babel - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ที่จอแจอึกทึก, obel — ตัวแปลงสำหรับไฟล์ข้อมูลเคมีและการสร้างแบบจำลองระดับโมเลกุล

เรื่องย่อ

ที่จอแจอึกทึก [-H ตัวเลือกความช่วยเหลือ]
ที่จอแจอึกทึก [OPTIONS] [-i ประเภทอินพุต] แฟ้ม [-o เอาท์พุท-type] ออกจากไฟล์

obel [-H ตัวเลือกความช่วยเหลือ]
obel [OPTIONS] [-i ประเภทอินพุต | -"ยิ้ม-สตริง"] แฟ้ม [-o เอาท์พุท-type] -O ออกจากไฟล์

DESCRIPTION

ที่จอแจอึกทึก เป็นโปรแกรมข้ามแพลตฟอร์มที่ออกแบบมาเพื่อแปลงระหว่างรูปแบบไฟล์ต่างๆ ที่ใช้ใน
แบบจำลองโมเลกุลและเคมีเชิงคำนวณและสาขาที่เกี่ยวข้อง

obel และ ที่จอแจอึกทึก จะแตกต่างกันเล็กน้อย อันแรกใกล้เคียงกับแบบแผน Unix ปกติ
สำหรับโปรแกรม commandline และมีความยืดหยุ่นมากขึ้นเมื่อผู้ใช้ต้องการระบุค่าพารามิเตอร์
ในตัวเลือก กับ ที่จอแจอึกทึก ใช้งานได้เฉพาะเมื่อตัวเลือกสุดท้ายในบรรทัด กับ obel
ไม่มีข้อจำกัดดังกล่าว นอกจากนี้ยังมีทางลัดสำหรับการป้อนสตริง SMILES ซึ่ง
สามารถใช้แทนไฟล์อินพุตได้

Open Babel ยังเป็นชุดเครื่องมือโปรแกรมเมอร์ที่สมบูรณ์สำหรับการพัฒนาซอฟต์แวร์เคมีอีกด้วย สำหรับ
ข้อมูลเพิ่มเติม ดูที่เว็บเพจ Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPTIONS

หากให้เฉพาะไฟล์อินพุตและเอาต์พุต Open Babel จะเดาประเภทไฟล์จาก
นามสกุลไฟล์.

-"ยิ้ม-สตริง"
ป้อนสตริง SMILES และใช้แทนไฟล์อินพุต สตริง SMILES ควรเป็น
อยู่ในเครื่องหมายคำพูด ใช้ได้มากกว่าหนึ่งชื่อโมเลกุลก็ได้
รวมถ้าอยู่ในเครื่องหมายคำพูด

-a ตัวเลือก
ตัวเลือกการป้อนข้อมูลเฉพาะรูปแบบ ดู -H รูปแบบ-ID สำหรับตัวเลือกที่ได้รับอนุญาตโดยเฉพาะ
รูป

--addtotitle
ต่อท้ายข้อความกับชื่อโมเลกุลปัจจุบัน

--addสูตร
ต่อท้ายสูตรโมเลกุลต่อท้ายชื่อโมเลกุลปัจจุบัน

-b แปลงพันธะdative: เช่น [N+]([O-])=O เป็น N(=O)=O

-c ศูนย์พิกัดอะตอมที่ (0,0,0)

-C รวมโมเลกุลในไฟล์แรกกับผู้อื่นที่มีชื่อเดียวกัน

-e ดำเนินการต่อหลังจากข้อผิดพลาด

-d ลบไฮโดรเจน

---ระดับข้อผิดพลาด 2
กรองระดับข้อผิดพลาดและคำเตือนที่แสดง:
1 = ข้อผิดพลาดร้ายแรงเท่านั้น
2 = รวมคำเตือนด้วย (ค่าเริ่มต้น)
3 = รวมข้อความที่ให้ข้อมูลด้วย
4 = รวมข้อความ "บันทึกการตรวจสอบ" ของการเปลี่ยนแปลงข้อมูล
5 = รวมข้อความดีบั๊กด้วย

-f # สำหรับอินพุตหลายรายการ ให้เริ่มการนำเข้าด้วยโมเลกุล # เป็นรายการแรก

-F ส่งออกประเภทลายนิ้วมือที่มีอยู่

-h เพิ่มไฮโดรเจน

-H ข้อมูลการใช้งานเอาต์พุต

-H รูปแบบ-ID
ข้อมูลการจัดรูปแบบเอาต์พุตและตัวเลือกสำหรับรูปแบบที่ระบุ

-ห้องโถง
ข้อมูลการจัดรูปแบบเอาต์พุตและตัวเลือกสำหรับทุกรูปแบบ

-ผม
ระบุรูปแบบการป้อนข้อมูล ดูด้านล่างสำหรับรูปแบบที่มี

-j

--เข้าร่วม
รวมโมเลกุลอินพุตทั้งหมดเข้าเป็นรายการโมเลกุลเอาต์พุตเดียว

-k แปลคีย์เวิร์ดของการสร้างแบบจำลองเคมีเชิงคำนวณ (เช่น GAMESS และ Gaussian)

-m สร้างไฟล์เอาต์พุตหลายไฟล์ เพื่อให้:
- แยกไฟล์อินพุตหนึ่งไฟล์ - ใส่แต่ละโมเลกุลเป็นเลขลำดับ
ไฟล์เอาต์พุต
- การแปลงแบทช์ - แปลงไฟล์อินพุตหลายไฟล์แต่ละไฟล์เป็นไฟล์ที่ระบุ
รูปแบบผลลัพธ์

-l # สำหรับอินพุตหลายรายการ ให้หยุดการนำเข้าด้วยโมเลกุล # เป็นรายการสุดท้าย

-o รูปแบบ-ID
ระบุรูปแบบเอาต์พุต ดูด้านล่างสำหรับรูปแบบที่มีให้

-O ออกจากไฟล์
ระบุไฟล์เอาต์พุต ตัวเลือกนี้ใช้กับ obel เท่านั้น

-p เพิ่มไฮโดรเจนที่เหมาะสมกับ pH (ใช้การแปลงใน phmodel.txt)

--คุณสมบัติ
เพิ่มหรือแทนที่คุณสมบัติ (เช่น ในไฟล์ MDL SD)

-s กึ๋น
แปลงเฉพาะโมเลกุลที่ตรงกับรูปแบบ SMARTS ที่ระบุ

--แยก
แยกชิ้นส่วนที่ตัดการเชื่อมต่อออกเป็นระเบียนโมเลกุลแต่ละส่วน

-t ไฟล์อินพุตทั้งหมดอธิบายโมเลกุลเดียว

--ชื่อ ชื่อเรื่อง
เพิ่มหรือแทนที่ชื่อโมเลกุล

-x ตัวเลือก
ตัวเลือกเอาต์พุตเฉพาะรูปแบบ ดู -H รูปแบบ-ID สำหรับตัวเลือกที่ได้รับอนุญาตโดยเฉพาะ
รูป

-v กึ๋น
แปลงเฉพาะโมเลกุล ไม่ ระบุรูปแบบ SMARTS ที่ตรงกัน

-V หมายเลขเวอร์ชันเอาต์พุตและการออก

-z บีบอัดเอาต์พุตด้วย gzip

ไฟล์ รูปแบบ

ปัจจุบันรูปแบบต่อไปนี้รองรับโดย Open Babel:
acr - Carine ASCI Crystal
alc -- รูปแบบการเล่นแร่แปรธาตุ
arc - รูปแบบ Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [อ่านอย่างเดียว]
bgf -- รูปแบบ MSI BGF
กล่อง -- Dock 3.5 รูปแบบกล่อง
bs -- รูปแบบบอลและสติ๊ก
c3d1 -- Chem3D Cartesian 1 รูปแบบ
c3d2 -- Chem3D Cartesian 2 รูปแบบ
caccrt -- รูปแบบ Cacao Cartesian
แคช -- รูปแบบ CAChe MolStruct [เขียนอย่างเดียว]
cacint -- Cacao รูปแบบภายใน [เขียนอย่างเดียว]
กระป๋อง -- รูปแบบ Canonical SMILES
รถ -- Accelrys/MSI Biosym/Insight II รูปแบบ CAR [อ่านอย่างเดียว]
ccc -- รูปแบบ CCC [อ่านอย่างเดียว]
cdx -- ChemDraw รูปแบบไบนารี [อ่านอย่างเดียว]
cdxml -- รูปแบบ ChemDraw CDXML
cht -- รูปแบบ Chemtool [เขียนอย่างเดียว]
cif - ไฟล์ข้อมูลผลึกศาสตร์
cml -- ภาษามาร์กอัปเคมี
cmlr -- รูปแบบปฏิกิริยา CML
com -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [เขียนอย่างเดียว]
คัดลอก -- คัดลอกข้อความดิบ [เขียนเท่านั้น]
crk2d - รูปแบบไดอะแกรม 2 มิติของชุดทรัพยากรเคมี
crk3d -- ชุดทรัพยากรเคมี 3D รูปแบบ
csr -- Accelrys/MSI รูปแบบ Quanta CSR [เขียนอย่างเดียว]
cssr -- รูปแบบ CSD CSSR [เขียนอย่างเดียว]
ct - รูปแบบตารางการเชื่อมต่อ ChemDraw
dmol -- รูปแบบพิกัด DMol3
ent - รูปแบบธนาคารข้อมูลโปรตีน
fa -- รูปแบบ FASTA [เขียนอย่างเดียว]
fasta -- รูปแบบ FASTA [เขียนอย่างเดียว]
fch -- รูปแบบไฟล์ด่านรูปแบบเกาส์เซียน [อ่านอย่างเดียว]
fchk -- รูปแบบไฟล์ด่านรูปแบบเกาส์เซียน [อ่านอย่างเดียว]
fck -- รูปแบบไฟล์ด่านรูปแบบเกาส์เซียน [อ่านอย่างเดียว]
ความสำเร็จ -- รูปแบบคุณลักษณะ
fh -- รูปแบบ Fenske-Hall Z-Matrix [เขียนอย่างเดียว]
แก้ไข -- รูปแบบ SMILES FIX [เขียนอย่างเดียว]
fpt -- รูปแบบลายนิ้วมือ [เขียนอย่างเดียว]
เศษส่วน -- รูปแบบอิสระ รูปแบบเศษส่วน
fs - เปิดฐานข้อมูล Babel FastSearching
fsa -- รูปแบบ FASTA [เขียนอย่างเดียว]
g03 - เอาต์พุต Gaussian 98/03 [อ่านอย่างเดียว]
g98 - เอาต์พุต Gaussian 98/03 [อ่านอย่างเดียว]
gam -- เอาต์พุต GAMESS [อ่านอย่างเดียว]
gamin -- อินพุต GAMESS [เขียนเท่านั้น]
ขอบเขตเสียง -- เอาต์พุต GAMESS [อ่านอย่างเดียว]
gau -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [เขียนอย่างเดียว]
gjc -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [เขียนอย่างเดียว]
gjf -- Gaussian 98/03 Cartesian Input [เขียนอย่างเดียว]
gpr -- รูปแบบ Ghemical
gr96 -- รูปแบบ GROMOS96 [เขียนอย่างเดียว]
ฮิน - รูปแบบ HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [เขียนอย่างเดียว]
inp -- อินพุต GAMESS [เขียนอย่างเดียว]
ins -- รูปแบบ ShelX [อ่านอย่างเดียว]
jin - รูปแบบอินพุตจากัวร์ [เขียนอย่างเดียว]
jout -- รูปแบบเอาท์พุตจากัวร์ [อ่านอย่างเดียว]
mdl -- รูปแบบ MDL MOL
mmd -- รูปแบบ MacroModel
mmod -- รูปแบบ MacroModel
mol -- รูปแบบ MDL MOL
mol2 -- รูปแบบ Sybyl Mol2
molreport -- เปิดรายงานโมเลกุล Babel [เขียนอย่างเดียว]
หมู่ -- MOPAC รูปแบบเอาต์พุต [อ่านอย่างเดียว]
ไม้ถูพื้น -- รูปแบบ MOPAC Cartesian
mopcrt -- รูปแบบ MOPAC คาร์ทีเซียน
mopin -- MOPAC ภายใน
mopout -- รูปแบบเอาต์พุต MOPAC [อ่านอย่างเดียว]
mpc -- รูปแบบ MOPAC Cartesian
mpd - รูปแบบตัวอธิบาย Sybyl [เขียนอย่างเดียว]
mpqc -- รูปแบบเอาต์พุต MPQC [อ่านอย่างเดียว]
mpqcin -- รูปแบบการป้อนข้อมูลแบบง่าย MPQC [เขียนเท่านั้น]
nw -- รูปแบบอินพุต NWChem [เขียนอย่างเดียว]
nwo -- รูปแบบเอาต์พุต NWChem [อ่านอย่างเดียว]
พีซี -- รูปแบบ PubChem [อ่านอย่างเดียว]
pcm -- PCรูปแบบรูปแบบ
pdb -- รูปแบบธนาคารข้อมูลโปรตีน
pov -- รูปแบบอินพุต POV-Ray [เขียนอย่างเดียว]
pqs -- รูปแบบ Parallel Quantum Solutions
prep - รูปแบบการเตรียมสีเหลืองอำพัน [อ่านอย่างเดียว]
qcin -- รูปแบบการป้อนข้อมูล Q-Chem [เขียนอย่างเดียว]
qcout -- รูปแบบเอาต์พุต Q-Chem [อ่านอย่างเดียว]
รายงาน -- เปิดรูปแบบรายงาน Babel [เขียนอย่างเดียว]
res -- รูปแบบ ShelX [อ่านอย่างเดียว]
rxn -- รูปแบบ MDL RXN
sd -- รูปแบบ MDL MOL
sdf -- รูปแบบ MDL MOL
smi -- รูปแบบรอยยิ้ม
sy2 -- รูปแบบ Sybyl Mol2
tdd -- รูปแบบเทอร์โม
ทดสอบ -- รูปแบบการทดสอบ [เขียนอย่างเดียว]
ความร้อน -- รูปแบบเทอร์โม
tmol -- รูปแบบพิกัด TurboMole
txyz -- รูปแบบ Tinker MM2 [เขียนอย่างเดียว]
Unixyz -- รูปแบบ UniChem XYZ
vmol -- รูปแบบ ViewMol
xed -- รูปแบบ XED [เขียนอย่างเดียว]
xml -- รูปแบบ XML ทั่วไป [อ่านอย่างเดียว]
xyz -- รูปแบบพิกัดคาร์ทีเซียน XYZ
yob -- YASARA.org รูปแบบ YOB
zin -- รูปแบบการป้อนข้อมูล ZINDO [เขียนอย่างเดียว]

FORMAT OPTIONS

รูปแบบไฟล์แต่ละรูปแบบอาจมีตัวเลือกการจัดรูปแบบเพิ่มเติม

ตัวเลือกรูปแบบอินพุตนำหน้าด้วย 'a' เช่น -as

ตัวเลือกรูปแบบเอาต์พุตนำหน้าด้วย 'x' เช่น -xn

สำหรับข้อมูลและตัวเลือกเฉพาะเพิ่มเติม ใช้ -H
เช่น -Hcml

ตัวอย่าง

การแปลงมาตรฐาน:
babel -ixyz ethanol.xyz -opdb เอทานอล.pdb
การแปลงจากไฟล์ SMI ใน STDIN เป็นไฟล์ Mol2 ที่เขียนเป็น STDOUT:
บาเบล -ismi -omol2
แยกไฟล์หลายโมเลกุลออกเป็น new1.smi, new2.smi เป็นต้น:
บาเบล infile.mol new.smi -m

ใช้ babel ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net