Это приложение для Linux под названием CUDAlign для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием CUDAlign, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
CUDAlign для запуска в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
CUDAlign - это инструмент, способный выравнивать попарные последовательности ДНК неограниченного размера в графических процессорах CUDA с использованием алгоритма Смита-Уотермана в сочетании с алгоритмом Майерс-Миллера. Он обеспечивает оптимальное выравнивание 1 миллиона последовательностей оснований за 45 секунд с использованием GTX 560 Ti. Для этого программного обеспечения разрабатывается множество оптимизаций. Посмотрите следующие документы для получения подробной информации:[1] Эданс Сандес, Альба Мело. Получение сопоставлений Смита-Уотермана с оптимизацией для мегабазных биологических последовательностей с использованием графического процессора. Транзакции IEEE в параллельных и распределенных системах, т. 99, Препринты, 2012 г.
[2] Эданс Сандес, Альба Мело. Выравнивание по Смиту-Уотерману огромных последовательностей с помощью графического процессора в линейном пространстве. IPDPS 2011: 1199-1211
[3] Эданс Сандес, Альба Мело. CUDAlign: использование графического процессора для ускорения сравнения геномных последовательностей мегабаз. PPOPP 2010: 137-146
Последний исходный код можно найти на Github. Смотрите проект MASA на https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Java Swing, командная строка
Язык программирования
C + +
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/cudalign/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
