Это приложение для Linux под названием kallisto, последний выпуск которого можно загрузить как kallisto_windows-v0.50.0.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием kallisto с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
Каллисто
ОПИСАНИЕ
kallisto — это программа для почти оптимального количественного определения распространенности транскриптов на основе данных RNA-Seq или, в более общем смысле, целевых последовательностей с использованием высокопроизводительного считывания секвенирования. Он основан на идее использования псевдовыравнивания для быстрого определения совместимости чтений и целей без необходимости выравнивания.
Согласно эталонным тестам, проведенным на настольном компьютере Mac, kallisto может количественно оценить 30 миллионов считываний последовательностей РНК человека менее чем за 3 минуты, используя только последовательности считывания и индекс транскриптома, что само по себе может занять более 10 минут. А поскольку он использует псевдовыравнивание, он устойчив к ошибкам при чтении и сохраняет ключевую информацию, необходимую для количественного определения. Это делает kallisto не только быстрым, но и очень точным. Во многих тестах он даже значительно превосходит существующие инструменты.
Особенности
- Использует псевдовыравнивание
- Быстро и точно
- Количественную массовую РНК-Seq можно анализировать с помощью сыщика.
- Может использоваться с автобусными инструментами для предварительной обработки данных одноклеточной РНК-секвенции.
Язык программирования
C
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.