นี่คือคำสั่ง demux ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
demux - แปลงข้อ จำกัด ระยะทาง XPLOR เป็นรูปแบบ Gromacs
เรื่องย่อ
ดีแมกซ์ md0.log พิเศษ
DESCRIPTION
หากคุณต้องการให้วิถีของคุณต่อเนื่องอีกครั้ง คุณสามารถใช้ ดีแมกซ์ อ่าน
md0.log ของคุณ (คุณสามารถต่อไฟล์หลาย ๆ ไฟล์ได้ถ้าจำเป็น) และสร้างผลลัพธ์เล็กน้อย
ไฟล์. หนึ่งในนั้นคือไฟล์ .xvg (จำลอง_ndx.xvg) ที่สามารถส่งต่อไปยัง trjcat(1) ตาม
กับไฟล์วิถีเดิม เพื่อสร้างวิถีต่อเนื่อง อื่น ๆ
ไฟล์ (แบบจำลอง_temp.xvg) มีอุณหภูมิสำหรับแต่ละแบบจำลองเริ่มต้นที่
อุณหภูมิเดิม ดังนั้นหากแบบจำลองความสนใจของคุณเริ่มต้นที่ 300 K คุณสามารถติดตาม
วิถีของมันผ่านพื้นที่อุณหภูมิ มันน่าสนใจที่จะเพิ่มบางอย่าง
ฟังก์ชั่นเพื่อสร้างฮิสโตแกรมของการกระจายอุณหภูมิสำหรับแต่ละแบบจำลองซึ่ง
ตามที่ผู้เขียนส่วนใหญ่ควรจะแบน วิถีที่หักล้างสามารถใช้ได้กับ
g_kinetics(1) เพื่อให้ได้จลนพลศาสตร์การพับโปรตีนจากวิถี REMD
OPTIONS
md0.log ล็อกไฟล์ของการวิ่งวิถีที่คุณต้องการทำให้ต่อเนื่อง ไฟล์หลายไฟล์สามารถ
ผนวกเข้าด้วยกัน
พิเศษ จำนวนครั้งที่แต่ละรายการในล็อกไฟล์จะถูกคัดลอก (จำนวนเต็ม)
ข้อ จำกัด
หากการแลกเปลี่ยนของคุณคือทุก N ps และคุณบันทึกทุก M ps ที่คุณสามารถทำได้สำหรับการหายไป
เฟรมตามการตั้งค่า พิเศษ ถึง (N/M - 1) ถ้า N/M ไม่ใช่จำนวนเต็ม แสดงว่าคุณโชคไม่ดี แล้วคุณ
จะไม่สามารถลบล้างวิถีของคุณได้เลย
ใช้ demux ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
