นี่คือคำสั่ง bio-rainbow ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
รุ้ง - คู่มือสำหรับรุ้ง 2.0.4 --[ป้องกันอีเมล], [ป้องกันอีเมล]>
เรื่องย่อ
รุ้ง [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
สายรุ้ง -- <[ป้องกันอีเมล], [ป้องกันอีเมล]>
กลุ่ม
รูปแบบไฟล์อินพุต: จับคู่ไฟล์ fasta/fastq รูปแบบไฟล์เอาต์พุต:
\NS \NS \NS
-1 อินพุตไฟล์ fasta/fastq รองรับหลาย '-1'
-2 ป้อนไฟล์ fasta/fastq รองรับ '-2' หลายไฟล์ [null]
-l
อ่านความยาว ค่าเริ่มต้น: 0 ตัวแปร
-m
ไม่ตรงกันสูงสุด [4]
-e
เกณฑ์ที่ตรงกันทุกประการ [2000]
-L ความหลากหลายในระดับต่ำ
div
รูปแบบไฟล์อินพุต: \NS \NS \NS เอาท์พุต
รูปแบบไฟล์:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i ไฟล์อินพุต [stdin]
-o ไฟล์เอาต์พุต [stdout]
-k
K_allele ตัวแปรขั้นต่ำเพื่อสร้างกลุ่มใหม่ [2]
-K
K_allele หารโดยไม่คำนึงถึงความถี่เมื่อจำนวนตัวแปรเกินค่านี้
[50]
-f
ความถี่ ความถี่ตัวแปรขั้นต่ำเพื่อสร้างกลุ่มใหม่ [0.2]
ผสาน
รูปแบบไฟล์อินพุต:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i อินพุตไฟล์เอาต์พุต rbasm [stdin]
-a การประกอบเอาท์พุต
-o ไฟล์เอาต์พุตสำหรับ contig ที่ผสาน หนึ่งบรรทัดต่อคลัสเตอร์ [stdout]
-N
จำนวนสูงสุดของคลัสเตอร์ที่ถูกแบ่งที่จะรวม [300]
-l
ทับซ้อนกันขั้นต่ำเมื่อประกอบการอ่านสองครั้ง (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [5]
-f
เศษส่วนขั้นต่ำของความคล้ายคลึงกันเมื่อประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a')
[0.90]
-r
จำนวนการอ่านขั้นต่ำในการประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [5]
-R
จำนวนการอ่านสูงสุดเพื่อประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [300]
การใช้: รุ้ง [ตัวเลือก]
กลุ่ม
รูปแบบไฟล์อินพุต: จับคู่ไฟล์ fasta/fastq รูปแบบไฟล์เอาต์พุต:
\NS \NS \NS
-1 อินพุตไฟล์ fasta/fastq รองรับหลาย '-1'
-2 ป้อนไฟล์ fasta/fastq รองรับ '-2' หลายไฟล์ [null]
-l
อ่านความยาว ค่าเริ่มต้น: 0 ตัวแปร
-m
ไม่ตรงกันสูงสุด [4]
-e
เกณฑ์ที่ตรงกันทุกประการ [2000]
-L ความหลากหลายในระดับต่ำ
div
รูปแบบไฟล์อินพุต: \NS \NS \NS เอาท์พุต
รูปแบบไฟล์:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i ไฟล์อินพุต [stdin]
-o ไฟล์เอาต์พุต [stdout]
-k
K_allele ตัวแปรขั้นต่ำเพื่อสร้างกลุ่มใหม่ [2]
-K
K_allele หารโดยไม่คำนึงถึงความถี่เมื่อจำนวนตัวแปรเกินค่านี้
[50]
-f
ความถี่ ความถี่ตัวแปรขั้นต่ำเพื่อสร้างกลุ่มใหม่ [0.2]
ผสาน
รูปแบบไฟล์อินพุต:
\NS \NS \NS [\NS ]
-i อินพุตไฟล์เอาต์พุต rbasm [stdin]
-a การประกอบเอาท์พุต
-o ไฟล์เอาต์พุตสำหรับ contig ที่ผสาน หนึ่งบรรทัดต่อคลัสเตอร์ [stdout]
-N
จำนวนสูงสุดของคลัสเตอร์ที่ถูกแบ่งที่จะรวม [300]
-l
ทับซ้อนกันขั้นต่ำเมื่อประกอบการอ่านสองครั้ง (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [5]
-f
เศษส่วนขั้นต่ำของความคล้ายคลึงกันเมื่อประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a')
[0.90]
-r
จำนวนการอ่านขั้นต่ำในการประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [5]
-R
จำนวนการอ่านสูงสุดเพื่อประกอบ (ใช้ได้เฉพาะเมื่อเปิด '-a') [300]
ใช้ไบโอเรนโบว์ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
