GoGPT Best VPN GoSearch

Значок OnWorks

TransDecoder.Predict - онлайн в облаке

Запустите TransDecoder.Predict в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда TransDecoder.Predict, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


Транскодер - прогнозирование белка транскриптома

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ


Требования:

-t transcripts.fasta

Общие варианты:

--retain_long_orfs сохранять все обнаруженные ORF, которые равны или длиннее, чем указанное количество нуклеотидов, даже если нет других доказательств
помечает это как кодировку (по умолчанию: 900 bp => 300aa)

--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm для поиска
с помощью hmmscan (который должен быть доступен через настройку PATH)

--retain_blastp_hits

Дополнительные параметры

--тренироваться Файл FASTA с ORF для обучения Markov Mod идентификации белков; иначе
использовались самые длинные неизбыточные ORF

-T Если нет --train, топ самых длинных ORF для обучения модели Маркова (статистика гексамера) (по умолчанию: 500)

2015-12-28 ТРАНСДЕКОДЕР.ПРЕДИКТ(1)

Используйте TransDecoder.Predict онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

Команды Linux

Ad




×
Реклама
❤️Совершайте покупки, бронируйте или заказывайте здесь — никаких затрат, что помогает поддерживать бесплатность услуг.