Это приложение для Linux под названием BisSNP для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как BisSNP-1.0.0.jar. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием BisSNP, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
BisSNP для работы в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
Сейчас в Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP - это пакет, основанный на структуре сокращения карты Genome Analysis Toolkit (GATK) для генотипирования в массивно-параллельном секвенировании, обработанном бисульфитом (Bisulfite-seq, NOMe-seq и RRBS) на платформе Illumina. Он использует байесовский вывод с ручной или автоматической оценкой вероятностей метилирования различных цитозиновых контекстов (не только CpG, CHH, CHG в Bisulfite-seq, но также GCH и др. В другом секвенировании, обработанном бисульфитом) для одновременного определения генотипов и уровней метилирования. . Он работает как для одностороннего, так и для парного чтения. Специфичность и чувствительность подтверждены массивом Illumina IM SNP. В данных порогового значения 30X по умолчанию (оценка по шкале Phred> 20) он может обнаруживать 92.21% гетерозиготных SNP с 0.14% ложноположительной частотой. Вызов цитозина основан не только на эталонном контексте, поэтому он может обнаруживать нереференсный контекст цитозина. Группа Google для помощи: http://goo.gl/zL7Nj
Особенности
- Абонент SNP
- вызывающий метилирование
- Бисульфит-seq / NOMe-seq / RRBS
- генотипирование
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Перл, Ява
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/bissnp/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
