นี่คือคำสั่ง bp_indexp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_index.pl - จัดทำดัชนีไฟล์สำหรับใช้โดย bp_fetch.pl
เรื่องย่อ
bp_index.pl index_name file1 file2 เป็นต้น
DESCRIPTION
bp_index.pl สร้างดัชนี bioperl สำหรับไฟล์ลำดับที่ระบุในรายการอาร์กิวเมนต์
ภายใต้ชื่อดัชนี ตัวอย่างเช่น
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
จะสร้างดัชนีที่เรียกว่า 'nrdb' เป็นชื่อดัชนีสำหรับไฟล์ nrdb.fasta และ
bp_index.pl -fmt EMBL สวิส /data/swiss/*.dat
จะสร้างดัชนีที่เรียกว่า swiss สำหรับไฟล์ทั้งหมดใน /data/swiss ซึ่งลงท้ายด้วย .dat ซึ่ง
อยู่ในรูปแบบ EMBL
ดัชนีถูกสร้างขึ้นโดยใช้โมดูล Bio/Index/* โดยเฉพาะ Bio::Index::EMBL และ
Bio::Index::Fast โมดูล สคริปต์ใดๆ ที่ใช้โมดูลเหล่านี้สามารถใช้ดัชนีได้ NS
สคริปต์ตัวอย่างที่ดีคือ bp_fetch ซึ่งดึงข้อมูลลำดับและไพพ์ไปยัง STDOUT สำหรับ
ตัวอย่าง
bp_fetch สวิส:ROA1_HUMAN
รับลำดับ ROA1_HUMAN จากดัชนีสวิส และเขียนเป็นรูปแบบ fasta บน STDOUT
OPTIONS
-fmt - Fasta (ค่าเริ่มต้น), สวิสหรือ EMBL
-dir - ไดเร็กทอรีที่พบไฟล์ดัชนี
(แทนที่ตัวแปรสภาพแวดล้อม BIOPERL_INDEX)
ตัวเลือกสำหรับการใช้งานโดยผู้เชี่ยวชาญ
-พิมพ์ - ประเภท DBM_file
(แทนที่ตัวแปรสภาพแวดล้อม BIOPERL_INDEX_TYPE)
-v - รายงานทุกการเพิ่มดัชนี (การดีบัก)
และพวกเรา
bp_index และ bp_fetch ประสานงานที่ฐานข้อมูลอยู่โดยใช้ตัวแปรสภาพแวดล้อม
BIOPERL_INDEX สามารถแทนที่ได้โดยใช้ตัวเลือก -dir ไม่มีค่าเริ่มต้น ดังนั้น
คุณต้องใช้ตัวเลือก -dir หรือตั้งค่า BIOPERL_INDEX
ประเภท DB มีการประสานงานกับ BIOPERL_INDEX_TYPE ซึ่งหากไม่มีอยู่ ค่าเริ่มต้นจะเป็น
สิ่งที่โมดูล bioperl ได้ติดตั้งไว้ซึ่งมีค่าเริ่มต้นเป็น SDBM_File
ใช้ IT ด้วยตัวคุณเอง
bp_index.pl เป็นสคริปต์ที่ขับเคลื่อนโมดูลดัชนี หากคุณต้องการใช้สคริปต์นี้
อย่างมากในงานของคุณ ถ้าเป็นแบบ Perl จะดีกว่าแน่นอนที่จะดูที่
โค้ดในสคริปต์นี้แล้วคัดลอกข้าม (มีแนวโน้มว่าคุณจะต้องการใช้
รหัส bp_fetch)
ขยายเวลา IT
bp_index เป็นเพียงเสื้อคลุมรอบโมดูลดัชนีที่ยอดเยี่ยมของ James Gilbert ที่พบใน bioperl
การตอบรับ
จดหมาย รายการ
ความคิดเห็นของผู้ใช้เป็นส่วนสำคัญของวิวัฒนาการของโมดูลนี้และโมดูล Bioperl อื่นๆ ส่ง
ข้อคิดเห็นและข้อเสนอแนะของคุณ ควรไปที่รายชื่อผู้รับจดหมายของ Bioperl การมีส่วนร่วมของคุณ
เป็นที่ชื่นชมมาก
[ป้องกันอีเมล] - พูดคุยเรื่องทั่วไป
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - เกี่ยวกับรายชื่อผู้รับจดหมาย
การรายงาน Bugs
รายงานจุดบกพร่องไปยังระบบติดตามจุดบกพร่องของ Bioperl เพื่อช่วยเราติดตามจุดบกพร่องและข้อบกพร่องเหล่านั้น
ปณิธาน. สามารถส่งรายงานข้อบกพร่องผ่านทางเว็บ:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ผู้แต่ง - Ewan เบอร์นีย์
อีวาน เบอร์นีย์[ป้องกันอีเมล]>
ใช้ bp_indexp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
