки. Должно быть больше 0 и меньше или равно
до МАКСИМАЛЬНОГО РАЗМЕРА. Значение по умолчанию: 18
-максимальный размер целое
Максимально допустимая длина (в базах) грунтовки. В настоящее время этот параметр не может быть
больше 35. Этот предел регулируется максимальным размером олигонуклеотидов, для которого Primer3's
температура плавления действительна. Значение по умолчанию: 27
-maxdifftm плавать
Максимально допустимая (беззнаковая) разница температур плавления
прямая и обратная праймеры. Значение по умолчанию: 100.0
Результат .
-объяснитьфлаг логический
Если этот флаг не равен 0, вывести LEFT-EXPLAIN и RIGHT-EXPLAIN, вывод, которые
предназначен для предоставления информации о количестве пар праймеров, исследованных Primer3,
и статистика по количеству, выброшенному по разным причинам. Значение по умолчанию: N
-номервозврат целое
Максимальное количество возвращаемых пар праймеров. Возвращенные пары праймеров отсортированы по
их «качество», другими словами, по значению целевой функции (где более низкая
число указывает на лучшую пару праймеров). Внимание: установите для этого параметра большое значение.
значение увеличит время работы. Значение по умолчанию: 5
-выходной файл Outfile
Используйте primerse онлайн с помощью сервисов onworks.net
