นี่คือคำสั่ง gmx-dyndom ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gmx-dyndom - การหมุนรอบโครงสร้าง Interpolate และอนุมาน
เรื่องย่อ
gmx ไดมอนด์ [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-มุมแรก ] [-lastangle ] [-nframe ]
[- แม็กซ์แองเกิล ] [-ทรานส์ ] [-ศีรษะ ]
[-หาง ]
DESCRIPTION
GMX ราชวงศ์ อ่านว่า .pdb ไฟล์เอาต์พุตจาก DynDom (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). มัน
อ่านพิกัด พิกัดของแกนหมุน และไฟล์ดัชนีที่มี
โดเมน นอกจากนี้ยังใช้อะตอมแรกและสุดท้ายของไฟล์ลูกศรเป็นคำสั่ง
อาร์กิวเมนต์บรรทัด (หัวและหาง) และสุดท้ายก็ใช้เวกเตอร์การแปล (ระบุใน
ไฟล์ข้อมูล DynDom) และมุมของการหมุน (เช่นเดียวกับอาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่ง) ถ้ามุม
กำหนดโดย DynDom หนึ่งควรจะสามารถกู้คืนโครงสร้างที่สองที่ใช้สำหรับ
สร้างเอาต์พุต DynDom เนื่องจากความแม่นยำของตัวเลขที่จำกัด จึงควรเป็น
ตรวจสอบโดยการคำนวณ RMSD ของอะตอมทั้งหมด (โดยใช้ GMX ยืนยัน) มากกว่าโดยการเปรียบเทียบไฟล์
(โดยใช้ส่วนต่าง)
วัตถุประสงค์ของโปรแกรมนี้คือเพื่อสอดแทรกและคาดการณ์การหมุนตามที่พบโดย
ไดนดอม. เป็นผลจากโครงสร้างที่ไม่เป็นรูปธรรมที่มีพันธะยาวหรือสั้น หรืออะตอมที่ทับซ้อนกัน
สามารถผลิตได้ การตรวจสอบด้วยสายตาและการลดพลังงานอาจจำเป็นในการตรวจสอบ
โครงสร้าง.
OPTIONS
ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
ไฟล์ธนาคารข้อมูลโปรตีน
-n [<.ndx>] (domain.ndx)
ไฟล์ดัชนี
ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:
-o [<.xtc/.trr/...>] (rotated.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง
ตัวเลือกอื่น:
-มุมแรก (0)
มุมการหมุนรอบเวกเตอร์
-lastangle (0)
มุมการหมุนรอบเวกเตอร์
-nframe (11)
จำนวนก้าวบนทางเดิน
- แม็กซ์แองเกิล (0)
DymDom dtermined มุมของการหมุนเกี่ยวกับเวกเตอร์การหมุน
-ทรานส์ (0)
การแปล (Angstrom) ตามเวกเตอร์การหมุน (ดูไฟล์ข้อมูล DynDom)
-ศีรษะ (0 0 0)
อะตอมแรกของเวกเตอร์ลูกศร
-หาง (0 0 0)
อะตอมสุดท้ายของเวกเตอร์ลูกศร
ใช้ gmx-dyndom ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
