bp_revtrans-motifp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

bp_revtrans-motif - ย้อนกลับแปล motif โปรตีนเหมือน Profam

VERSION

0.01 เวอร์ชัน

เรื่องย่อ

จากไฟล์:

bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt

ใช้ท่อ:

bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt

ใช้โต้ตอบที่พรอมต์คำสั่ง:

$bp_revtrans-motif.pl
มาเอเอล[VIKP]
1. ATGGCGCGNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATHTGG){2,3}

DESCRIPTION

สคริปต์นี้ใช้บรรทัดฐานของโปรตีนเป็นอินพุตและส่งคืนโอลิโกนิวคลีโอไทด์ที่เสื่อมสภาพ
ลำดับที่สอดคล้องกับมัน เหตุผลหลักในการทำเช่นนี้คือการออกแบบให้เสื่อมสภาพ
ไพรเมอร์ที่ขยายรูปแบบลำดับที่กำหนด

แม่ลายอินพุตประกอบด้วยสตริงของเศษเหลือหนึ่งตัวอักษร โดยมีสิ่งใดสิ่งหนึ่งต่อไปนี้
องค์ประกอบวากยสัมพันธ์:

[ ... ] : ตำแหน่งซ้ำซ้อน
ตำแหน่งที่อนุญาตให้มีสารตกค้างมากกว่าหนึ่งรายการ ตัวอย่าง:

[TS]YW[อาร์เคเอสดี]
-

- : ตำแหน่งที่ถูกปฏิเสธ
ตำแหน่งที่อนุญาตให้มีสารตกค้าง บันทึกไว้ระหว่างวงเล็บ ตัวอย่าง:

[^PW]เอ็มเค[LAE]
^^

(...){น,ม,...} : ลวดลายซ้ำ
แม่ลายที่ทำซ้ำ n or m ครั้ง มันสามารถมีประโยคก่อนหน้าใด ๆ ได้
องค์ประกอบ ตัวอย่าง:

เอ[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^

ตัวอักษรที่อนุญาตคือตัวอักษรที่สอดคล้องกับกรดอะมิโนธรรมชาติ 20 ตัว บวกกับ:

ข = ยังไม่มี + ง
Z = Q + E
X = ทั้งหมด

OPTIONS

-i ไฟล์อินพุต:
ไฟล์ที่มีรายการลวดลายที่จะแปลกลับ

-h
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้

ใช้ bp_revtrans-motifp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net