นี่คือคำสั่ง exonerate-server ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
exonerate-server - เซิร์ฟเวอร์เปรียบเทียบลำดับสำหรับ exonerate
เรื่องย่อ
exonerate-เซิร์ฟเวอร์ [ ตัวเลือก ] <ดัชนี เส้นทาง>
DESCRIPTION
exonerate-เซิร์ฟเวอร์ เป็นเซิร์ฟเวอร์แบบมัลติเธรดสำหรับโปรแกรมการจัดตำแหน่งลำดับที่ปราศจากอคติ
ใช้ชุดของลำดับและไฟล์ดัชนีที่เกี่ยวข้องเพื่อให้ชุดข้อมูลขนาดใหญ่รวดเร็ว
ภาพรวม
ประการแรก .esd ไฟล์จะต้องสร้างจากไฟล์ซีเควนซ์ NS .esd ไฟล์เป็น Exonerate
ไฟล์ Sequence Dataset และสามารถใช้เพื่อจัดกลุ่มชุดของลำดับที่แต่ละชุดเข้าด้วยกัน
ลำดับที่มีตัวระบุที่ไม่ซ้ำกัน ทำได้โดยใช้ปุ่ม fasta2esd ประโยชน์
fasta2esd จีโนม.ฟาสต้า จีโนม.esd
ถัดไป .esi ไฟล์ของฉันจะถูกทำจาก .esd ไฟล์. .esi ไฟล์เป็นลำดับที่พ้นผิด
ไฟล์ดัชนี และมีดัชนีหรือชุดดัชนีที่สอดคล้องกับชุดข้อมูลเฉพาะ
ทำได้โดยใช้ปุ่ม เอสดี2เอสไอ ประโยชน์
เอสดี2เอสไอ จีโนม.esd จีโนม.esi
เมื่อ .esi สร้างไฟล์แล้ว เซิร์ฟเวอร์ exonerate อาจเริ่มทำงาน
exonerate-เซิร์ฟเวอร์ จีโนม.esi
ในขณะที่เซิร์ฟเวอร์กำลังทำงานอยู่ อาจใช้ exonerate เพื่อสอบถามเซิร์ฟเวอร์โดยแทนที่
ลำดับเป้าหมายในบรรทัดคำสั่งที่มีชื่อของเซิร์ฟเวอร์และหมายเลขพอร์ต NS
หมายเลขพอร์ตเริ่มต้นสำหรับเซิร์ฟเวอร์ exonerate คือ 12886
อโหสิ แบบสอบถาม. fasta localhost: 12886
OPTIONS
ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งบางตัวสำหรับเซิร์ฟเวอร์ exonerate จะเหมือนกับสำหรับ
ลบล้างลูกค้าและสิ่งเหล่านี้ได้รับการบันทึกไว้ในหน้า man สำหรับ พ้นผิด พื้นที่
ตัวเลือกอื่นๆ ที่เฉพาะเจาะจงกับ exonerate-เซิร์ฟเวอร์ มีการจัดทำเป็นเอกสารไว้ที่นี่
--ท่า
ระบุพอร์ตที่เซิร์ฟเวอร์ควรรับฟัง โดยค่าเริ่มต้น, exonerate-เซิร์ฟเวอร์
จะฟังบนพอร์ต 12886 แต่พอร์ตอื่นอาจระบุด้วยตัวเลือกนี้
--ป้อนข้อมูล <ดัชนี ไฟล์>
ระบุไฟล์ดัชนีที่จะใช้เมื่อเซิร์ฟเวอร์เริ่มทำงาน ตัวเลือกนี้คือ
บังคับ. ไฟล์ดัชนีคือ a .esi ไฟล์ที่สร้างโดย เอสดี2เอสไอ ประโยชน์
--พรีโหลด
โดยค่าเริ่มต้นดัชนีที่มีอยู่ใน .esi ไฟล์และลำดับที่อ้างอิงใน
ที่เกี่ยวข้อง .esd ไฟล์จะถูกโหลดเข้าสู่หน่วยความจำเมื่อเซิร์ฟเวอร์เริ่มทำงาน
นี่เป็นสิ่งจำเป็นเพื่อให้ได้ประสิทธิภาพที่รวดเร็วซึ่งมิฉะนั้นจะถูกขัดขวางโดย
การเข้าถึงดิสก์บ่อยครั้ง ตัวเลือกนี้อนุญาตให้ดัชนีและลำดับการโหลดล่วงหน้าเป็น
ปิดซึ่งทำให้เซิร์ฟเวอร์ทำงานช้ากว่ามาก แต่เร็วกว่า
การเริ่มต้นใช้งานและรอยเท้าหน่วยความจำที่เล็กลง ไม่แนะนำให้ปิดการโหลดล่วงหน้า
เว้นแต่จะทดสอบหรือแก้จุดบกพร่องของเซิร์ฟเวอร์
--การเชื่อมต่อสูงสุด
เซิร์ฟเวอร์เป็นแบบมัลติเธรด ตัวเลือกนี้ตั้งค่ากระบวนการไคลเอนต์จำนวนซึ่ง
ได้รับอนุญาตให้เชื่อมต่อกับเซิร์ฟเวอร์พร้อมกัน เพื่อประสิทธิภาพที่ดีนั้น
ไม่ควรตั้งค่าให้เกินจำนวนซีพียูในเครื่องที่
เซิร์ฟเวอร์กำลังทำงาน
--การใช้คำฟุ่มเฟือย
ตั้งค่าระดับความฟุ่มเฟือยสำหรับเซิร์ฟเวอร์ หากเป็นศูนย์ เซิร์ฟเวอร์จะเงียบ
และยิ่งจำนวนสูงเท่าไหร่เซิร์ฟเวอร์ก็จะรายงานข้อความเกี่ยวกับอะไรมากขึ้น
กำลังเกิดขึ้น
INTERFACE
ส่วนนี้จัดทำเอกสารอินเทอร์เฟซการสื่อสารระหว่าง
ไคลเอนต์และเซิร์ฟเวอร์ อินเทอร์เฟซได้รับการบันทึกไว้สำหรับผู้ที่ต้องการเขียน
เซิร์ฟเวอร์ที่กำหนดเองของตัวเองที่จะอยู่เบื้องหลังการยกเว้น - สำหรับการใช้งานปกติของ exonerate it
ไม่จำเป็นต้องรู้เรื่องนี้
อินเทอร์เฟซทำงานโดยไคลเอนต์ส่งบรรทัดคำสั่งง่ายๆ และเซิร์ฟเวอร์ส่ง
บรรทัดตอบกลับอย่างง่ายบนซ็อกเก็ต คำสั่งและการตอบกลับทั้งหมดเป็นบรรทัดง่ายๆ ของASCII
ข้อความจึงเป็นไปได้ที่จะใช้ telnet เป็นไคลเอนต์สำหรับการทดสอบเซิร์ฟเวอร์
คำสั่งใดๆ เป็นข้อความบรรทัดเดียว แต่การตอบกลับอาจมีข้อความหลายบรรทัด NS
คำตอบจะอยู่ในรูปของ :
การตอบกลับใด ๆ สามารถรวมบรรทัดที่มีแท็ก คำเตือน: or ข้อผิดพลาด: ล้อยางขัดเหล่านี้ติดตั้งบนแกน XNUMX (มม.) ผลิตภัณฑ์นี้ถูกผลิตในหลายรูปทรง และหลากหลายเบอร์ความแน่นหนาของปริมาณอนุภาคขัดของมัน จะทำให้ท่านได้รับประสิทธิภาพสูงในการขัดและการใช้งานที่ยาวนาน คำเตือน: และ ข้อผิดพลาด: แท็ก
ถูกสะท้อนโดยไคลเอนต์และไคลเอนต์จะออกหลังจากได้รับใด ๆ ข้อผิดพลาด: ตอบ.
เมื่อเซิร์ฟเวอร์ส่งคืนการตอบกลับแบบหลายบรรทัด บรรทัดแรกต้องแสดงหมายเลข
บรรทัดในการตอบกลับทั้งหมดเป็น: จำนวนบรรทัด: ตัวอย่าง ดูคำตอบจาก ได้รับ
เอชเอสพี คำสั่งในเซสชันตัวอย่างด้านล่าง
ไคลเอนต์จะเปิดการเชื่อมต่อเพียงครั้งเดียวกับเซิร์ฟเวอร์ใด ๆ แม้ว่าจะเป็นแบบมัลติเธรด
เห็นได้ชัดว่าจำเป็นต้องใช้เซิร์ฟเวอร์เพื่อให้ลูกค้าหลายรายเชื่อมต่อพร้อมกัน
คำสั่ง และ ตอบกลับ มือสอง in for อินเตอร์เฟซ.
คำสั่ง: รุ่น
ตอบ: version
คำสั่ง: ทางออก
ตอบกลับ: ( ไม่มีการตอบกลับ - เซิร์ฟเวอร์ปิดการเชื่อมต่อ )
คำสั่ง: ดีบีอินโฟ
ตอบ: dbinfo:
พื้นที่ ดีบีอินโฟ คำสั่งส่งคืนข้อมูลเกี่ยวกับฐานข้อมูลที่โหลดบนเซิร์ฟเวอร์
ฟิลด์ที่ส่งคืนคือ:
ดีเอ็นเอหรือโปรตีน
ซอฟต์มาสก์หรือเปิดผนึก
จำนวนลำดับในฐานข้อมูล
ความยาวของลำดับที่ยาวที่สุดในฐานข้อมูล
ความยาวรวมของลำดับทั้งหมดในฐานข้อมูล
คำสั่ง: ค้นหา
ตอบ: ค้นหา:
คำสั่ง lookup ใช้เพื่อแม็พตัวระบุภายนอกกับ internal
ตัวระบุ
คำสั่ง: ได้รับ ข้อมูล
ตอบ: seqinfo: [ ]
คำสั่ง get info ส่งคืนข้อมูลเกี่ยวกับลำดับในฐานข้อมูล NS
ฟิลด์ที่ส่งคืนคือ:
ลำดับความยาว
การตรวจสอบรูปแบบ gcg (ดูด้านล่าง)
id ภายนอก (เช่น จากส่วนหัว fasta)
บรรทัดรายละเอียดสำหรับลำดับ (รวมถึงจาก fasta
ส่วนหัว) ฟิลด์นี้เป็นทางเลือก และอาจถูกละเว้น
คำสั่ง: ได้รับ หมายเลข
ตอบกลับ: seq:
คำสั่ง get seq ส่งคืนลำดับทั้งหมดในบรรทัดเดียว
คำสั่ง: ได้รับ ภาคต่อ
ตอบกลับ: subseq:
คำสั่ง get subseq ส่งคืนส่วนหนึ่งของลำดับ จุดเริ่มต้นของลำดับคือ
ตำแหน่งศูนย์ เช่น. รับ subseq 0 0 10 จะคืนค่าฐาน 10 แรกของ
ลำดับแรกในฐานข้อมูล
คำสั่ง: ชุด การสอบถาม
ตอบ: โอเค:
คำสั่งแบบสอบถาม seq ใช้เพื่อส่งลำดับการสืบค้นไปยังเซิร์ฟเวอร์ มัน
ส่งกลับความยาวของลำดับและ gcg checksum
คำสั่ง: เรฟคอมพ์
ตอบ: โอเค: สาระ
คำสั่งแบบสอบถาม revcomp ทำให้เซิร์ฟเวอร์ย้อนกลับเสริมการสืบค้น นี้
คือการบันทึกแบนด์วิดธ์ในการส่งแบบสอบถามสองครั้ง
คำสั่ง revcomp target คือการบอกให้เซิร์ฟเวอร์ปฏิบัติต่อฐานข้อมูลเสมือนเป็นของมัน
ส่วนประกอบย้อนกลับ ลูกค้าส่งคำสั่งนี้เมื่อค้นหา a . เท่านั้น
ฐานข้อมูลที่แปลแล้ว จึงไม่มีความจำเป็นสำหรับการค้นหาส่วนใหญ่
คำสั่ง: ชุด พารามิเตอร์
ตอบ: โอเค:
คำสั่ง set parameter ส่งพารามิเตอร์จากบรรทัดคำสั่ง exonerate ไปยัง
เซิฟเวอร์. คำสั่งนี้ทั้งหมดสามารถละเว้นโดยไคลเอนต์สำหรับพื้นฐาน
การนำไปปฏิบัติ แต่ไม่สามารถละเลยเพื่อประสิทธิภาพสูงสุด
คำสั่ง: ได้รับ เอชเอสพี
ตอบ: hspset: { }
หรือ: hspset: ว่างเปล่า
คำสั่ง get hsps เป็นคำสั่งหลักในการรับชุดของ hsps เซิฟเวอร์
อาจส่งคืนหลาย hspsets ฟิลด์ที่ส่งคืนคือ:
ID ภายในของลำดับเป้าหมายสำหรับ HSPsets เหล่านี้
ตำแหน่งเริ่มต้นแบบสอบถาม hsp
ตำแหน่งเริ่มต้นเป้าหมาย hsp
hsp ยาว
สามฟิลด์สุดท้ายเป็นตัวแทนของ HSP และอาจซ้ำหลายครั้งในหนึ่ง
ตั้งค่า: สายตอบกลับ.
A ง่าย ตัวอย่าง ไคลเอนต์ เซิร์ฟเวอร์ โต้ตอบ
% เทลเน็ตโลคัลโฮสต์ 12886
กำลังลอง 127.0.0.1...
เชื่อมต่อกับ localhost.localdomain แล้ว
อักขระ Escape คือ '^]'
% รุ่น
เวอร์ชัน: exonerate-server 2.0.0
%dbinfo
dbinfo: ดีเอ็นเอ softmasked 100000 1701 38113579
% ค้นหา AA159529.1
ค้นหา: 88065
% รับข้อมูล 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene ตับอ่อน (#937208) Homo sapiens cDNA
% รับ seq 88065
seq: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCTCTTCACCAGTTTGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% รับส่วนย่อย 88065 10 20
รองลงมา: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% ตั้งค่าการสืบค้น NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
ตกลง: 62 2028
% รับ hsps
จำนวนบรรทัด: 15
ที่ตั้ง: 12423 1 349 41
ที่ตั้ง: 44900 1 356 47
ที่ตั้ง: 61781 1 358 41 36 392 26
ที่ตั้ง: 70065 1 349 41 36 383 26
ที่ตั้ง: 88065 1 1 61
ที่ตั้ง: 91032 1 357 41 36 391 26
ที่ตั้ง: 91442 1 350 41 36 384 26
ที่ตั้ง: 92971 1 348 41 36 382 26
ที่ตั้ง: 94311 1 375 41
ที่ตั้ง: 95381 1 346 41 36 380 26
ที่ตั้ง: 96808 10 385 32 36 410 26
ที่ตั้ง: 88449 18 11 22
ที่ตั้ง: 91036 6 6 56
ที่ตั้ง: 93736 36 400 26
% revcomp แบบสอบถาม
ตกลง: แบบสอบถามสาระ revcomp
% รับ hsps
จำนวนบรรทัด: 6
ที่ตั้ง: 12564 0 64 26 20 83 41
ที่ตั้ง: 61780 0 266 61
ที่ตั้ง: 29148 0 116 61
ที่ตั้ง: 25849 15 445 22
ที่ตั้ง: 93938 26 265 34
% ออก
การเชื่อมต่อถูกปิดโดยโฮสต์ต่างประเทศ
และพวกเรา
ยังไม่ได้จัดทำเอกสาร
ตัวอย่าง
1. ตัวอย่างการสร้างดัชนีแปลและเรียกใช้การค้นหาโปรตีน2จีโนมอย่างรวดเร็วโดยใช้
exonerate-เซิร์ฟเวอร์
fasta2esd human.genomic.fasta มนุษย์.genomic.esd เอสดี2เอสไอ --translate ใช่ human.genomic.esd
human.genomic.trans.esi exonerate-เซิร์ฟเวอร์ --พอร์ต 1234 human.genomic.trans.esi อโหสิ
pep.fasta localhost: 1234 -- รุ่น p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSION
เอกสารนี้มาพร้อมกับเวอร์ชัน 2.2.0 ของแพ็คเกจที่ยกเว้น
ใช้เซิร์ฟเวอร์ exonerate ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
