นี่คือคำสั่ง glam2-purge ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
glam2-purge - ลบลำดับที่ซ้ำซ้อนออกจากไฟล์ FASTA
เรื่องย่อ
glam2-ล้าง ไฟล์ คะแนน [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
glam2-ล้าง เป็นเวอร์ชันดัดแปลงของ Andrew Neuwald´s ล้าง โปรแกรมที่ลบซ้ำซ้อน
ลำดับจากไฟล์ FASTA ขอแนะนำเพื่อป้องกันความคล้ายคลึงกันสูง
ลำดับบิดเบือนการค้นหาลวดลาย Purge ทำงานร่วมกับ DNA หรือโปรตีน
ลำดับและสร้างไฟล์เอาท์พุตเพื่อให้ไม่มีสองลำดับที่มี (ช่องว่าง) local
คะแนนการจัดตำแหน่งมากกว่าเกณฑ์ที่ระบุโดยผู้ใช้ ไฟล์เอาต์พุตชื่อ
. . คะแนนการจัดตำแหน่งขึ้นอยู่กับเมทริกซ์ BLOSUM62 สำหรับโปรตีนและ a
+5/-1 รูปแบบการให้คะแนนสำหรับ DNA การล้างข้อมูลยังสามารถใช้เพื่อปกปิดการทำซ้ำแบบตีคู่ มันใช้
โปรแกรม XNU เพื่อจุดประสงค์นี้
OPTIONS
-n
ลำดับคือ DNA (ค่าเริ่มต้น: โปรตีน)
-b
ใช้วิธี blast heuristic (ค่าเริ่มต้นสำหรับโปรตีน)
-e
ใช้วิธีการที่ละเอียดถี่ถ้วน (ค่าเริ่มต้นสำหรับ DNA)
-q
เก็บลำดับแรกในชุด
-x
ใช้ xnu เพื่อปกปิดการทำซ้ำโปรตีนควบคู่
ใช้ glam2-purge ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
