นี่คือคำสั่ง fastaq-filter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fastaq_filter - ลำดับการกรองเพื่อรับชุดย่อยของพวกมัน
DESCRIPTION
การใช้งาน: fastaq_filter [ตัวเลือก]
กรองไฟล์ลำดับตามความยาวของลำดับและ/หรือตามชื่อที่ตรงกับนิพจน์ทั่วไป
ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง:
infile ชื่อไฟล์อินพุตที่จะกรอง
ออกจากไฟล์
ชื่อของไฟล์เอาต์พุต
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
--min_length INT
ความยาวขั้นต่ำของลำดับที่จะเก็บ [0]
--max_length INT
ความยาวสูงสุดของลำดับที่จะเก็บ [inf]
--regex REGEX
หากได้รับ จะเก็บเฉพาะชื่อที่ตรงกับนิพจน์ทั่วไปเท่านั้น
--ids_file ชื่อไฟล์
หากให้ไว้ จะอ่านเฉพาะ ID ที่อยู่ในไฟล์ที่ระบุเท่านั้น หนึ่ง ID ต่อบรรทัดของ
ไฟล์
-v, --กลับด้าน
เก็บเฉพาะลำดับที่ไม่ตรงกับตัวกรอง
เพื่อน ไฟล์ for อ่าน คู่ ตัวเลือก:
--mate_in ชื่อไฟล์
ไฟล์อินพุตชื่อเพื่อน หากใช้ยังต้องจัดเตรียม --mate_out
--mate_out ชื่อไฟล์
ชื่อของเพื่อนที่ส่งออกไฟล์
--both_mates_pass
โดยค่าเริ่มต้น ถ้าคู่ใดคู่หนึ่งผ่านตัวกรอง ทั้งคู่จะอ่านเอาต์พุต ใช้แฟล็กนี้เพื่อ
ต้องการให้ทั้งคู่อ่านคู่ผ่านตัวกรอง
ใช้ตัวกรอง fastaq ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
