dcm2xml - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

dcm2xml - แปลงไฟล์ DICOM และชุดข้อมูลเป็น XML

เรื่องย่อ

dcm2xml [ตัวเลือก] dcmfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

พื้นที่ dcm2xml ยูทิลิตี้แปลงเนื้อหาของไฟล์ DICOM (รูปแบบไฟล์หรือชุดข้อมูลดิบ) เป็น
XML (ภาษามาร์กอัปที่ขยายได้) มีสองรูปแบบการส่งออก อันแรกเจาะจง
เป็น DCMTK ด้วย DTD (Document Type Definition) ที่อธิบายไว้ในไฟล์ dcm2xml.dtd.
อันที่สองหมายถึง 'โมเดล DICOM ดั้งเดิม' ซึ่งระบุไว้สำหรับแอปพลิเคชัน DICOM
พบบริการโฮสติ้งใน DICOM ตอนที่ 19

If dcm2xml อ่านชุดข้อมูลดิบ (ข้อมูล DICOM โดยไม่มีส่วนหัวของรูปแบบไฟล์) มันจะ
พยายามเดารูปแบบการถ่ายโอนโดยตรวจสอบสองสามไบต์แรกของไฟล์ มันคือ
ไม่สามารถเดาไวยากรณ์การโอนได้อย่างถูกต้องเสมอไป และควรแปลง a
ตั้งค่าข้อมูลให้อยู่ในรูปแบบไฟล์ทุกครั้งที่ทำได้ (โดยใช้ปุ่ม ดีซีเอ็มคอนวี คุณประโยชน์). ยังเป็น
สามารถใช้ -f และ -t[ieb] ทางเลือกในการบังคับ dcm2xml เพื่ออ่านชุดข้อมูลด้วย a
ไวยากรณ์การถ่ายโอนเฉพาะ

พารามิเตอร์

dcmfile-in ชื่อไฟล์อินพุต DICOM ที่จะแปลง

xmlfile-out ชื่อไฟล์เอาต์พุต XML (ค่าเริ่มต้น: stdout)

OPTIONS

ทั่วไป ตัวเลือก
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก

--ข้อโต้แย้ง
พิมพ์อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ขยาย

-q --เงียบ
โหมดเงียบพิมพ์ไม่มีคำเตือนและข้อผิดพลาด

-v -- verbose
โหมด verbose รายละเอียดการประมวลผลการพิมพ์

-d --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก

-ll --log-level [l]evel: ค่าคงที่สตริง
(ร้ายแรง, ผิดพลาด, เตือน, ข้อมูล, ดีบัก, ติดตาม)
ใช้ระดับ l สำหรับคนตัดไม้

-lc --log-config [f] ชื่อไฟล์: สตริง
ใช้ config file f สำหรับ logger

อินพุต ตัวเลือก
รูปแบบไฟล์อินพุต:

+f --อ่านไฟล์
อ่านรูปแบบไฟล์หรือชุดข้อมูล (ค่าเริ่มต้น)

+สำหรับ --read-file-only
อ่านรูปแบบไฟล์เท่านั้น

-f -- ชุดข้อมูลอ่าน
อ่านชุดข้อมูลที่ไม่มีข้อมูลเมตาของไฟล์

ไวยากรณ์การถ่ายโอนอินพุต:

-t= --read-xfer-อัตโนมัติ
ใช้การรู้จำ TS (ค่าเริ่มต้น)

-td --read-xfer-ตรวจจับ
ละเว้น TS ที่ระบุในส่วนหัวของไฟล์ meta

-te --read-xfer-น้อย
อ่านด้วย VR little endian TS . ที่ชัดเจน

-tb --read-xfer-ใหญ่
อ่านด้วย VR big endian TS . ที่ชัดเจน

-ti --read-xfer-โดยนัย
อ่านโดยปริยาย VR endian TS

ค่าแท็กยาว:

+M --โหลดทั้งหมด
โหลดค่าแท็กที่ยาวมาก (เช่น ข้อมูลพิกเซล)

-M --โหลดสั้น
อย่าโหลดค่าที่ยาวมาก (ค่าเริ่มต้น)

+R --max-read-length [k]bytes: integer (4 ค่าเริ่มต้น: 4194302)
ตั้งค่าขีดจำกัดสำหรับค่ายาวเป็น k kbytes

การประมวลผล ตัวเลือก
ชุดอักขระเฉพาะ:

+Cr --charset-ต้องการ
ต้องการการประกาศชุดอักขระแบบขยาย (ค่าเริ่มต้น)

+Ca --charset-สมมติ [c]harset: string
ถือว่าชุดอักขระ c หากไม่มีการประกาศชุดอักขระแบบขยาย

+Cc --charset-ตรวจสอบทั้งหมด
ตรวจสอบองค์ประกอบข้อมูลทั้งหมดด้วยค่าสตริง
(ค่าเริ่มต้น: เฉพาะ PN, LO, LT, SH, ST และ UT)

# ตัวเลือกนี้ใช้สำหรับการจับคู่ที่เหมาะสมเท่านั้น
# การเข้ารหัสอักขระ XML แต่ไม่ใช่สำหรับการแปลงเป็น UTF-8

+U8 --แปลงเป็น utf8
แปลงค่าองค์ประกอบทั้งหมดที่ได้รับผลกระทบ
โดยชุดอักขระเฉพาะ (0008,0005) ถึง UTF-8

# ต้องการการสนับสนุนจากชุดเครื่องมือ libiconv

เอาท์พุต ตัวเลือก
รูปแบบ XML ทั่วไป:

-dtk --dcmtk-รูปแบบ
เอาต์พุตในรูปแบบเฉพาะ DCMTK (ค่าเริ่มต้น)

-nat --native รูปแบบ
เอาต์พุตในรูปแบบ Native DICOM Model (ตอนที่ 19)

+Xn --use-xml-เนมสเปซ
เพิ่มการประกาศเนมสเปซ XML ให้กับองค์ประกอบรูท

รูปแบบเฉพาะ DCMTK (ไม่มี --native-format):

+Xd --add-dtd-อ้างอิง
เพิ่มการอ้างอิงถึงข้อกำหนดประเภทเอกสาร (DTD)

+Xe --embed-dtd-เนื้อหา
ฝังคำจำกัดความประเภทเอกสารลงในเอกสาร XML

+Xf --use-dtd-file [f] ilename: string
ใช้ไฟล์ DTD ที่ระบุ (เฉพาะกับ +Xe)
(ค่าเริ่มต้น: /usr/local/share/dcmtk/dcm2xml.dtd)

+Wn --write-องค์ประกอบ-ชื่อ
เขียนชื่อขององค์ประกอบข้อมูล DICOM (ค่าเริ่มต้น)

-Wn --no-องค์ประกอบ-ชื่อ
ห้ามเขียนชื่อองค์ประกอบข้อมูล DICOM

+Wb --write-ไบนารี-ข้อมูล
เขียนข้อมูลไบนารีขององค์ประกอบ OB และ OW
(ค่าเริ่มต้น: ปิด ระวังด้วย --load-all)

การเข้ารหัสข้อมูลไบนารี:

+เอ๊ะ --เข้ารหัส-ฐานสิบหก
เข้ารหัสข้อมูลไบนารีเป็นเลขฐานสิบหก
(ค่าเริ่มต้นสำหรับรูปแบบเฉพาะ DCMTK)

+Eu --เข้ารหัส-uuid
เข้ารหัสข้อมูลไบนารีเป็นข้อมูลอ้างอิง UUID
(ค่าเริ่มต้นสำหรับ Native DICOM Model)

+Eb --เข้ารหัส-base64
เข้ารหัสข้อมูลไบนารีเป็น Base64 (RFC 2045, MIME)

ดีซีเอ็มทีเค รูปแบบ

โครงสร้างพื้นฐานของเอาต์พุต XML เฉพาะ DCMTK ที่สร้างจากไฟล์ DICOM ดูเหมือน
ต่อไปนี้:



<file-format xmlns="http://dicom.offis.de/dcmtk">

<element tag="0002,0000" vr="UL" vm="1" len="4"
name="MetaElementGroupLength">
166

...
<element tag="0002,0013" vr="SH" vm="1" len="16"
name="ImplementationVersionName">
OFFIS_DCMTK_353



<element tag="0008,0005" vr="CS" vm="1" len="10"
name="SpecificCharacterSet">
ISO_IR 100

...


<element tag="0028,3002" vr="xs" vm="3" len="6"
name="LUTDescriptor">
256 \ 0 \ 8

...

...

...
<element tag="7fe0,0010" vr="OW" vm="1" len="262144"
name="PixelData" load="no" binary="hidden">




ไม่มีแท็ก 'รูปแบบไฟล์' และ 'ส่วนหัวเมตา' สำหรับชุดข้อมูล DICOM

XML การเข้ารหัส
แอตทริบิวต์ที่มีค่าฟิลด์ขนาดใหญ่มาก (เช่น ข้อมูลพิกเซล) จะไม่โหลดตามค่าเริ่มต้น พวกเขา
สามารถระบุได้ด้วยแอตทริบิวต์เพิ่มเติม 'loaded' ด้วยค่า 'no' (ดูตัวอย่าง
ข้างต้น). ตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง --โหลดทั้งหมด บังคับให้โหลดฟิลด์ค่าทั้งหมดรวมทั้ง
ยาวมาก

นอกจากนี้ ข้อมูลไบนารีของแอตทริบิวต์ OB และ OW จะไม่ถูกเขียนไปยังเอาต์พุต XML
ไฟล์โดยค่าเริ่มต้น องค์ประกอบเหล่านี้สามารถระบุได้ด้วยแอตทริบิวต์เพิ่มเติม 'ไบนารี'
ด้วยค่า 'ซ่อน' (ค่าเริ่มต้นคือ 'ไม่') ตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง --write-ไบนารีข้อมูล
ทำให้ฟิลด์ค่าไบนารีถูกพิมพ์ด้วย (ค่าแอตทริบิวต์คือ 'ใช่' หรือ 'ฐาน64') แต่,
ระวังเมื่อใช้ตัวเลือกนี้ร่วมกับ --โหลดทั้งหมด เนื่องจากมีปริมาณมากของ
ข้อมูลพิกเซลที่อาจพิมพ์ไปยังเอาต์พุต โปรดทราบว่าในองค์ประกอบบริบทนี้
ค่าที่มี VR เป็น OD หรือ OF ไม่ถือเป็น 'ข้อมูลไบนารี'

ค่าหลายค่า (เช่น โดยที่ค่า DICOM หลายหลาก มากกว่า 1) จะถูกแยกออก
โดยแบ็กสแลช '\' (ยกเว้นข้อมูลที่เข้ารหัส Base64) แอตทริบิวต์ 'len' หมายถึง
จำนวนไบต์สำหรับฟิลด์ค่าเฉพาะที่จัดเก็บไว้ในชุดข้อมูล DICOM เช่น it
อาจเบี่ยงเบนจากความยาวของค่าที่เข้ารหัส XML เช่นเนื่องจากการเติมที่ไม่สำคัญ
ที่ถูกลบออกไป หากแอตทริบิวต์นี้หายไปในแท็กเริ่มต้น "ลำดับ" หรือ "รายการ"
องค์ประกอบ DICOM ที่สอดคล้องกันถูกเก็บไว้ด้วยความยาวที่ไม่ได้กำหนด

พื้นเมือง ไดคอม รุ่น รูปแบบ

คำอธิบายของรูปแบบ Native DICOM Model มีอยู่ในมาตรฐาน DICOM part
19 ('แอปพลิเคชันโฮสติ้ง').

ขนาดใหญ่ ข้อมูล
ข้อมูลไบนารี เช่น ค่าองค์ประกอบ DICOM พร้อม Value Representations (VR) ของ OB หรือ OW เช่น
รวมถึงค่า OD, OF และ UN โดยค่าเริ่มต้นจะไม่ถูกเขียนไปยังเอาต์พุต XML เนื่องจาก
ขนาด. สำหรับแต่ละองค์ประกอบ Universally Unique Identifier (UUID) กำลังถูก
สร้างและเขียนเป็นคุณลักษณะของ องค์ประกอบ XML จนถึงตอนนี้ยังไม่มี
ความเป็นไปได้ในการเขียนไฟล์เพิ่มเติมเพื่อเก็บข้อมูลไบนารีสำหรับแต่ละไบนารี
ชิ้นข้อมูล มาตรฐานนี้ไม่ได้กำหนดไว้ แต่อาจเป็นประโยชน์สำหรับ
การนำอินเทอร์เฟซ Application Hosting ไปใช้; ดังนั้นคุณสมบัตินี้อาจมีอยู่ใน
เวอร์ชันอนาคตของ dcm2xml.

นอกจากนี้ ภาคผนวก 163 (จัดเก็บทางเว็บโดยการโอนสถานะตัวแทน
บริการ) เปิดตัวใหม่ องค์ประกอบ XML ที่อนุญาตให้เข้ารหัสข้อมูลไบนารี
เป็นเบส 64 ปัจจุบันตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง --เข้ารหัส-base64 เปิดใช้งานการเข้ารหัสนี้สำหรับ
VRs ต่อไปนี้: OB, OD, OF, OW และ UN

ที่รู้จักกัน ประเด็น
นอกเหนือจากสิ่งที่เขียนไว้ในส่วนข้างต้นใน 'ข้อมูลจำนวนมาก' แล้ว ยังมีเพิ่มเติมอีก
ปัญหาที่ทราบเกี่ยวกับการใช้งานรูปแบบ Native DICOM Model ในปัจจุบัน สำหรับ
ตัวอย่าง ค่าองค์ประกอบขนาดใหญ่ที่มี VR อื่นที่ไม่ใช่ OB, OD, OF, OW หรือ UN อยู่ในขณะนี้
ไม่เคยเขียนเป็นข้อมูลจำนวนมาก แม้ว่าจะมีประโยชน์ เช่น สำหรับองค์ประกอบข้อความที่ยาวมาก
(โดยเฉพาะ UT) หรือช่องตัวเลขที่ยาวมาก (ของ VR ต่างๆ)

หมายเหตุ

คาแรคเตอร์ การเข้ารหัส
การเข้ารหัส XML ถูกกำหนดโดยอัตโนมัติจากแอตทริบิวต์ DICOM (0008,0005)
'ชุดอักขระเฉพาะ' โดยใช้การแมปต่อไปนี้:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO ละติน 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO ละติน 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO ละติน 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO ละติน 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO ละติน 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
ซิริลลิก "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
อารบิก "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
ภาษากรีก "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
ภาษาฮิบรู "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

หากแอตทริบิวต์ DICOM นี้หายไปในไฟล์อินพุต แม้ว่าจำเป็น ตัวเลือก --ชุดอักขระ-
สมมติ สามารถใช้เพื่อระบุชุดอักขระที่เหมาะสมด้วยตนเอง (โดยใช้ตัวใดตัวหนึ่ง
DICOM กำหนดเงื่อนไข)

ไม่รองรับชุดอักขระหลายชุดโดยใช้เทคนิคการขยายโค้ด หากมีความจำเป็น,
ตัวเลือก --แปลงเป็น utf8 สามารถใช้ในการแปลงไฟล์ DICOM หรือชุดข้อมูลเป็น UTF-8
การเข้ารหัสก่อนการแปลงเป็นรูปแบบ XML สิ่งนี้ยังมีประโยชน์สำหรับไฟล์ DICOMDIR
โดยที่แต่ละเร็กคอร์ดไดเร็กทอรีสามารถมีชุดอักขระที่แตกต่างกันได้

เข้าสู่ระบบ

ระดับของการบันทึกเอาต์พุตของเครื่องมือบรรทัดคำสั่งต่างๆ และไลบรารีพื้นฐานสามารถ
ถูกกำหนดโดยผู้ใช้ โดยค่าเริ่มต้น เฉพาะข้อผิดพลาดและคำเตือนเท่านั้นที่จะถูกเขียนลงในมาตรฐาน
กระแสข้อผิดพลาด การใช้ตัวเลือก --รายละเอียด ข้อความที่ให้ข้อมูลเช่นรายละเอียดการประมวลผล
มีการรายงาน ตัวเลือก --debug สามารถใช้เพื่อรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับกิจกรรมภายใน
เช่นเพื่อจุดประสงค์ในการดีบัก ระดับการบันทึกอื่น ๆ สามารถเลือกได้โดยใช้ตัวเลือก --บันทึก-
ระดับ. ใน --เงียบ โหมดรายงานข้อผิดพลาดร้ายแรงเท่านั้น ในเหตุการณ์ข้อผิดพลาดร้ายแรงเช่นนี้
แอปพลิเคชันมักจะสิ้นสุด สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับระดับการบันทึกต่างๆ
ดูเอกสารประกอบของโมดูล 'oflog'

ในกรณีที่ควรเขียนเอาต์พุตการบันทึกลงในไฟล์ (เลือกได้ด้วยการหมุนไฟล์บันทึก)
ไปยัง syslog (Unix) หรือตัวเลือกบันทึกเหตุการณ์ (Windows) --log-config.php สามารถใช้ได้. นี้
ไฟล์การกำหนดค่ายังอนุญาตให้ส่งเฉพาะข้อความบางข้อความไปยังเอาต์พุตเฉพาะ
สตรีมและสำหรับการกรองข้อความบางข้อความตามโมดูลหรือแอปพลิเคชันที่พวกเขา
ถูกสร้างขึ้น ไฟล์การกำหนดค่าตัวอย่างมีให้ใน /logger.cfg.

คำสั่ง สาย

เครื่องมือบรรทัดคำสั่งทั้งหมดใช้สัญกรณ์ต่อไปนี้สำหรับพารามิเตอร์: วงเล็บเหลี่ยมล้อมรอบ
ค่าทางเลือก (0-1) จุดต่อท้ายสามจุดระบุว่าอนุญาตให้ใช้ค่าได้หลายค่า
(1-n) การรวมกันของทั้งสองหมายถึงค่า 0 ถึง n

ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งแตกต่างจากพารามิเตอร์ด้วยเครื่องหมาย '+' หรือ '-' นำหน้า
ตามลำดับ โดยปกติ ลำดับและตำแหน่งของตัวเลือกบรรทัดคำสั่งจะเป็นไปตามอำเภอใจ (เช่น พวกเขา
สามารถปรากฏได้ทุกที่) อย่างไรก็ตาม ถ้าตัวเลือกต่าง ๆ กัน มีลักษณะขวาสุด
ถูกนำมาใช้. ลักษณะการทำงานนี้สอดคล้องกับกฎการประเมินมาตรฐานของเชลล์ Unix ทั่วไป

นอกจากนี้ ไฟล์คำสั่งหนึ่งไฟล์ขึ้นไปสามารถระบุได้โดยใช้เครื่องหมาย '@' เป็นคำนำหน้าถึง
ชื่อไฟล์ (เช่น @command.txt). อาร์กิวเมนต์คำสั่งดังกล่าวจะถูกแทนที่ด้วยเนื้อหาของ
ไฟล์ข้อความที่เกี่ยวข้อง (ช่องว่างหลายช่องถือเป็นตัวคั่นเดียว เว้นแต่
ปรากฏขึ้นระหว่างเครื่องหมายคำพูดสองเครื่องหมาย) ก่อนการประเมินเพิ่มเติม โปรดทราบว่า
ไฟล์คำสั่งไม่สามารถมีไฟล์คำสั่งอื่นได้ วิธีง่ายๆ แต่ได้ผล
อนุญาตให้สรุปการรวมตัวเลือก/พารามิเตอร์ร่วมกัน และหลีกเลี่ยงความยาวและ
บรรทัดคำสั่งที่สับสน (ตัวอย่างมีให้ในไฟล์ /dumppat.txt).

และพวกเรา

พื้นที่ dcm2xml ยูทิลิตีจะพยายามโหลดพจนานุกรมข้อมูล DICOM ที่ระบุใน
DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม โดยค่าเริ่มต้น เช่น ถ้า DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
ไม่ได้ตั้งค่าไฟล์ /dicom.dic จะถูกโหลดเว้นแต่พจนานุกรมจะถูกสร้างขึ้น
ลงในแอปพลิเคชัน (ค่าเริ่มต้นสำหรับ Windows)

ควรเลือกใช้พฤติกรรมเริ่มต้นและ DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อมเท่านั้น
ใช้เมื่อต้องการพจนานุกรมข้อมูลสำรอง NS DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
มีรูปแบบเดียวกับ Unix shell เส้นทาง ตัวแปรในเครื่องหมายทวิภาค (':') คั่น
รายการ. บนระบบ Windows เครื่องหมายอัฒภาค (';') ถูกใช้เป็นตัวคั่น พจนานุกรมข้อมูล
รหัสจะพยายามโหลดแต่ละไฟล์ที่ระบุใน DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม มัน
เป็นข้อผิดพลาดหากไม่สามารถโหลดพจนานุกรมข้อมูลได้

ใช้ dcm2xml ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net