Это приложение для Linux под названием NGSEP, последнюю версию которого можно скачать как NGSEPcore_5.1.0.jar. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием NGSEP с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
НГСЭП
ОПИСАНИЕ
NGSEP — это интегрированная структура для анализа коротких и длинных считываний ДНК с высокой пропускной способностью. Текущая версия предоставляет функции как для de novo, так и для эталонного анализа данных секвенирования, включая сборку генома, картирование считывания, обнаружение вариантов и генотипирование, а также de novo анализ данных, сгенерированных из протоколов с уменьшенным представлением. NGSEP также предоставляет модули для анализа баз данных геномных вариаций (файлы VCF), включая функциональную аннотацию, фильтрацию, преобразование формата, сравнение, кластеризацию, вменение, анализ интрогрессии и различные виды статистики. Начиная с версии 4, мы предоставляем функции для управления геномами и транскриптомами, включая выравнивание генома и аннотирование мобильных элементов. Полный список функций доступен в нашей вики (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ПЕРЕД ЗАГРУЗКОЙ: зеленая кнопка указывает на банку для использования в командной строке. См. вики для графического интерфейса и других вариантов
Особенности
- Сборка геномов De-novo
- Согласование необработанных чтений с эталонным геномом
- Обнаружение SNP, CNV и структурных вариантов
- Управление VCF: функциональная аннотация, слияние, фильтрация, сравнение, преобразование формата, вменение
- Читает демультиплексирование
- Выравнивание аннотированных сборок генома
- Статистика и фильтрация аннотаций транскриптомов в формате GFF3
Аудитория
Здравоохранение, Наука / Исследования, Другая аудитория, Сельское хозяйство
Интерфейс пользователя
Java SWT, консоль / терминал, Eclipse
Язык программирования
Java
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
