gdcm2vtk - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gdcm2vtk - แปลงไฟล์ที่รองรับโดย VTK เป็น DICOM

เรื่องย่อ

gdcm2vtk [ตัวเลือก] ไฟล์เข้า ไฟล์ออก

DESCRIPTION

พื้นที่ gdcm2vtk ใช้เป็นอินพุตไฟล์ใด ๆ ที่รองรับโดย VTK (รวมถึงไฟล์ DICOM) และ will
สร้างเป็นเอาต์พุตไฟล์ DICOM

พารามิเตอร์

ชื่อไฟล์อินพุตในไฟล์ (รองรับ DICOM หรือ VTK)

ชื่อไฟล์เอาท์พุตไฟล์ (รองรับ DICOM หรือ VTK)

OPTIONS

โดยเฉพาะ ตัวเลือก
--force-rescale กำลังปรับขนาดใหม่
--แรง-ระยะห่าง-แรงระยะห่าง
--palette-color เมื่อได้รับการสนับสนุนให้สร้างไฟล์ PALETTE COLOR
--argb เมื่อได้รับการสนับสนุนให้สร้างไฟล์ ARGB
--compress เมื่อได้รับการสนับสนุนให้สร้างไฟล์บีบอัด
--use-vtkdicom ใช้ vtkDICOMImageReader (แทน GDCM)
--กิริยาชุดกิริยา.
--ล่างซ้ายตั้งล่างซ้าย.
--shift ชุดกะ
--ขนาดชุดมาตราส่วน
--compress ชุดบีบอัด (MetaIO)
-T --study-uid UID ศึกษา
-S --series-uid ชุด UID
--root-uid รูท UID

การอัด ตัวเลือก
-J --jpeg บีบอัดรูปภาพเป็น jpeg
-K --j2k บีบอัดภาพใน j2k
-L --jpegls บีบอัดรูปภาพใน jpeg-ls
-R --rle บีบอัดรูปภาพใน rle (แบบไม่สูญเสียข้อมูลเท่านั้น)

ทั่วไป ตัวเลือก
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-v --version
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก

-V --เวอร์โบส
โหมด verbose (คำเตือน+ข้อผิดพลาด)

-W --คำเตือน
โหมดเตือน พิมพ์ข้อมูลคำเตือน

-E --ข้อผิดพลาด
โหมดข้อผิดพลาด พิมพ์ข้อมูลข้อผิดพลาด

-D --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก

สิ่งแวดล้อม ตัวแปร
GDCM_ROOT_UID รูท UID

DESCRIPTION

แปลงไฟล์ที่รองรับโดย VTK เป็น DICOM

การใช้งานทั่วไปคือ:

$ gdcm2vtk ไฟล์อินพุตเอาต์พุต.dcm

ใช้กลไกภายในโรงงานของ VTK เพื่อจดจำไฟล์ (ฟังก์ชัน CanRead) ดู
ไฟล์ที่รองรับ VTK ที่นี่:

รูปแบบไฟล์รูปภาพใดที่ VTK สามารถอ่านและเขียนได้ http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

หากไฟล์อินพุตของคุณมี 4 องค์ประกอบ คอมพ์ที่ 4 (อัลฟา) จะถูกลบออกจากเอาต์พุต
ไฟล์เนื่องจาก DICOM ไม่รองรับองค์ประกอบอัลฟ่าอีกต่อไป (ดูตัวเลือก –argb)

ใช้ความระมัดระวังเป็นพิเศษสำหรับรูปแบบไฟล์ต่อไปนี้:

1. DICOM: Direction Cosines และ vtkMedicalImageInformation ถูกส่งไปยังเอาต์พุต
2. BMP: สามารถบันทึกไฟล์ด้วย Lookup Table (ดู --palette-color)
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties ถูกส่งไปยังเอาต์พุต
4. MINC: ทิศทางโคไซน์ถูกส่งไปยังเอาต์พุต
5. TIFF: vtkTIFFReader อยู่ในสถานะที่ไม่ดีใน VTK (พฤติกรรมที่แตกต่างกันใน VTK 5.2 และ git/master) ใช้เฉพาะถ้าคุณรู้ว่าคุณกำลังทำอะไรอยู่

แปลง เมตาอิมเมจ (เอ็มเอชดี, ม๊า)
$ gdcm2vtk อินพุตไฟล์เอาต์พุต mha

คำสั่งนี้จะแปลงไฟล์ DICOM อินพุต: inputfile เป็นไฟล์ MetaImage .mha เหมือนกัน
ไปสำหรับไฟล์ .mhd

แปลง พธม./พธม
$ gdcm2vtk อินพุตไฟล์เอาต์พุต mha

or

$ gdcm2vtk อินพุตไฟล์เอาต์พุต mhd

คำสั่งนี้จะแปลงไฟล์ DICOM อินพุต: inputfile เป็น MetaImageData .mha/.mhd
ไฟล์

แปลง VTI
$gdcm2vtk inputfile output.vti

คำสั่งนี้จะแปลงไฟล์ DICOM อินพุต: inputfile เป็น XML VTK ImageData .vti
ไฟล์

แปลง วีทีเค
$gdcm2vtk inputfile output.vtk

คำสั่งนี้จะแปลงไฟล์อินพุต DICOM: inputfile เป็น VTK Structured . แบบเก่า
ไฟล์ PointSets .vtk

แปลง ไดคอม

$ gdcm2vtk input.dcm เอาต์พุต.dcm

vtkGDCMImageReader.vtkGDCMImageReader จะถูกใช้เพื่ออ่านในไฟล์ DICOM ไม่ใช่ค่าเริ่มต้น
vtkDICOMImageReader ดูตัวเลือก –use-vtkdicom เพื่อใช้ vtkDICOMImageReader

ไป - กลับ ไดคอม TO MHD TO ไดคอม

$ gdcm2vtk input_ybr.dcm เอาท์พุต.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 เอาต์พุต mhd เอาต์พุต dcm

การอ้างอิงด้านบนแสดงวิธีการแปลง DICOM โดยใช้ Photometric Interpretation of
YBR_FULL (หรือแม้แต่ YBR_FULL_422 ก็สูญเสีย) ไปเป็นรูปแบบไฟล์อื่น: MetaImage (mhd) ตั้งแต่
รูปแบบไฟล์นี้ไม่รองรับพื้นที่สี เราต้องตั้งค่าอย่างชัดเจนโดยใช้เครื่องหมาย
ตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง -imageformat ตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง –modality เป็นสิ่งจำเป็นในนี้
กรณีเนื่องจากตระกูล Secondary Capture Image Storage Class ที่เป็นค่าเริ่มต้นไม่อนุญาตให้ YBR
การตีความเชิงแสง

GDCM2VTK หมายเหตุ

หมายเหตุสำคัญ: โครงสร้าง VTK ภายในจะถูกเติมจากอินพุต DICOM จากนั้น
ส่งผ่านไปยังตัวเขียน DICOM เอาต์พุต ข้อมูลบางอย่างอาจสูญหายระหว่างการแปลง
DICOM เป็น VTK เป็น DICOM ตัวเลือกนี้ส่วนใหญ่จะใช้ในการทดสอบ
ชุดค่าผสม vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter

หมายเหตุสำคัญ: เมื่อทำการแปลงจากรูปแบบการสูญเสีย เช่น JPEG ข้อมูลของ
ความสูญเสียเป็นสิ่งสำคัญ DICOM เอาต์พุตจะมี Lossy Image . ที่จำเป็น
แอตทริบิวต์การบีบอัดที่ระบุว่ารูปภาพถูกบีบอัดแบบสูญเสียที่ใดที่หนึ่งตาม
ไปป์ไลน์ ดูเพิ่มเติมที่ gdcmimg (การจัดการ JPEG โดยทั่วไปดีกว่า)

หมายเหตุสำคัญ: เมื่อใช้ –use-vtkdicom ไฟล์ DICOM เอาต์พุตจะถูกเขียนเป็น .เสมอ
MR Image Storage เนื่องจากไม่มีข้อมูลนี้จากผู้อ่านเอง อนุญาตให้
การตั้งค่าการวางแนวภาพ (ผู้ป่วย) อย่างถูกต้อง

ใช้ gdcm2vtk ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net