Это приложение для Linux под названием sRNAWorkbench, последнюю версию которого можно загрузить как UEA_Workbench_4.7_update.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием sRNAWorkbench с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
sRNAWorkbench
ОПИСАНИЕ
Набор инструментов для анализа данных малых РНК (sRNA) с устройств секвенирования следующего поколения. Включая профилирование экспрессии известной микроРНК (миРНК), идентификацию новой микроРНК в данных глубокого секвенирования и идентификацию других интересных ориентиров в высокопроизводительных генетических данных.
Особенности
- Средство удаления адаптера: удаляет фрагменты адаптера из необработанных данных короткой последовательности чтения и выводит данные в формате FASTA.
- Фильтр: создает отфильтрованную версию набора данных мРНК, контролируемую несколькими определяемыми пользователем критериями, включая длину последовательности, распространенность, сложность, перенос и удаление рибосомной РНК.
- miRCat2 (категоризация miRNA): предсказывает зрелые miRNAs и их предшественники на основе набора данных sRNA и генома.
- SiLoCo (сравнение коротких интерферирующих локусов РНК): сравнивает уровни экспрессии sRNA в нескольких образцах, группируя sRNA в локусы на основе расположения в геноме.
- та-миРНК (транс-действующая короткая интерферирующая РНК): предсказание поэтапных та-миРНК в наборах данных мРНК растений.
- miRProf (профилировщик miRNA): определяет нормализованные уровни экспрессии sRNAs, соответствующие известным miRNAs в miRBase.
- Аннотация шпильки: создает вторичную структуру из последовательности РНК и выделяет интересующие области с помощью RNAplot.
- VisSR (визуализация мРНК): создание визуального представления мРНК и импортированных пользователем геномных признаков.
- PAREsnip2: идентифицируйте мишени микроРНК, обнаруженные через деградацию
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Java-свинг
Язык программирования
C ++, Java
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
