getorfe - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

getorf - ค้นหาและแยกเฟรมการอ่านที่เปิดอยู่ (ORFs)

เรื่องย่อ

เกทอร์ฟ -ลำดับ ภาคต่อ [-ตาราง รายการ] [-ย่อขนาด จำนวนเต็ม] [-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม] [-หา รายการ]
-เมไทโอนีน บูล - วงกลม บูล -ย้อนกลับ บูล -ขนาบข้าง จำนวนเต็ม
-outseq ผลสืบเนื่อง

เกทอร์ฟ -ช่วยด้วย

DESCRIPTION

เกทอร์ฟ เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "การค้นหานิวคลีอิก:ยีน"

OPTIONS

อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ

เพิ่มเติม ส่วน
-ตาราง รายการ

-ย่อขนาด จำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้น: 30

-ขนาดสูงสุด จำนวนเต็ม
ค่าเริ่มต้น: 1000000

-หา รายการ
นี่เป็นเมนูเล็กๆ ของตัวเลือกเอาต์พุตที่เป็นไปได้ สี่ตัวเลือกแรกคือการเลือก
การแปลโปรตีนหรือลำดับกรดนิวคลีอิกดั้งเดิมของ open
กรอบการอ่าน มีสองคำจำกัดความที่เป็นไปได้ของกรอบการอ่านแบบเปิด: มันสามารถ
ไม่ว่าจะเป็นภูมิภาคที่ปราศจาก STOP codon หรือภูมิภาคที่ขึ้นต้นด้วย START
codon และลงท้ายด้วย STOP codon สามตัวเลือกสุดท้ายน่าจะเป็นที่สนใจเท่านั้น
ให้กับผู้ที่ต้องการตรวจสอบคุณสมบัติทางสถิติของภูมิภาคโดยรอบ
รหัส START หรือ STOP ที่เป็นไปได้ ตัวเลือกสุดท้ายถือว่าความยาว ORF เป็น
คำนวณระหว่างสอง STOP codon

ระดับสูง ส่วน
-เมไทโอนีน บูล
เริ่ม codon ที่จุดเริ่มต้นของผลิตภัณฑ์โปรตีนมักจะเขียนรหัสสำหรับเมไทโอนีน
แม้ว่าโคดอนจะเข้ารหัสอะไรเมื่ออยู่ภายในโปรตีนก็ตาม รอบคัดเลือกนี้
ตั้งค่าโคดอน START ดังกล่าวทั้งหมดเป็นโค้ดสำหรับเมไทโอนีนโดยค่าเริ่มต้น ค่าเริ่มต้น: Y

- วงกลม บูล
ค่าเริ่มต้น: N

-ย้อนกลับ บูล
ตั้งค่านี้เป็นเท็จหากคุณไม่ต้องการหา ORF ในส่วนที่กลับกันของ
ลำดับ. ค่าเริ่มต้น: Y

-ขนาบข้าง จำนวนเต็ม
หากคุณได้เลือกหนึ่งในตัวเลือกของประเภทของลำดับเพื่อค้นหาที่ให้
ลำดับขนาบรอบ codon STOP หรือ START ช่วยให้คุณกำหนดจำนวน
นิวคลีโอไทด์ด้านใดด้านหนึ่งของ codon นั้นไปยังเอาต์พุต ถ้าบริเวณขนาบข้างของนิวคลีโอไทด์
ข้ามจุดเริ่มต้นหรือจุดสิ้นสุดของลำดับ ไม่มีเอาต์พุตสำหรับ codon นี้ ค่าเริ่มต้น
มูลค่า: 100

เอาท์พุต ส่วน
-outseq ผลสืบเนื่อง

ใช้ getorfe ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net