นี่คือคำสั่ง fuzznuce ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
fuzznuc - ค้นหารูปแบบในลำดับนิวคลีโอไทด์
เรื่องย่อ
ฟัซนุค -ลำดับ ภาคต่อ - รูปแบบ Belt hold - ดำเนินการ บูล -outfile รายงาน
ฟัซนุค -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
ฟัซนุค เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:Motifs"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
- รูปแบบ Belt hold
ใช้รหัสตัวอักษรเดียวมาตรฐาน IUPAC สำหรับนิวคลีโอไทด์ สัญลักษณ์ 'n' คือ
ใช้สำหรับตำแหน่งที่ยอมรับนิวคลีโอไทด์ ความคลุมเครือแสดงโดย
แสดงรายการนิวคลีโอไทด์ที่ยอมรับได้สำหรับตำแหน่งที่กำหนด ระหว่างวงเล็บเหลี่ยม '[
]'. ตัวอย่างเช่น: [ACG] ย่อมาจาก A หรือ C หรือ G ความกำกวมยังระบุด้วย
รายการระหว่างวงเล็บปีกกาคู่หนึ่ง '{ }' นิวคลีโอไทด์ที่ไม่ได้รับการยอมรับ
ในตำแหน่งที่กำหนด ตัวอย่างเช่น {AG} หมายถึงนิวคลีโอไทด์ใดๆ ยกเว้น A และ G แต่ละ
องค์ประกอบในรูปแบบแยกจากเพื่อนบ้านด้วย '-' (ตัวเลือกใน fuzznuc)
การซ้ำซ้อนขององค์ประกอบของรูปแบบสามารถระบุได้โดยทำตามองค์ประกอบนั้น
ด้วยค่าตัวเลขหรือช่วงตัวเลขระหว่างวงเล็บ ตัวอย่าง: N(3)
สอดคล้องกับ NNN, N(2,4) สอดคล้องกับ NN หรือ NNN หรือ NNNN เมื่อรูปแบบคือ
จำกัดไว้ที่ส่วนท้ายของลำดับ 5' หรือ 3' รูปแบบนั้นอาจเริ่มต้นด้วย a
สัญลักษณ์ '<' หรือลงท้ายด้วยสัญลักษณ์ '>' ตามลำดับ ช่วงเวลาสิ้นสุดรูปแบบ
(ตัวเลือกใน fuzznuc) ตัวอย่างเช่น [CG](5)TG{A}N(1,5)C
ระดับสูง ส่วน
- ดำเนินการ บูล
ค่าเริ่มต้น: N
เอาท์พุต ส่วน
-outfile รายงาน
ใช้ fuzznuce ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
