นี่คือช่องว่างคำสั่ง5 ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gap5 - โปรแกรมการประกอบจีโนม (ส่วนหนึ่งของแพ็คเกจ staden)
เรื่องย่อ
ช่องว่าง5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
DESCRIPTION
Gap5 เป็นโปรแกรมการประกอบจีโนม โปรแกรมมีเครื่องมือทั้งหมดที่จะ
คาดหวังจากโปรแกรมแอสเซมบลีพร้อมคุณสมบัติพิเศษมากมายและใช้งานง่ายมาก
อินเตอร์เฟซ. เวอร์ชันดั้งเดิมอธิบายไว้ใน Bonfield,JK, Smith,KF และ Staden,R. NS
โปรแกรมการประกอบลำดับดีเอ็นเอใหม่ กรดนิวคลีอิก 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 นั้นใหญ่และทรงพลังมาก ทุกคนใช้ชุดย่อยของตัวเลือกและมี
วิธีที่ชื่นชอบในการเข้าถึงและใช้งาน แม้ว่าจะมีจำนวนมาก แต่ผู้ใช้ก็
ได้รับการสนับสนุนให้อ่านเอกสารทั้งหมดเพียงครั้งเดียวเพื่อค้นหาว่าคืออะไร
เป็นไปได้และแนวทางที่เหมาะสมกับงานของตนเองมากที่สุด อย่างน้อยที่สุด ทั้งหมดนี้
ควรอ่านบทเบื้องต้นเนื่องจากในระยะยาวจะช่วยประหยัดเวลา
OPTIONS
-ro อ่านอย่างเดียว
-maxseq N
ระยะเวลาฉันทามติสูงสุดรวมสูงสุดเบื้องต้น
-maxdb N
จำนวนสูงสุดเริ่มต้นของ contigs + การอ่าน
-(no_)เช็ค
(ห้าม) เรียกใช้ตรวจสอบฐานข้อมูลเมื่อเปิดฐานข้อมูล
-(no_)exec_notes
(ห้าม) ดำเนินการบันทึก OPEN/CLOS เมื่อฐานข้อมูลเปิดอยู่
-(no_)rawdata_note
(ห้าม) ใช้บันทึก RAWD แทน RAWDATA env ตัวแปร
-(no_)เซลล์
(อย่า) เริ่มต้นตัวเลือก contig เมื่อ db open
-แสดง
X แสดงผลเพื่อใช้
-ขนาดบิต N
ระบุขนาดบิตของไฟล์ aux สำหรับฐานข้อมูลใหม่ (32/64)
-ซิงค์ ใช้โหมดซิงโครนัสสำหรับเซิร์ฟเวอร์ดิสเพลย์ (การดีบัก)
-- สิ้นสุดรายการอาร์กิวเมนต์
ใช้ gap5 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
